| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 221178 = | 293 (0.820) | 16 (0.050) | 11/146 | NT | 5.6% | intergenic (‑224/+50) | ipdC/ptsG_1 | Indole‑3‑pyruvate decarboxylase/PTS system glucose‑specific EIICBA component |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 221218 = | 268 (0.820) | intergenic (‑264/+10) | ipdC/ptsG_1 | Indole‑3‑pyruvate decarboxylase/PTS system glucose‑specific EIICBA component | |||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/221274‑221178‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cctgtttATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > USA300TCH1516_ALE/221218‑221307 aatATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGC > 1:2317195/4‑91AACATGGCAACATTTCATTTGGCGGTCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGC < 1:1508700/91‑1AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTCTTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGC > 1:6843297/1‑91AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGC < 1:5044016/91‑1AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGC > 1:2896394/1‑91AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGC < 1:6063570/91‑1AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGC < 1:952817/91‑1AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGC > 2:3041861/1‑91 ACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGTTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCC > 2:2219079/1‑91 ACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCC > 2:6153743/1‑91 ACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCC > 1:2592636/1‑91 ACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCC > 2:6598652/1‑91 ACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCC > 2:763103/1‑91 ACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCC > 2:938308/1‑91 CATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCT > 1:1298711/1‑91 ATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG > 2:3567104/1‑91 ATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG > 2:1078690/1‑91 ATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG < 2:1298711/91‑1 ATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG > 2:1002906/1‑91 ATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG > 1:5692301/1‑91 ATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG > 2:857731/1‑91 ATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG > 1:1404102/1‑91 ATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG > 1:1732734/1‑91 tcGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGT < 2:2711992/89‑1 TGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGT < 1:1228970/91‑1 TGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGT < 1:2300399/91‑1 TGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGT < 1:2881675/91‑1 TGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGT < 2:2225787/91‑1 TGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGT < 1:4873015/91‑1 TGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGT > 2:3862172/1‑91 TGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGT < 2:4840981/91‑1 TGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGT < 1:1229454/91‑1 TGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTACAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGT > 1:5792618/1‑91 GGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTT < 2:4887662/91‑1 GGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTT < 1:3499590/91‑1 GGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTT < 1:10471/91‑1 GCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATGAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTT < 2:2127476/91‑1 GCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTT > 2:2776852/1‑91 GCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTT > 1:1444781/1‑91 GCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTT > 1:3230808/1‑91 AACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG < 1:5415060/86‑1 AACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTG > 2:5415060/1‑86 ATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATACACAGGTTCGTATACCCTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTC > 2:4654303/1‑91 TTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAAT > 1:740520/1‑91 TTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAAT > 1:741474/1‑91 TGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTC > 2:514734/1‑91 TATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCT > 1:4593687/1‑91 TATACCTCCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCT > 1:6718658/1‑91 ATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTT > 2:5935627/1‑91 ATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTAGTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTT > 2:4708912/1‑91 TACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTG > 2:3074713/1‑91 CTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTT > 1:1109374/1‑91 CTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTT > 2:556886/1‑91 TTCATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTA > 2:1280594/1‑91 ATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAA < 2:740520/91‑1 ATAAGGTGACGCGCCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAA < 2:741474/91‑1 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTTCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA < 2:4164715/91‑1 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA < 2:5321815/91‑1 CCTGTTTATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAA > 2:5224917/1‑91 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TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > 2:6025459/1‑91 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > 1:1911849/1‑91 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > 1:6761772/1‑91 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > 2:5928474/1‑91 TATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC < 2:3995095/91‑1 AACATGGCAACATTTCATTTGGCGATCAATTATTTGAAGCTAAATAATGCTTACTATAAACAGGTGCGTATACCTTCATAAGGTGACGCGCCTGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/221274‑221178‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cctgtttATAGTAAGCATTATTTAGCTTCAAATAATTGATCGCCAAATGAAATGTTGCCATGTTCACCTTGTTTAAAATCAAGGTTTGTAATGTTTC > USA300TCH1516_ALE/221218‑221307 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |