| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,157,942 | Δ2 bp | coding (74‑75/1434 nt) | ptsG → | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,157,942 | 0 | T | . | 96.2% | 227.7 / ‑0.1 | 52 | coding (74/1434 nt) | ptsG | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base . (31/19); total (32/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 1,157,943 | 0 | C | . | 96.2% | 227.6 / ‑0.8 | 52 | coding (75/1434 nt) | ptsG | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base . (30/20); total (32/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTA > NC_000913/1157801‑1158082 || gAGGCTCTCCCCCCTTGCCACACGTGAGAACGTAAACAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTAt > 2:401287/1‑149 (MQ=255)gAGGCTCTCCCCCCTTCCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTAt > 1:680888/1‑149 (MQ=255) gCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTct > 2:126526/1‑149 (MQ=255) gCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATGATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑C‑CAGGTATTct > 2:230223/1‑149 (MQ=255) ctctCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCCAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTCCCGGTATCCGTACTGCC‑‑TCGCCGGTATTctg > 2:64523/1‑149 (MQ=255) tcCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGCGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTctgcga > 1:708372/1‑147 (MQ=255) ccccccTTGCCATGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTgg < 1:100183/149‑1 (MQ=255) cccTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCg > 2:574264/1‑149 (MQ=255) tGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTATGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCT‑T‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGaa < 2:739519/149‑1 (MQ=255) aaCGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGTATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTc > 1:511680/1‑149 (MQ=255) aaCGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTc > 2:34231/1‑149 (MQ=255) gTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGAGCGTCGGATCCGCGAATTTCAgc > 1:287953/1‑149 (MQ=255) aaaGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAgctggctg < 2:35112/149‑1 (MQ=255) gCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGccc > 1:17774/1‑149 (MQ=255) ccATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTCAATCGCTGATGCTGCCGGTATCAGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGCCGTCGGTTCCGGGCATTTCAGCTGGCTGCccgccg > 1:89055/1‑149 (MQ=255) ccATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCccgccg > 1:589330/1‑149 (MQ=255) ccATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCccgccg > 1:140567/1‑149 (MQ=255) cATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGt < 2:140567/149‑1 (MQ=255) aTACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGtt > 2:407769/1‑149 (MQ=255) 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ctcAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATg < 1:141408/149‑1 (MQ=255) ttATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGa > 2:533354/1‑149 (MQ=255) tGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGc > 2:720620/1‑149 (MQ=255) tttAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTgg < 1:320349/86‑1 (MQ=255) tttAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTgg > 2:320349/1‑86 (MQ=255) aaGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGATGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGACGCAGGCg > 2:352854/1‑149 (MQ=255) tGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGGCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCttt < 1:739285/149‑1 (MQ=255) ccTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAAc < 1:720620/149‑1 (MQ=255) ccTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAAc < 1:407769/149‑1 (MQ=255) tGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCTGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACAt < 2:340680/149‑1 (MQ=255) gcgaaaGGTCGGTAAATCGCTGAGGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATCCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCGGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATg < 1:64523/146‑1 (MQ=255) gCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATg > 1:419937/1‑149 (MQ=255) cAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTTCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGc < 1:533354/149‑1 (MQ=255) aaaGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCa < 1:126526/149‑1 (MQ=255) gTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCACATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGAtttt > 2:23813/1‑149 (MQ=255) aTCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGt > 2:277163/1‑121 (MQ=255) aTCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGt < 1:277163/121‑1 (MQ=255) tCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGAttt < 2:731074/143‑1 (MQ=255) tCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGAttt > 1:731074/1‑143 (MQ=255) acGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGGCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGa > 1:272407/2‑149 (MQ=255) gcgcaTCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACNGNTTTNTNCGATCGGTGTCGCCCt > 1:15257/5‑149 (MQ=255) aTCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGc > 2:373180/1‑149 (MQ=255) tCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGgt < 1:102067/136‑1 (MQ=255) tCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGgt > 2:102067/1‑136 (MQ=255) tCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCt > 2:216431/1‑149 (MQ=255) tCCGTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCt > 2:138527/1‑149 (MQ=255) gTACTGCCTA‑‑GCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTa < 1:629586/149‑1 (MQ=255) || GAGGCTCTCCCCCCTTGCCACGCGTGAGAACGTAAAAAAAGCACCCATACTCAGGAGCACTCTCAATTATGTTTAAGAATGCATTTGCTAACCTGCAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTA > NC_000913/1157801‑1158082 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |