| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,627,679 | C→A | 5.1% | P20T (CCA→ACA) | rhtB → | neutral amino‑acid efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,627,679 | 0 | C | A | 5.1% | 394.1 / 3.3 | 115 | P20T (CCA→ACA) | rhtB | neutral amino‑acid efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (71/38); new base A (3/3); total (74/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CCGGGAGTTCATCATGACCTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCTCGCTCAACCACGGTTATCGCGGCGCGGTGGCGTCTAT > AP009048/3627609‑3627749 | ccGGGAGTTCATCATGACCTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGc < 1:3299346/71‑1 (MQ=255) cGGGAGTTCATCATGACCTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGcc < 1:2315040/71‑1 (MQ=255) cGGGAGTTCATCATGACCTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGc > 1:3898749/1‑70 (MQ=255) cGGGAGTTCATCATGACCTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGc > 1:1810108/1‑70 (MQ=255) aGTTCATCATGACCTTAGAATGGTGGTTTGCCTACATGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGc > 1:1139648/1‑71 (MQ=255) gTTCATCATGACCTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGct > 1:1080948/1‑71 (MQ=255) ttCATCATGACCTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGcc < 1:4240075/65‑1 (MQ=255) ttCATCATGACCTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGcc < 1:5136023/65‑1 (MQ=255) catcatGACCTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGct > 1:4264444/1‑68 (MQ=255) catcatGACCTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTg > 1:4779329/1‑71 (MQ=255) catcatGACCTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTg > 1:4023975/1‑71 (MQ=255) catcatGACCTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTg > 1:545268/1‑71 (MQ=255) catcatGACCTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGGCGACAGGctta < 1:1775971/70‑3 (MQ=255) atcatGACCTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGctct < 1:4286200/69‑1 (MQ=255) atcatGACCTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTgg > 1:3807054/1‑71 (MQ=255) catGACCTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTg > 1:4612239/1‑71 (MQ=255) tGACCTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGc > 1:3993524/1‑70 (MQ=255) gACCTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCaa > 1:4001970/1‑71 (MQ=255) aCCTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCaa > 1:4712481/1‑70 (MQ=255) aCCTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCaa < 1:2342498/70‑1 (MQ=255) ccTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAAt > 1:162169/1‑70 (MQ=255) ccTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAAt > 1:4653030/1‑70 (MQ=255) ccTTAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATc < 1:4705102/71‑1 (MQ=255) ttAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAAt < 1:1627125/68‑1 (MQ=255) tAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCaa > 1:4356465/1‑70 (MQ=255) tAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCaa > 1:875843/1‑70 (MQ=255) tAGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCa > 1:4345653/1‑69 (MQ=255) aGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCa > 1:107774/1‑52 (MQ=255) aGAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAaca > 1:1331851/1‑71 (MQ=255) gAATGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAacac < 1:562715/71‑1 (MQ=255) aaTGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAacac < 1:5124411/70‑1 (MQ=255) aTGGTGGTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTa < 1:1599744/71‑1 (MQ=255) tggtggTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTa > 1:745585/1‑70 (MQ=255) tggtggTTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTAt < 1:3909679/71‑1 (MQ=255) gtggtTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCaa < 1:4675099/59‑1 (MQ=255) gtggtTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATg > 1:2963610/1‑70 (MQ=255) tggtTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCa > 1:1752638/1‑57 (MQ=255) tggtTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGac < 1:2682297/71‑1 (MQ=255) gtTTGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGacc > 1:1687045/1‑70 (MQ=255) tttGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGcc < 1:2403062/41‑1 (MQ=255) ttGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATg < 1:1128070/65‑1 (MQ=255) tGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCt > 1:4106927/1‑71 (MQ=255) tGCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCt > 1:2016471/1‑71 (MQ=255) gCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCaa > 1:2035567/1‑52 (MQ=255) gCCTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCt < 1:5159727/70‑1 (MQ=255) ccTACCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTAt > 1:4901763/1‑61 (MQ=255) aCCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTgg > 1:4591989/1‑43 (MQ=255) aCCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTAt < 1:658435/58‑1 (MQ=255) aCCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACGTCGCt > 1:5210276/1‑70 (MQ=255) aCCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCTCGCt > 1:4470084/1‑70 (MQ=255) aCCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCTCGCt > 1:933722/1‑70 (MQ=255) aCCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCTCGCt > 1:341007/1‑70 (MQ=255) aCCTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTCTCGCCAGGCTCTgg > 1:4464174/1‑43 (MQ=255) ccTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCTCGCTc > 1:3630545/1‑70 (MQ=255) ccTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCTCGCTc > 1:1511059/1‑70 (MQ=255) ccTGCTGACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCTCGCTc < 1:1563952/70‑1 (MQ=255) ctgctgACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGaccacc > 1:3029691/1‑63 (MQ=255) ctgctgACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCTCGCTCaa > 1:2326762/1‑71 (MQ=255) tgctgACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGc < 1:5337997/43‑1 (MQ=255) gctgACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGc < 1:3573124/42‑1 (MQ=255) gctgACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCaac > 1:341868/1‑44 (MQ=255) gctgACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAacac > 1:120816/1‑51 (MQ=255) gctgACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCTCGCTCAAc > 1:3660407/1‑70 (MQ=255) gctgACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCTCGCTCAAc > 1:1990726/1‑70 (MQ=255) ctgACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCTCGCTCa < 1:1836578/67‑1 (MQ=255) ctgACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCTCGCTCAAc < 1:1721726/69‑1 (MQ=255) ctgACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCTCGCTCAACCa > 1:1538319/1‑71 (MQ=255) ctgACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCTCGCTCAACCa > 1:2257744/1‑71 (MQ=255) tgACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATg > 1:3322666/1‑53 (MQ=255) tgACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGaccgcc > 1:3326011/1‑59 (MQ=255) tgACATCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCTCGCTCAACCAc > 1:556631/1‑71 (MQ=255) aTCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCTCGCTCAACCACGGtt < 1:85041/71‑1 (MQ=255) aTCGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCTCGCTCAACCACGGtt < 1:2430077/71‑1 (MQ=255) cGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGaccac > 1:2772606/1‑52 (MQ=255) cGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGa > 1:1432489/1‑48 (MQ=255) cGATCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCTCGCTCAACCACGGTTAt > 1:3543925/1‑71 (MQ=255) aTCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCTCGCTCAACCACGGTTATcg < 1:4802220/71‑1 (MQ=255) tCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGacca > 1:4452911/1‑48 (MQ=255) tCATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCTCGCTCAACCACGGTTATcgc > 1:4981451/1‑71 (MQ=255) cATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATg > 1:1118242/1‑43 (MQ=255) cATTTTAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCTCGCTCAACCACg > 1:4579338/1‑62 (MQ=255) tttAAGCCTGTCGCCAGGCTCTGGTGCAATCAACACTATGACCACCTCGCTCAACCACGGTTATcgcggc > 1:1056501/1‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |