| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 224374 | NA (NA) | 4 (0.080) | 3/88 | NT | NA | noncoding (604/1542 nt) | rrsH | 16S ribosomal RNA |
| ? | AP009048 | = 224403 | NA (NA) | noncoding (633/1542 nt) | rrsH | 16S ribosomal RNA | |||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
CGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/224298‑224374‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcagatg‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTACGCCCAG < AP009048/224403‑224334 CGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGTAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGT > 1:922331/1‑71CGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGT < 1:3404916/71‑1CGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGT < 1:3672817/71‑1CGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGT < 1:3757076/71‑1CGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGT < 1:4136265/71‑1 GGTAATACGGAGGGTGGAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGT > 1:5044692/1‑70 GGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTC < 1:3579078/71‑1 GGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTC < 1:1545396/71‑1 GGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGT > 1:2285242/1‑70 GGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCCCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTC < 1:2904000/71‑1 GGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCCCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTC < 1:2910164/71‑1 GTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCA < 1:4752040/71‑1 GTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCA < 1:1618882/71‑1 GTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCA < 1:3077836/71‑1 GTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCA < 1:1687265/71‑1 GTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCA < 1:2778852/71‑1 GTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCA < 1:4772517/71‑1 GTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGT > 1:2661160/1‑69 GTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGT > 1:1994274/1‑69 TAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGT > 1:4787250/1‑68 TAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGT > 1:3050007/1‑68 TAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGT > 1:2231985/1‑68 TAATACGGAGGGTCCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGT > 1:2375168/1‑68 AATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGT > 1:842615/1‑67 AATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGT > 1:3486659/1‑67 ATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAatc > 1:5321349/1‑68 ATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGAT > 1:2570777/1‑71 ATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGAT < 1:403897/71‑1 ATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGAT > 1:4473880/1‑71 ATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGA > 1:3865542/1‑70 ATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGA < 1:5160251/70‑1 TACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATG < 1:2865348/71‑1 TACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATG < 1:3097382/71‑1 TGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTC < 1:1026871/57‑1 GCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCA < 1:1821645/57‑1 CAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAG < 1:2337836/57‑1 CAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAG < 1:1230062/57‑1 AGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGAT > 1:3240895/1‑57 TAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTC > 1:1168628/1‑48 ATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGAT > 1:2294458/1‑50 TCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGA > 1:4299069/1‑48 TCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAG < 1:657273/47‑1 TCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCA > 1:4802277/1‑46 CGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAG < 1:4934333/46‑1 GGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAG > 1:4304944/1‑45 TTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGA < 1:1884066/42‑1 TTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTC < 1:508133/39‑1 TTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTC < 1:822025/39‑1 TACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAG < 1:5150453/40‑1 TACTGGGCGTAAAGCGCACGAAGGCGGTTTGTTAAGTCAG < 1:1179195/40‑1 GCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATC < 1:4924451/63‑1 CGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATGTGAAATCCCAGGTTGAGCCCGGGGATT < 1:1222622/52‑1 TGTTAAGTCAGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATC > 1:2794179/1‑47 TCAGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTAC > 1:2285279/1‑71 TCAGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTAC > 1:2882277/1‑71 TCAGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTAC > 1:1779927/1‑71 TCAGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTAC > 1:4854458/1‑71 TCAGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTAC > 1:2813684/1‑71 TCAGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTAC > 1:261633/1‑71 TCAGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTAC < 1:846712/71‑1 TCAGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTAC < 1:2986465/71‑1 TCAGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTA < 1:2118294/70‑1 TCAGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTA < 1:414826/47‑1 TCAGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTT < 1:4278784/46‑1 TCAGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACT > 1:4863628/1‑45 TCAGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACA > 1:32381/1‑38 TCAGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACA > 1:25949/1‑38 CAGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTTCGTGCGCTTTAC > 1:1246891/1‑70 CAGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTAC > 1:1265274/1‑70 AGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGCTTTCACATCTGACTTAACAAAC > 1:3971440/1‑51 AGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTACGC > 1:2855330/1‑71 AGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTACGC > 1:5050040/1‑71 AGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTACGC > 1:3304818/1‑71 AGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTACGC < 1:5017477/71‑1 AGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTACG < 1:4920174/70‑1 AGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCG < 1:4162220/63‑1 AGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAA > 1:4496263/1‑46 AGATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAA > 1:1526348/1‑46 GATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTACGCC < 1:4615499/71‑1 GATG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTACGCC < 1:1375352/71‑1 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TG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTACGCC > 1:22314/1‑69 TG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTACGCC > 1:2430446/1‑69 TG‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAA > 1:3049678/1‑43 TG‑CAGTTCCCAGGTT‑AGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTACGCCCAG > 1:3151610/1‑71 G‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTACGCCCAG > 1:4861403/1‑71 G‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTACGCCCAG > 1:4784339/1‑71 G‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTACGCCC > 1:4885999/1‑69 G‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGT > 1:4873587/1‑56 CGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCAGATG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/224298‑224374‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcagatg‑CAGTTCCCAGGTTGAGCCCGGGGATTTCACATCTGACTTAACAAACCGCCTGCGTGCGCTTTACGCCCAG < AP009048/224403‑224334 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |