| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,810,871 | G→A | 11.1% | D625D (GAC→GAT) | uvrA ← | ATPase and DNA damage recognition protein of nucleotide excision repair excinuclease UvrABC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,810,871 | 0 | G | A | 11.1% | 279.2 / 19.8 | 90 | D625D (GAC→GAT) | uvrA | ATPase and DNA damage recognition protein of nucleotide excision repair excinuclease UvrABC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/39); new base A (3/7); total (44/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.70e-01 | |||||||||||
GTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACTTTTTCCGGATTCGCCGGAACGCGTTTC > Exported/2810803‑2810940 | gTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTc > 1:3456415/1‑71 (MQ=255) gATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCtt < 1:1021559/71‑1 (MQ=255) tACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAg > 1:6953263/1‑70 (MQ=255) tACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAg < 1:6798216/70‑1 (MQ=255) ccGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGgtt > 1:900759/1‑71 (MQ=255) ccGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGgtt < 1:1567449/71‑1 (MQ=255) ggAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGgttgt > 1:4514939/1‑71 (MQ=255) gAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGgttgt < 1:925969/70‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |