Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*NC_000913223,8540TA25.0% 38.5 / 14.3 32noncoding (84/1542 nt)rrsH16S ribosomal RNA of rrnH operon
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (11/13);  new base A (0/8);  total (11/21)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.92e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.17e-01
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

TACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGT  >  NC_000913/223706‑223888
                                                                                                                                                    |                                  
tACCAAGTCTCAATAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGATCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAgct                                    <  1:1725412/149‑1 (MQ=17)
 aCCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAgctt                                   <  1:797690/149‑1 (MQ=32)
 aCCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAgctt                                   <  1:242426/149‑1 (MQ=32)
  ccAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAgcttg                                  <  1:537592/149‑1 (MQ=32)
  ccAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAgcttg                                  >  2:291964/1‑149 (MQ=32)
  ccAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGATTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAgcttg                                  >  1:1249478/1‑149 (MQ=17)
   cAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAgcttgc                                 >  2:1359488/1‑149 (MQ=32)
    aattctcAAGAGTGAAGACGTAATTCATTACAAAGTTTTATTCTTTGAGCATCATACTTTAAAATTGAAGAGTGTGATCATGGCTCAGATTGACCGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAgcttgct                                <  1:1135923/146‑1 (MQ=11)
    aaGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAgcttgct                                >  2:184133/1‑149 (MQ=32)
    aaGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTAGAGCAACAAACTTTTAAATTGAAGAGTTAGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGACgcatgct                                >  1:408691/1‑149 (MQ=11)
       tctcAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGcttct                             <  1:1581197/149‑1 (MQ=32)
       tctcAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTATTAAATTGCAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGGCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGcttct                             <  2:551257/149‑1 (MQ=12)
         tcAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCttt                           <  2:854686/149‑1 (MQ=32)
         tcAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCttt                           <  2:877326/149‑1 (MQ=32)
         tcAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCAAGcttcttc                           <  2:390044/149‑2 (MQ=17)
         tcAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCAAGcttcttc                           <  1:935319/149‑2 (MQ=17)
          cAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTg                          <  1:291964/149‑1 (MQ=32)
          cAAGAGTGAACAAGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTTAGAATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTg                          <  2:1249478/149‑1 (MQ=12)
           aaGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGGAGAGTTTGATCATGGCGCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGGAACAGGAAGAAGCAAGcttcttcct                         <  2:661142/149‑4 (MQ=11)
           aaGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGc                         >  2:924683/1‑149 (MQ=32)
           aaGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCAAGcttcttcct                         <  1:1275746/149‑4 (MQ=12)
           aaGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCAAGcttcttcct                         <  2:860339/149‑4 (MQ=12)
           aaGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCAAGcttcttcct                         <  2:75872/149‑4 (MQ=12)
           aaGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCAAGcttcttcct                         <  2:661141/149‑4 (MQ=12)
             gagTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTACTTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCAAGcttcttcctgt                       <  1:115601/149‑6 (MQ=255)
                 taaCACTTAATTAATTACAAAGTTTAATTCTTTGACCATCACACTTTTAAATTGATGAGTTTGATCATGTCTCAGATTGAACGCTGGTGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGa                   <  2:1148248/148‑1 (MQ=11)
                  aaCACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTTAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAg                  >  1:817143/1‑149 (MQ=17)
                  aaCACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAg                  >  1:207037/1‑149 (MQ=32)
                   acacGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCACGTCGAACGTTAACAGGAAGAAGCTTGATTCTTTGCTGACGAGt                 <  2:1321061/149‑1 (MQ=12)
                      cGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGc              >  1:16681/1‑149 (MQ=32)
                        tAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAGCTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCgg            >  1:1699513/1‑149 (MQ=17)
                        tAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGCCGAGTGGCgg            >  1:371923/1‑149 (MQ=17)
                         aaTTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGCACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGa           <  1:924683/149‑1 (MQ=17)
                           ttCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACg         <  1:247377/149‑1 (MQ=32)
                            tCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACgg        <  2:1534683/149‑1 (MQ=32)
                            tCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACgg        >  2:63045/1‑149 (MQ=32)
                            tCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACgg        <  1:488177/149‑1 (MQ=32)
                                tagaaaGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAATAGTTTGATCAAGCCTCAGATTGTACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCATGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCCTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGa    <  1:1752012/146‑1 (MQ=11)
                                 aCAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAg   >  1:824829/1‑149 (MQ=32)
                                  cAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGCCGGGTGAGt  >  2:544117/1‑149 (MQ=14)
                                  cAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGt  >  2:1502987/1‑149 (MQ=31)
                                  cAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGt  >  2:1042756/1‑149 (MQ=31)
                                                                                                                                                    |                                  
TACCAAGTCTCAAGAGTGAACACGTAATTCATTACAAAGTTTAATTCTTTGAGCATCAAACTTTTAAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGT  >  NC_000913/223706‑223888

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑