| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_bme_pgi | 3,440,086 | C→A | G315V (GGC→GTC) | rpoA ← | RNA polymerase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_bme_pgi | 3,440,086 | 0 | C | A | 99.1% | 313.2 / NA | 110 | G315V (GGC→GTC) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (59/49); total (60/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
TAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCA > NC_000913_3_bme_pgi/3439942‑3440225 | tAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCag > 1:1114609/1‑149 (MQ=255) aGCCTGGCGATGGCTGCGGTTTGGGTTGAGTGGACGACTGCTCTTCCGATGGCGTAGGACCTTATCCTTCGCGGTAAAACCTTAAGCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTGGCCGGTGGCCAGTCTTCCAGGCGCGTGACCaga < 2:1120558/149‑1 (MQ=255) ccTGGCGATGGCTGCGGTTGCGGTTCAGTTGACGCCCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAgaga < 1:721729/149‑1 (MQ=255) cTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGAc > 2:246809/1‑149 (MQ=255) ggCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCGGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAg < 2:679162/149‑1 (MQ=255) gctgctGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACgg > 1:99519/1‑149 (MQ=255) tgctgTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCTTGACCAGAGACAGTCCAGGGGa > 2:678971/1‑149 (MQ=255) tgctgTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGa > 1:47195/1‑149 (MQ=255) tgctgTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGa > 1:718174/1‑149 (MQ=255) tgctgTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTGTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCCCgggc > 1:52874/1‑148 (MQ=255) gctgTTGCGGTTCAGTTGACCACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCTATGCTTGCCGGTGGCCATTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGaa < 1:316426/149‑1 (MQ=255) tggtGCGGTTCAGTTGACGAGAACGCTTACGATGGTGCATGAGCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTGCTCGTCAGCCATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCGACGGGAAGc < 2:259764/146‑1 (MQ=255) ttGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGTTTGTCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGCAGccc > 2:141397/1‑148 (MQ=255) 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cGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAAGCGGATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGata < 1:284001/149‑1 (MQ=255) gATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGatat > 1:623432/1‑149 (MQ=255) tGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGAATTTTTACCAAGGTTTGGAGTTGTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAg < 1:647943/149‑1 (MQ=255) gCCAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATGGCTTCt > 2:147647/1‑149 (MQ=255) ccAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTg > 2:854378/1‑149 (MQ=255) cAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGc > 2:799548/1‑149 (MQ=255) cAGTTTTCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACACTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGc < 1:702544/149‑1 (MQ=255) ttttCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTAGGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCttt > 1:216092/1‑149 (MQ=255) tttCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTa > 2:433421/1‑149 (MQ=255) ttCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACATCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTaa < 1:1134845/149‑1 (MQ=255) gtCCAGGCGCGTGTCGAGAGATCGGCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTTAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTCGGCGTTGTAAGGAGCTCATCCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTaa < 2:880646/148‑1 (MQ=255) tCCATGGGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGTCAGCACTTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGTATCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAg < 2:632492/149‑1 (MQ=255) tCCAGGCGTATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGAACGTCAATAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAg < 1:246809/149‑1 (MQ=255) tCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCtt < 2:658998/46‑1 (MQ=255) tCCAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCtt > 1:658998/1‑46 (MQ=255) ccAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTACGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAgg < 2:947683/149‑1 (MQ=255) ccAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAgg < 1:596215/149‑1 (MQ=255) catgcgcATGACCAGCGACAGTCCACGGGAGGTCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGTTACACTGTACCAGATCACCTATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGc < 2:484391/146‑1 (MQ=255) cAGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGc > 1:1127597/1‑149 (MQ=255) cAGGCGCATCACCAGAGACAGTCCAGGTGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGc < 2:283969/149‑1 (MQ=255) atgcgcATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGGACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGGTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGAACGTCGCGGCGGTGTTAGTGGATAGCTTCTGGTTTAAGGCa < 2:620877/147‑1 (MQ=255) aGGCGGATGACCAGAGACAGACCACGGAAACCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTACTGCTTTAAGGCa > 1:1289740/1‑149 (MQ=255) aGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCCACGATAAAGCAGATAGCTTCTGCTTTAAGGCa > 2:877550/1‑149 (MQ=255) aGGCGCATGACCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGc > 2:443415/1‑134 (MQ=255) | TAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCA > NC_000913_3_bme_pgi/3439942‑3440225 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |