| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,543,241 | T→A | 10.5% | intergenic (+5/+27) | rfaK → / ← rfaL | lipopolysaccharide core biosynthesis/O‑antigen ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,543,241 | 0 | T | A | 10.5% | 190.9 / 11.0 | 66 | intergenic (+5/+27) | rfaK/rfaL | lipopolysaccharide core biosynthesis/O‑antigen ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/38); new base A (5/2); total (26/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
AAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGA > Exported/2543171‑2543311 | aaaGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGtttt < 1:1404516/71‑1 (MQ=255) atatCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACt < 1:2965469/71‑1 (MQ=255) tCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACt < 1:578698/68‑1 (MQ=255) tCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACt < 1:1867628/68‑1 (MQ=255) aTACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCActtc < 1:126567/71‑1 (MQ=255) cTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTa < 1:2578281/71‑1 (MQ=255) cTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTa < 1:2127508/71‑1 (MQ=255) aaaCTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAAc > 1:3140625/1‑71 (MQ=255) aaaCTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAAc > 1:1788131/1‑71 (MQ=255) aaaCTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAAc < 1:1712668/71‑1 (MQ=255) aaCTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACt > 1:3327863/1‑71 (MQ=255) aaCTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACt > 1:2469278/1‑71 (MQ=255) aCTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACtt < 1:2878789/71‑1 (MQ=255) cTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCAct < 1:2937305/60‑1 (MQ=255) cTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCAct < 1:472535/60‑1 (MQ=255) cTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACtt < 1:1939201/70‑1 (MQ=255) cTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACtt < 1:1692168/70‑1 (MQ=255) cTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACtt < 1:2545932/70‑1 (MQ=255) cTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACtt < 1:138152/70‑1 (MQ=255) tAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTa > 1:3257826/1‑50 (MQ=255) tAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGtt < 1:1753767/70‑1 (MQ=255) aCTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTAt < 1:2762368/71‑1 (MQ=255) aCTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTAt < 1:1962912/71‑1 (MQ=255) aCTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTAt < 1:1313852/71‑1 (MQ=255) cTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTAtt > 1:2734624/1‑71 (MQ=255) cTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTAtt > 1:2661489/1‑71 (MQ=255) cTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTAtt > 1:56239/1‑71 (MQ=255) tAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTc > 1:1973867/1‑71 (MQ=255) aTTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTc < 1:1960984/69‑1 (MQ=255) aTTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCtt < 1:3254402/71‑1 (MQ=255) aTTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCtt < 1:2317353/71‑1 (MQ=255) aTTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCtt < 1:1618195/71‑1 (MQ=255) ttCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTa < 1:1915410/43‑1 (MQ=255) ttCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCtta < 1:1805290/71‑1 (MQ=255) cAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTAtt > 1:2506074/1‑65 (MQ=255) cAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaat > 1:3004701/1‑71 (MQ=255) aGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaatt < 1:543973/71‑1 (MQ=255) aGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCttaat < 1:2774332/70‑1 (MQ=255) aaaGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTAAAACTCa < 1:346108/42‑1 (MQ=25) aaaGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTAAAACTCa < 1:996376/42‑1 (MQ=25) agagATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTAAAACTc > 1:2024386/1‑39 (MQ=25) agagATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTAAAACTCAct > 1:773924/1‑42 (MQ=21) aTTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACtt > 1:390929/1‑48 (MQ=255) tAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAattgtattg > 1:2504112/1‑70 (MQ=255) tGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGa > 1:3461531/1‑71 (MQ=255) tGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGa > 1:2226329/1‑71 (MQ=255) gTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTAc < 1:2987671/68‑1 (MQ=255) aGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAattgtattgt < 1:2829255/61‑1 (MQ=255) aGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAattgtattgt < 1:2965764/61‑1 (MQ=255) gATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGattatt > 1:3036422/1‑70 (MQ=255) tAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAattgta < 1:1158731/54‑1 (MQ=255) tAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAattgta < 1:370567/54‑1 (MQ=255) tAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAAt > 1:2841943/1‑71 (MQ=255) aagaagTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGactatt < 1:2675000/67‑1 (MQ=255) agaagTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATg < 1:3227640/70‑1 (MQ=255) agaagTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGa < 1:8063/71‑1 (MQ=255) aagTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGAc > 1:806642/1‑70 (MQ=255) agTGAGTTAAAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATg > 1:901460/1‑67 (MQ=255) agTGAGTTAAAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGAc > 1:1427653/1‑69 (MQ=255) agTGAGTTAAAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGAc > 1:2834243/1‑69 (MQ=255) tGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAg > 1:285604/1‑70 (MQ=255) tGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGt < 1:2108433/71‑1 (MQ=255) tGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGt < 1:2532575/71‑1 (MQ=255) aGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAattgta > 1:917868/1‑45 (MQ=255) aGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTa < 1:1578974/70‑1 (MQ=255) aGTTTTAACTCACTTCCTAAACTTGTTTATTCTtaattaat > 1:342735/1‑41 (MQ=255) gTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAag < 1:1019096/71‑1 (MQ=255) ttttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTaa < 1:1634317/69‑1 (MQ=255) tttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAAt < 1:2079778/59‑1 (MQ=255) ttAACTCTCTTCTTAATCTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATAGTTACGATTATTAAt < 1:119003/58‑1 (MQ=38) ttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGatta > 1:1815103/1‑53 (MQ=255) ttAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAagag > 1:2569738/1‑70 (MQ=255) tAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGa > 1:494164/1‑71 (MQ=255) | AAAGATATCGATACTGAAACTTTAACTAATTCAGTAAAGAGATTAAGTTGTATAGATAAGAAGTGAGTTTTAACTCACTTCTTAAACTTGTTTATTCTTAATTAATTGTATTGTTACGATTATTAATGACGAGTAAGAGGA > Exported/2543171‑2543311 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |