| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1205029 = | 279 (0.780) | 14 (0.040) | 6/148 | NT | 5.2% | coding (91/195 nt) | USA300HOU_RS15290 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1427013 | NA (NA) | intergenic (‑744/+228) | pstS/cvfB | Phosphate‑binding protein PstS/Conserved virulence factor B | |||||
CTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1205124‑1205029‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gagctgCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAACCCA < USA300TCH1516_ALE/1427013‑1426924 CTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACG > 2:4610723/1‑91CTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACG < 1:1788962/91‑1CTCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACG > 2:4447336/1‑91 TCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGA < 1:4136455/91‑1 TCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGA > 1:4347150/1‑91 TCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGA < 1:2136899/91‑1 TCGAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGA > 2:4355366/1‑91 GAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGC > 1:767664/1‑91 GAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGC < 1:361523/91‑1 GAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGC < 2:4902236/91‑1 GAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGC < 1:6235044/91‑1 GAATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGC < 2:6291683/91‑1 AATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCT > 2:3265217/1‑91 AATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCT > 1:4353073/1‑91 AATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCT > 1:2468452/1‑91 AATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCT > 2:3265187/1‑91 AATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCT > 2:2945625/1‑91 AATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCT < 2:1307691/91‑1 ATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTG < 2:4926717/91‑1 ATGTCAGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTG < 2:671862/91‑1 tggCAGTTCGGGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGt < 2:1755976/88‑2 AGTTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTGAGCTGCTATT < 1:240847/91‑1 TTCGAGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTT < 1:1910871/91‑1 AGGAATAAATAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTT < 2:3532129/91‑1 TAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAtt < 1:1178845/91‑3 TAAAGTTAAACGAGAGCTAGGTTTTGTATTAATGGCAATTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAtt < 1:1176440/91‑3 GTTTTGTATTAATGGCACTTAATATAAGGAAAATAGCAGCTCGTTGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAG < 2:4075393/91‑1 AGGAAAATAGCAGCTCAACGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATCAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTC > 1:3085783/1‑91 GCAGCTCAACGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACg > 1:3003099/1‑90 GCAGCTCAACGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATCAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACA > 2:4553087/1‑91 AGCTCAACGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATT > 1:3527018/1‑91 AGCTCAACGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATT > 1:5971401/1‑91 AGCTCAACGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATT > 2:3918433/1‑91 GCTCAACGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTC > 1:5461444/1‑91 GCTCAACGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATCAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTC > 1:1295716/1‑91 CTCAACGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCG > 2:1155489/1‑91 TCAACGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACGTTCGA > 1:3153663/1‑91 TCAACGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACGTTCGA > 1:3154153/1‑91 CAACGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAG > 2:5457749/1‑91 CAACGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAATTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAG > 1:603085/1‑91 CAACGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTGATACAAAACCTAGCTCTCGTTCAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACTTTCGAG > 1:5817137/1‑91 AACGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGT > 1:5067540/1‑91 AACGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGT > 1:4788978/1‑91 AACGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGT > 2:6532556/1‑91 ACGAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTG > 1:1295467/1‑91 GAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAA > 2:109427/1‑91 GAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAA > 1:3975420/1‑91 GAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAA > 1:6320082/1‑91 GAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAA > 1:2148758/1‑91 GAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAA < 2:5870326/91‑1 GAGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAAACTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAA > 2:4714322/1‑91 AGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAA > 2:900797/1‑91 AGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAA < 2:4597147/91‑1 AGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAA < 1:3468953/91‑1 AGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAA > 1:5520270/1‑91 AGCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAA > 1:760253/1‑91 GCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAAC < 1:2169841/91‑1 GCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAAC > 1:3860133/1‑91 GCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAAC < 1:4336665/91‑1 GCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAAC > 1:5059113/1‑91 GCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAAC > 1:5900536/1‑91 GCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAAC > 2:2794634/1‑91 GCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAAC < 1:2171113/91‑1 GCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAAC > 1:892619/1‑91 GCTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAAC > 2:1647340/1‑91 CTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAACC > 2:843756/1‑91 CTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAACC < 2:1135248/91‑1 CTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAACC < 1:4030375/91‑1 CTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAACC < 2:5678303/91‑1 CTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAACC > 2:4443023/1‑91 CTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAACC > 1:5185343/1‑91 CTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAACC > 2:133010/1‑91 CTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAACC > 2:3710984/1‑91 CTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAACC < 1:2039136/91‑1 CTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAACC > 2:335450/1‑91 CTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAACC > 1:5583784/1‑91 CTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAACC > 2:1542849/1‑91 CTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAACC > 2:3125817/1‑91 CTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAACC > 2:4938847/1‑91 CTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAACC > 2:5055639/1‑91 CTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAACC > 2:5075844/1‑91 CTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAACC > 2:2246213/1‑91 CTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGA > 1:482932/1‑87 CTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCTCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGA < 2:482932/87‑1 CTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTCCCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAACC > 1:6591860/1‑91 CTGCTATTTTCCTTATATTAAGTGCCATTAATACAAAACCTAGCTATCGTTTAACTTTATTTATTCCTCGAACTGACATTCGAGTGAAACC > 1:5253473/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |