| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2336425 = | 108 (0.870) | 8 (0.070) | 8/236 | NT | 8.1% | intergenic (‑145/+75) | USA300HOU_RS11920/USA300HOU_RS11925 | hypothetical protein/putative oxidoreductase/MSMEI_2347 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2336465 = | 83 (0.730) | intergenic (‑185/+35) | USA300HOU_RS11920/USA300HOU_RS11925 | hypothetical protein/putative oxidoreductase/MSMEI_2347 | |||||
AGTAATAGCCAATTTTTCTCACATGCTGATCCAGAGATGATTAAAGCACTTACAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2336574‑2336425‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtttcaggttaGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTATTACTTTCTTCTAATGTCGCAATTTGTTGTTTATC > USA300TCH1516_ALE/2336465‑2336604 AGTAATAGCCAATTTTTCTCACATGCTGATCCAGAGATGATTAAAGCACTTACAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGT > 2:643098/1‑141 TAGCCAATTTTTCTCACATGCTGATCCAGAGATGATTAAAGCACTTACAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAG < 2:713913/141‑1 AGCCAATTTTTCTCACATGCTGATCCAGAGATGATTAAAGCACTTACAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTGTGTTTCAGG < 2:532200/141‑1 AGCCAATTTTTCTCACATGCTGATCCAGAGATGATTAAAGCACTTACAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGG > 3:292177/1‑141 AGCCAATTTTTCTCACATGCTGATCCAGAGATGATTAAAGCACTTACAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGG > 1:266222/1‑141 GCCAATTTTTCTCACATGCTGATCCAGAGATGATTAAAGCACTTACAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGGAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGT > 1:3213/1‑141 GCCAATTTTTCTCACATGCTGATCCAGAGATGATTAAAGCACTTACAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAACCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGT < 1:1061689/141‑1 CCAATTTTTCTCACATGCTGATCCAGAGATGATTAAAGCACTTACAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTT < 3:206839/141‑1 CAATTTTTCTCACATACTGATCCAGAGATGATTAAAGCACTTACAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTA < 4:334362/141‑1 TTTTTCTCACATGCTGATCCAGAGATGATTAAAGCACTTACAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTG < 2:199405/141‑1 CTCACATGCTGATCCAGAGATGATTAAAGCACTTACAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATG < 1:768323/141‑1 GCTGATCCAGAGATGATTAAAGCACTTACAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACATAGACTTTAACATCCAAGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGA < 1:746470/141‑1 ACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGC > 1:962430/1‑141 GAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTATT > 2:464790/1‑141 CTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTATTACTT > 1:837291/1‑141 TTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTATTACTTT > 2:738899/1‑141 GGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTATTACTTTCT > 1:768938/1‑141 GGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTATTACTTTCT > 2:419023/1‑141 GTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAATTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTATTACTTTCTTCTAATGTCGCAATTT > 1:758839/1‑141 GTTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTATTACTTTCTTCTAATGTCGCAATTT < 2:427276/141‑1 TTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAACCATCTCATTCTCTACTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGTTCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTATTACTTTCTTCTAATGTCGCAATTTG < 3:18217/141‑1 TTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTATTACTTTCTTCTAATGTCGCAATTTG < 1:1087025/141‑1 TTTCAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTATTACTTTCTTCTAATGTCGCAATTTG < 2:502714/141‑1 CAGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTATTACTTTCTTCTAATGTCGCAATTTGTTG > 4:76930/1‑141 CAGGTTAGTGTAATGTAAAGGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAAAATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTCTTACTTTCTTCTCATCTCGCAATTTGTTc > 4:61632/1‑140 AGGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTATTACTTTCTTCTAATGTCGCAATTTGTTGT > 1:661737/1‑141 GGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTATTACTTTCTTCTAATGTCGCAATTTGTTGTT < 1:581929/141‑1 GGTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTATTACTTTCTTCTAATGTCGCAATTTGTTGTT > 1:220262/1‑141 GTTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTATTACTTTCTTCTAATGTCGCAATTTGTTGTTT > 3:221669/1‑141 TTAGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTATTACTTTCTTCTAATGTCGCAATTTGTTGTTTA < 1:199405/141‑1 AGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTTGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTATTACTTTCTTCTAATGTCGCAATTTGTTGTTTATt > 4:191432/1‑140 AGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTATTACTTTCTTCTAATGTCGCAATTTGTTGTTTATt > 2:824748/1‑140 AGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTATTACTTTCTTCTAATGTCGCAATTTGTTGTTTATC < 2:674716/141‑1 AGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTATTACTTTCTTCTAATGTCGCAATTTGTTGTTTATC < 2:410258/141‑1 AGTAATAGCCAATTTTTCTCACATGCTGATCCAGAGATGATTAAAGCACTTACAAGCAGAGAATTAGATGTTTAATCATAATATAACAAAGTAAATCATTTACATTACACTAACCTGAAACTTGGATGTTAAAGTCTATGTTTCAGGTTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2336574‑2336425‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtttcaggttaGTGTAATGTAAATGATTTACTTTGTTATATTATGATTAAACATCTAATTCTCTGCTTGTAAGTGCTTTAATCATCTCTGGATCAGCATGTGAGAAAAATTGGCTATTACTTTCTTCTAATGTCGCAATTTGTTGTTTATC > USA300TCH1516_ALE/2336465‑2336604 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |