Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913_3_bme_pgi	4,296,382	+GC	intergenic (+587/+55)	gltP → / ← yjcO	glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913_3_bme_pgi	4,296,381	1	.	C	97.2%	140.1 / 0.7	71	intergenic (+586/+56)	gltP/yjcO	glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/2);  new base C (41/28);  total (41/30)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01
*	NC_000913_3_bme_pgi	4,296,381	2	.	G	97.2%	140.5 / 1.1	71	intergenic (+586/+56)	gltP/yjcO	glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/2);  new base G (41/28);  total (41/30)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

CTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTA‑‑C‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACC  >  NC_000913_3_bme_pgi/4296343‑4296471                                          ||                                                                                             cTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATACGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTaa                                 <  2:4169125/100‑1 (MQ=1)  tGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAAc                                >  2:344779/1‑100 (MQ=11)   gATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAAcc                               >  1:2934771/1‑100 (MQ=11)   gATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAAc                                >  1:3400360/1‑99 (MQ=11)    ttttCGCGTGCTTTGGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAAcc                               <  2:3859323/98‑1 (MQ=11)    aTTTCGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAAcc                               <  1:689880/99‑1 (MQ=11)    aTTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCg                              >  2:4154653/1‑100 (MQ=11)     tttAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGt                             >  2:2862388/1‑100 (MQ=11)     tttAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGt                             >  2:2861597/1‑100 (MQ=11)       taacGTGATTTTGCACGTCGGCTAAGCGGCGTTCG‑‑T‑‑CGCATCTGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGtt                            <  2:1836973/96‑1 (MQ=14)       tAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGtt                            <  2:3782008/99‑1 (MQ=11)        aGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTg                           <  2:255296/99‑1 (MQ=11)        aGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTg                           <  2:2133906/99‑1 (MQ=11)        aGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTg                           <  2:2912045/99‑1 (MQ=11)         gCGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTgg                          <  1:3334590/99‑1 (MQ=11)         gCGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTgg                          <  2:2920517/99‑1 (MQ=11)         gCGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGt                         >  2:3565237/1‑100 (MQ=14)         gCGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGt                         >  2:311450/1‑100 (MQ=14)         gCGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCATTTACGC‑‑CGCATCCGCCATCAATGCCTGCTGCGACGCTTGCCGCGTCCTCTCAGGCCTATCCTAACCGTTGGt                         >  1:1803254/1‑100 (MQ=11)          cGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGt                         <  1:2285437/99‑1 (MQ=14)          cGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGt                         >  1:1650090/1‑99 (MQ=11)          cGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGt                         >  1:3939490/1‑99 (MQ=14)          cGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGCTGGt                         >  1:3073164/1‑99 (MQ=11)          cGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTCGCCGCGTCTTCTCACGCCTATCTTAAcc                               >  2:4876028/1‑93 (MQ=11)           gTGATTTTGCAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATTCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTa                       <  2:3288821/100‑1 (MQ=14)            tGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTaa                      >  2:856471/1‑100 (MQ=14)             gATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAAt                     >  2:3970166/1‑100 (MQ=14)              aTTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAAtt                    >  1:3590831/1‑100 (MQ=14)              aTTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAAtt                    >  2:2697617/1‑100 (MQ=14)              aTTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAAt                     <  1:4870046/99‑1 (MQ=14)               ttttGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAAttt                   >  1:1410505/1‑100 (MQ=14)               ttttGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAAttt                   >  1:542398/1‑100 (MQ=14)                tttGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAAtttt                  >  1:3374590/1‑100 (MQ=17)                tttGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAAtttt                  >  2:567243/1‑100 (MQ=17)                 ttGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAAttt                   <  2:3699348/98‑1 (MQ=14)                  tGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAAttttt                 >  1:4383116/1‑99 (MQ=17)                  tGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAAttttt                 <  1:203252/99‑1 (MQ=17)                   gTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTc                >  1:4192837/1‑99 (MQ=17)                    tAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCaa              <  1:693499/100‑1 (MQ=17)                    tAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCaa              <  1:5536176/100‑1 (MQ=17)                    tAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCaa              <  1:1541862/100‑1 (MQ=17)                    tAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCa               <  1:2487575/99‑1 (MQ=17)                    tAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCa               <  1:2233562/99‑1 (MQ=17)                    tAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTA‑‑CGTCGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCa               <  1:5240076/99‑1 (MQ=17)                    tAGGGCGGATAG‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCaa              <  1:537991/100‑1 (MQ=17)                     aGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCaaa             >  2:2913952/1‑100 (MQ=17)                     aGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCaaa             >  2:1702886/1‑100 (MQ=17)                     aGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCaaa             >  1:2044574/1‑100 (MQ=17)                     aGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCAATCTTAACCGTTCGTTAAttttt                 >  2:1372949/1‑96 (MQ=14)                      ggTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCaaa             >  1:694469/1‑99 (MQ=17)                      ggTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAAc            >  1:3259182/1‑100 (MQ=17)                      ggTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAAc            >  1:1104416/1‑100 (MQ=17)                      ggTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGACGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTc                >  2:932972/1‑96 (MQ=17)                       gTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAAct           >  2:1985066/1‑100 (MQ=17)                       gTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAAct           >  1:1603514/1‑100 (MQ=17)                       gTCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAAct           >  1:5302416/1‑100 (MQ=17)                        tCGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAAc            <  2:3961707/98‑1 (MQ=17)                         cGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAActct         >  1:2317073/1‑100 (MQ=18)                         cGGATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAActct         >  1:2317142/1‑100 (MQ=18)                          ggATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAActct         <  1:1376033/99‑1 (MQ=18)                          ggATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCtt        <  2:4112756/100‑1 (MQ=18)                          ggATAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGGTGGTTAATTTTTCAAActct         <  2:4591059/99‑1 (MQ=17)                            aTAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTca      <  2:3741538/100‑1 (MQ=18)                            aTAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTca      <  1:1045653/100‑1 (MQ=18)                            aTAA‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTca      <  1:1045327/100‑1 (MQ=18)                               a‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCacac   >  1:448444/1‑100 (MQ=21)                               a‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCacac   >  2:2169819/1‑100 (MQ=18)                               a‑‑GGCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCacac   >  1:1771286/1‑100 (MQ=21)                                  ggCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGCAGCGACGCTTGCCGCGTCCTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAACCTCTTCACAcc  >  1:946321/1‑100 (MQ=18)                                  ggCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAAcc                               <  2:3859452/71‑1 (MQ=11)                                  ggCGTTTACGC‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACAcc  >  1:1540240/1‑100 (MQ=21)                                          ||                                                                                             CTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAA‑‑GGCGTTTA‑‑C‑‑CGCATCCGACATCAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACC  >  NC_000913_3_bme_pgi/4296343‑4296471

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑