| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_bme_pgi | 468,263 | G→A | 7.1% | intergenic (+33/‑120) | cof → / → ybaO | thiamine pyrimidine pyrophosphate hydrolase; HMP‑PP phosphatase/putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_bme_pgi | 468,263 | 0 | G | A | 7.1% | 152.7 / 3.0 | 57 | intergenic (+33/‑120) | cof/ybaO | thiamine pyrimidine pyrophosphate hydrolase; HMP‑PP phosphatase/putative DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/29); new base A (2/2); total (26/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.08e-01 | |||||||||||
TGCGCGCGGAGCTCCCGCATTTACCGGTGATTGGACATTGCCGAAATCAGGCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGACCGTAAGCTGCT > NC_000913_3_bme_pgi/468118‑468411 | tGCGCGCGGAGCTCCCGCATTTACCGGTGATTGTACATTGCCGTAATCAGGCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCAAGAACCGGACACTTGCCCAGttt > 1:401042/1‑149 (MQ=255) gcgGAGGTCCCGCTTTTACCGGTGATTGGACATTGCCGAAATCAGGCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGtttttttt < 1:839439/149‑1 (MQ=255) cgGAGCTCCCGCATTTACCGGTGATTGTACATTGCCGAAATCAGGCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACGTTCTTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTg < 1:173511/149‑1 (MQ=255) cccGCATTTACCGGTGATTGGACATTGCCGAAATCAGGCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCGCATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGaa < 2:198864/149‑1 (MQ=255) ccGCATTTACCGGTGATTGGACATTGCCGAAATCAGGCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGATTTTTTTTGCGTTGAAt > 2:655766/1‑149 (MQ=255) ccGCATTTACCGGTGATTGGACATTGCCGAAATCAGGCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGATTTTTTTTGCGTTGAAt > 2:652853/1‑149 (MQ=255) ccGCATTTACCGGTGATTGGACATTGCCGAAATCAGGCTGTCTCTCACGATTTGACGCACTGGATGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGACCGGTTTTTTTATCGTTGAAt > 1:791080/1‑149 (MQ=255) ccGCATTTACCGGTGATTGAACATTGCCGAAATCAGGCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCGCACGAATAAAGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGGTTTTTTTGGTTTGAAt > 2:830945/1‑149 (MQ=255) tatACCGGTGATTGGACAAAGACAAAAGCAGGCTGTCTCTCACAAATGGACGCACTGGAGGGACTATGCACATCTACCTTATTCCCCGGAATAACGAGATCCCTGCCAGCACCGGGAGATTGCCGGGATTTTTTTGCGTTGCGTTTGTc > 2:328472/3‑149 (MQ=255) atcGGCGATTGGTCATTGCGGAAATCAGGCTGTCGCTCACTATCTGACGCACTGGCTGGACTATCCTCATCTAACTGATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCAtt < 2:39019/147‑1 (MQ=255) cGGTGATTGGACATTGCCGAAATCAGGCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTTCTTTAATTTTGTctattt > 2:240919/1‑144 (MQ=255) ggATATTGTCGAAATCAGTCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGTTGGACTATTCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCgtg < 1:637093/149‑1 (MQ=255) cATTGCCGAAATCAGGCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCgtggtg < 1:631623/149‑1 (MQ=255) ttGCCGAAATCAGGCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGAATCCTGGGTGCACGGCTAACTCCGCGCCGCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGCATTTGTCATTATGTGCCGTGgtgtg > 1:887588/1‑148 (MQ=255) cGAAATCAGGCTGTCTCTCACTGGGTGAGGCCATGGCCTTGTTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCATCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTTTGCCGTCGTGTTTaaa > 2:828992/1‑149 (MQ=255) gAAATCAGGCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAAc < 1:783465/149‑1 (MQ=255) gAAACCAGGCTGTCGCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCTCCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGACTTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAAc < 1:760084/149‑1 (MQ=255) aaaTCAGGCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAAcc > 1:406019/1‑149 (MQ=255) aGGCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTTCTTTTTTTTTGTCATTTTGTGCATTGGTGTTTAAATCGcaca > 2:882889/1‑149 (MQ=255) tctcACTCTTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTATTATGTTATGCCTTGTGGTTTAAATCGCAAAgaatgaat > 1:697478/1‑149 (MQ=255) tctcACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAAt < 1:838890/149‑1 (MQ=255) tctcACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCAGTGGTGTTTAAACCGCACAgaagaatt > 1:742826/1‑147 (MQ=255) tATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGCCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCACTTTGTGCCGCAGTGCTTAAACCGCCCAGCATCAATTGTCGt > 2:766792/1‑149 (MQ=255) tttGACTCACTGGCTGGACTTTCCACATCTACCTTAGTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTCTGAACCCTTTTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGa < 2:868845/149‑1 (MQ=255) gctggACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaa < 1:607823/149‑1 (MQ=255) tggACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaaa > 1:363825/1‑149 (MQ=255) tggACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCCAATAACCAAATCCCTTCTAGCTCCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTtaaaa < 1:842683/149‑1 (MQ=255) tATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAAt > 2:221048/1‑118 (MQ=255) tATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAAt < 1:221048/118‑1 (MQ=255) tCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCGCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGTGTTGATTTTGTCATTTTGTGCCGTGGGGTTTAAAGTGCGCGTAATAACTTGTTGTGATTTCACCTTTaaaataaaata > 2:33733/1‑148 (MQ=255) tCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTTCGTTGTATTTGTCATTTTGTGCCCTCGTGTTTAAACCGCACCGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTCAAACAAAAtt > 1:176482/1‑149 (MQ=255) tCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAAtt < 2:573489/149‑1 (MQ=255) caTCTACCTTATTCCCTCGACTATCGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTaaaa < 1:860520/149‑1 (MQ=255) caTCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAAGTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTaaaa < 2:209282/149‑1 (MQ=255) tACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAgaga > 1:557325/1‑149 (MQ=255) ccTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGATTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGaaa < 1:655766/149‑1 (MQ=255) ccTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGATTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGaaa < 1:652853/149‑1 (MQ=255) cTTATTCCCCCGAATAACGATATCCCTTCCAGCTCCTGGCAATTTCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGaaaa < 1:750463/149‑1 (MQ=255) ttATTCCCCTGAATAACAAGATCCTTTCAATCACCGAGTAATTTCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGaaaaa < 1:840617/149‑1 (MQ=255) aTTCCCCCGACTAACGTGATCCGTTCCAGAACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGAGTTGAATTTGTCATTTTGTGATGTGGTGTTTAAACCGCAGAGAATAAATTGGCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGaaaaaaa < 1:61405/149‑1 (MQ=255) ttCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGCTTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAAt > 1:75865/1‑149 (MQ=255) cccGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATtctc > 1:24517/1‑149 (MQ=255) cccGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTAAATTTGTCATTTTGTGACGTGGTGTTTAAACTGCATAGAGACAATTGGCGTAATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAACTtctc > 1:25856/1‑149 (MQ=255) gAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCtgt < 1:594581/149‑1 (MQ=255) aCGAGATCCCATCCAGCACCAGGCAATTTCCCGGTTTTTTTTGCAGTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAg < 1:159874/149‑1 (MQ=255) aTCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTa > 1:492488/1‑149 (MQ=255) cTTCCAGAACCGGGCATTTGCTCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGtt < 1:355266/149‑1 (MQ=255) ttCCAGGTCCGTGTAATTGCGCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGGGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTa < 1:589019/149‑1 (MQ=255) ttCCAGCACCGGGAAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTAACCTTTAGTATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTa < 2:371307/149‑1 (MQ=255) cAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTAAATTTGTCATTTTGTGCCCTGGCGTTTAAACCCCACAGAATAAATTATCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGAt > 1:37810/1‑149 (MQ=255) aCCGGGCAGTTGGCCGGTTTTTTGTGAGTTTAATTTGATATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAAACGGACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATaaaa < 2:399319/149‑1 (MQ=255) aCCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGATTTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACTGCTCGGAATAAATTGTTGTGATTTCATCTTTAAATTAAAATTAAAAGAGATAAAAATTTTTTGTGGAAGTGTTATGTTAGATaaaa > 1:306825/1‑149 (MQ=255) gCAATTGCCCGGTTTTTTTTGTGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCAAAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGAc < 1:509229/149‑1 (MQ=255) cAATTGCTCGGTTTTTTTTGCTTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGAcc < 1:673863/149‑1 (MQ=255) aTTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGCATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGACCGt > 1:26291/1‑149 (MQ=255) tGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGACCGTaa < 2:363825/149‑1 (MQ=255) tGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGACCGTaa < 2:209037/149‑1 (MQ=255) gTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGACCGTAAgctgct > 1:767321/1‑149 (MQ=255) gTTTTTTTGGCTTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTTGTGTTTAAACAGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGACCGTAAgctgct < 1:377341/149‑1 (MQ=255) | TGCGCGCGGAGCTCCCGCATTTACCGGTGATTGGACATTGCCGAAATCAGGCTGTCTCTCACTATTTGACGCACTGGCTGGACTATCCACATCTACCTTATTCCCCCGAATAACGAGATCCCTTCCAGCACCGGGCAATTGCCCGGTTTTTTTTGCGTTGAATTTGTCATTTTGTGCCGTGGTGTTTAAACCGCACAGAATAAATTGTCGTGATTTCACCTTTAAAATAAAATTAAAAGAGAAAAAAATTCTCTGTGGAAGGGCTATGTTAGATAAAATTGACCGTAAGCTGCT > NC_000913_3_bme_pgi/468118‑468411 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |