| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,833,483 | C→A | 8.3% | T266N (ACC→AAC) | groL → | Cpn60 chaperonin GroEL, large subunit of GroESL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,833,483 | 0 | C | A | 8.3% | 203.6 / 4.0 | 60 | T266N (ACC→AAC) | groL | Cpn60 chaperonin GroEL, large subunit of GroESL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/25); new base A (2/3); total (32/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.57e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.62e-01 | |||||||||||
GCAAACCGCTGCTGATCATCGCTGAAGATGTAGAAGGCGAAGCGCTGGCAACTCTGGTTGTTAACACCATGCGTGGCATCGTGAAAGTCGCTGCGGTTAAAGCACCGGGCTTCGGCGATCGTCGTAAAGCTATGCTG > Exported/2833417‑2833553 | gCAAACCGCTGCTGATCATCGCTGAAGATGTAGAAGGCGAAGCGCTGGCAACTCTGGTTGTTAACACCAt > 1:845421/1‑70 (MQ=255) aCCGCTGCTGATCATCGCTGAAGATGTAGAAGGCTAAGCGCTGGCAACTCTGGTTGTTAACACCATGCGTg < 1:1103263/71‑1 (MQ=255) aCCGCTGCTGATCATCGCTGAAGATGTAGAAGGCTAAGCGCTGGCAACTCTGGTTGTTAACACCATGCGTg < 1:1106701/71‑1 (MQ=255) gctgATCATCGCTGAAGATGTAGAAGGCGAAGCGCTGGCAACTCTGGTTGTTAACACCATGCGTGGCATCg > 1:1291864/1‑71 (MQ=255) catcGCTGAAGATGTAGAAGGCGAAGCGCTGGCAACTCTGGTTGTTAACACCATGCGTGGCATCGTGa > 1:2040291/1‑68 (MQ=255) gCTGAAGATGTAGAAGGCGAAGCGCTGGCAACTCTGGTTGTTAACACCATGCGTGGCATCGTGAAAGTCGc > 1:608405/1‑71 (MQ=255) gAAGATGTAGAAGGCGAAGCGCTGGCAACTCTGGTTGTTAACACCATGCGTGGCATCGt < 1:139691/59‑1 (MQ=255) aGATGTAGAAGGCGAAGCGCTGGCAACTCTGGTTGTTAACACCATGCGTGGCATCGTGAAAGTCGCTGCgg > 1:1806915/1‑71 (MQ=255) gATGTAGAAGGCGAAGCGCTGGCAACTCTGGTTGTTAACACCATGCGTGGCATCGTGAAAGTCGCTGCGGt < 1:2311175/71‑1 (MQ=255) aTGTAGAAGGCGAAGCGCTGGCAACTCTGGTTGTTAACACCAt < 1:810851/43‑1 (MQ=255) aTGTAGAAGGCGAAGCGCTGGCAACTCTGGTTGTTAACACCAt < 1:2878379/43‑1 (MQ=255) aTGTAGAAGGCGAAGCGCTGGCAACTCTGGTTGTTAACACCAt < 1:1715907/43‑1 (MQ=255) tGTAGAAGGCGAAGCGCTGGCAACTCTGGTTGTTAACACCATGCGTGGCATCGTGAAAGTCGCTGCGGTTa < 1:187616/71‑1 (MQ=255) gTAGAAGGCGAAGCGCTGGCAACTCTGGTTGTTAACACCATGCGTGGCATCGTg > 1:411087/1‑54 (MQ=255) gTAGAAGGCGAAGCGCTGGCAACTCTGGTTGTTAACACCATGCGTGGCATCGTg > 1:2997129/1‑54 (MQ=255) tAGAAGGCGAAGCGCTGTCAACTCTGGTTGTTAACACCATGCGTGGCATCGTGAAAGTCGCTGCGGTTaa < 1:1683449/70‑1 (MQ=255) tAGAAGGCGAAGCGCTGGCAACTCTGGTTGTTAACACCATGCGTGGCATCGTGAAAGTCGCTGCGGTTaa < 1:345681/70‑1 (MQ=255) tAGAAGGCGAAGCGCTGGCAACTCTGGTTGTTAACACCATGCGTGGCATCGTGAAAGTCGCTGCGGTTaa < 1:1725063/70‑1 (MQ=255) tAGAAGGCGAAGCGCTGGCAACTCTGGTTGTTAACACCATGCGTGGCATCGTGAAAGTCGCTGCGGTTaa < 1:593785/70‑1 (MQ=255) 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1:566288/1‑71 (MQ=255) ccATGCGTGGCATCGTGAAAGTCGCTGCGGTTAAAGCACCGGGCTTCGGCGATCGTCGTAAAGCTAtgctg < 1:1180969/71‑1 (MQ=255) | GCAAACCGCTGCTGATCATCGCTGAAGATGTAGAAGGCGAAGCGCTGGCAACTCTGGTTGTTAACACCATGCGTGGCATCGTGAAAGTCGCTGCGGTTAAAGCACCGGGCTTCGGCGATCGTCGTAAAGCTATGCTG > Exported/2833417‑2833553 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |