| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2699315 | 183 (0.510) | 12 (0.040) | 8/144 | NT | 6.8% | intergenic (+219/‑72) | copA/copZ | Copper‑exporting P‑type ATPase A/Copper chaperone CopZ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2699322 | NA (NA) | intergenic (+226/‑65) | copA/copZ | Copper‑exporting P‑type ATPase A/Copper chaperone CopZ | |||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2699218‑2699315‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cagttggaGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACC < USA300TCH1516_ALE/2699322‑2699233 AATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACA > 1:5940483/1‑91 ATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAG < 1:116164/91‑1 ATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAG > 1:3344273/1‑91 ATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAG > 1:3344274/1‑91 ATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAG < 1:4344039/91‑1 ATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAG < 1:23050/91‑1 ATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAG < 1:22599/91‑1 ATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAG < 1:1435413/91‑1 ttAGTACATTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGT < 2:3260808/89‑1 cAAGTACACCACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGT < 2:3444955/90‑1 TAAGTACACTGCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGT < 1:2769479/91‑1 TAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGT < 2:2594779/91‑1 TAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGT < 2:374997/91‑1 TAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGT < 1:577224/91‑1 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CTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGAGCGA < 1:3154415/91‑1 TACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGAGCGAA < 1:350634/91‑1 gCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGAGCGAAG < 1:862891/90‑1 gCGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGAGCGAAG < 2:1000050/90‑1 ACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAGTTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGAGCGAAG < 2:611591/91‑1 TTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGAGCGAAGATCC < 1:5605222/91‑1 TTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGAGCGAAGATCCA < 1:929076/91‑1 TACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGAGCGAAGATCCAA < 1:3906780/91‑1 TCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGA < 2:6022004/66‑1 TCGCTCCAACTGCATAAGAGCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGA > 1:6022004/1‑66 GCCACTAATTATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAAT > 1:832531/1‑91 ATTATAAATAATAAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGC > 1:5315492/1‑91 AAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTT > 1:182865/1‑91 AAGTACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTT > 1:183013/1‑91 ACACTACGGTTTACAGTTGGATCTTCGCTCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATGAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAG < 2:5315492/91‑1 gcgGTTGGAGCGAAGGTACAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTAGTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAAC < 2:5391240/88‑1 CAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACT > 2:1970133/1‑91 CAGTTGGAGCGAAGATCCAACTGTAAACCGTAGTGTACTTATTATTTATAATAATTAGTGGCTCTTATGCAGTTGGAGCGAAGATCCAACT > 1:587044/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |