| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,684,717 | A→G | 100% | pseudogene (342/582 nt) pseudogene (1405/1645 nt) |
ilvG ← ilvG ← |
ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,684,717 | 0 | A | G | 100.0% | 349.9 / NA | 98 | pseudogene (342/582 nt) pseudogene (1405/1645 nt) | ilvG ilvG | ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (46/52); total (46/52) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGTAAGGGTGGTTTCGCTGTATCGTTCCTGAAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGATTTTCAAC > AP009048/3684650‑3684783 | gAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaa > 1:2884591/1‑70 (MQ=255) aaGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa > 1:1119941/1‑71 (MQ=255) aaGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa > 1:4615428/1‑71 (MQ=255) ggCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaa < 1:3073678/68‑1 (MQ=255) gcgcTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAg < 1:2823312/71‑1 (MQ=255) gcgcTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAg < 1:1793399/71‑1 (MQ=255) cgcTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGt < 1:72082/71‑1 (MQ=255) cTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtg < 1:5138101/71‑1 (MQ=255) tGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgc > 1:5197318/1‑71 (MQ=255) tGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgc > 1:3948820/1‑71 (MQ=255) gCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgctg > 1:4544153/1‑71 (MQ=255) tAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGtt > 1:4101208/1‑65 (MQ=255) aaCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAAc < 1:3773027/60‑1 (MQ=255) aaCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGt < 1:669714/63‑1 (MQ=255) aaCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgctg > 1:419031/1‑68 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGtt < 1:107172/63‑1 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgctg > 1:4727162/1‑67 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCa < 1:3088751/70‑1 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCAt > 1:4272919/1‑71 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCAt > 1:3785174/1‑71 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATAGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCa < 1:856777/70‑1 (MQ=255) cATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCa < 1:2525663/69‑1 (MQ=255) cATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCAtt < 1:865326/71‑1 (MQ=255) aTGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTg < 1:2564019/71‑1 (MQ=255) aTGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTg > 1:1631395/1‑71 (MQ=255) gAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa > 1:2280790/1‑54 (MQ=255) gAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgc < 1:4252661/61‑1 (MQ=255) gAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATAACGTTCCTGgaaaa > 1:3477294/1‑53 (MQ=255) aGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg < 1:820412/71‑1 (MQ=255) aGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg < 1:4801936/71‑1 (MQ=255) ggAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg < 1:1479771/70‑1 (MQ=255) ggAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg > 1:3200681/1‑70 (MQ=255) tCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTACTGCCATTGTCGAACCAt < 1:4864395/71‑1 (MQ=255) cGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATc > 1:3879371/1‑71 (MQ=255) gggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATcc > 1:38688/1‑70 (MQ=255) ggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCt < 1:4541098/71‑1 (MQ=255) ggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCt < 1:735323/71‑1 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa < 1:1900458/41‑1 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa < 1:414901/41‑1 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaa < 1:5034384/40‑1 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgct > 1:4563491/1‑49 (MQ=38) tATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAAc > 1:176369/1‑71 (MQ=255) tcggTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAAcc < 1:2922442/67‑1 (MQ=255) tcggTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCg > 1:3430540/4‑71 (MQ=255) ggTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGt < 1:4206116/69‑1 (MQ=255) ggTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCATGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGt < 1:4757730/69‑1 (MQ=255) gTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTg > 1:3768193/1‑71 (MQ=255) tAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTgg > 1:4654491/1‑71 (MQ=255) aGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGt > 1:3153443/1‑70 (MQ=255) aGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGt < 1:4929216/70‑1 (MQ=255) aGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGt > 1:3323326/1‑70 (MQ=255) gggTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTa < 1:2656801/71‑1 (MQ=255) gggTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTa < 1:3143180/71‑1 (MQ=255) ggtggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTAt < 1:2636503/71‑1 (MQ=255) gtggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgc > 1:465470/1‑36 (MQ=37) gtggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATc < 1:1384201/71‑1 (MQ=255) tggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGaa > 1:2251778/1‑48 (MQ=38) gtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGa < 1:4946216/70‑1 (MQ=255) gtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAg < 1:821012/71‑1 (MQ=255) tttCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCAt < 1:2228083/49‑1 (MQ=38) tttCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCg < 1:1258985/68‑1 (MQ=255) tttCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCg < 1:4254962/68‑1 (MQ=255) tttCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGt < 1:3203561/71‑1 (MQ=255) ttCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCt < 1:2303866/52‑1 (MQ=39) ttCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGt > 1:3527110/1‑70 (MQ=255) tCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGt > 1:142585/1‑69 (MQ=255) cGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGt > 1:444656/1‑68 (MQ=255) gCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGa < 1:700905/71‑1 (MQ=255) gCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGa > 1:5084257/1‑71 (MQ=255) gCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGa > 1:3336446/1‑71 (MQ=255) tatATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGAc > 1:5202033/3‑70 (MQ=255) tatATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGAc > 1:3765017/3‑70 (MQ=255) atATCGTTCCTGGAAAAACATTTGCTTCCATTGTCGAAc < 1:1000342/38‑1 (MQ=25) atATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg < 1:5171122/35‑1 (MQ=37) atATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAAc < 1:1305214/38‑1 (MQ=38) atATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGa > 1:3577860/2‑71 (MQ=255) atATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGa > 1:5185783/2‑71 (MQ=255) atATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGa > 1:4633573/2‑71 (MQ=255) tATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTa < 1:2102027/64‑1 (MQ=255) tATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACg < 1:1812389/69‑1 (MQ=255) tATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGAt > 1:1228565/1‑71 (MQ=255) aTCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGaa > 1:797006/1‑36 (MQ=255) tCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGt < 1:555889/49‑1 (MQ=255) tCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGAttt < 1:174857/71‑1 (MQ=255) tCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGAttt < 1:793488/71‑1 (MQ=255) tCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGAttt > 1:4221060/1‑71 (MQ=255) cGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTg > 1:1476428/1‑50 (MQ=255) cGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGAtttt > 1:2875979/1‑71 (MQ=255) gTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGAtttt > 1:654575/1‑70 (MQ=255) gTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGATTTTc < 1:537189/71‑1 (MQ=255) gTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGATTTTc < 1:1314708/71‑1 (MQ=255) ttCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGt < 1:5347754/46‑1 (MQ=255) ttCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGt < 1:5341738/46‑1 (MQ=255) tCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTaa > 1:4526387/1‑59 (MQ=255) tCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGATTTTCaa > 1:758331/1‑71 (MQ=255) tCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGATTTTCaa > 1:1697322/1‑71 (MQ=255) tCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGATTTTCaa > 1:1027207/1‑71 (MQ=255) ccTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGATTTTCAAc > 1:2581918/1‑71 (MQ=255) cTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGa < 1:3760764/53‑1 (MQ=255) cTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGATTTTCAAc > 1:2211093/1‑70 (MQ=255) | CGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGTAAGGGTGGTTTCGCTGTATCGTTCCTGAAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGACGATTTTCAAC > AP009048/3684650‑3684783 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |