| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,810,865 | C→G | 15.9% | T627T (ACG→ACC) | uvrA ← | ATPase and DNA damage recognition protein of nucleotide excision repair excinuclease UvrABC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,810,865 | 0 | C | G | 15.9% | 172.1 / 22.2 | 63 | T627T (ACG→ACC) | uvrA | ATPase and DNA damage recognition protein of nucleotide excision repair excinuclease UvrABC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/27); new base G (3/7); total (29/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.61e-01 | |||||||||||
TAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACTTTTTCCGGATTCGCCGGAACGC > Exported/2810795‑2810935 | tAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGcagcgtcagc > 1:6612311/1‑71 (MQ=255)tAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACACACCGGcagcgtcagc > 1:5363842/1‑71 (MQ=255)tAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGAGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGcagcgtcagc > 1:2048970/1‑71 (MQ=255) aaTCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGcagcgtcagcg > 1:5649258/1‑71 (MQ=255) attaGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGcagcgtcagcg < 1:3966271/67‑1 (MQ=255) aTCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGcagcgtcagcg < 1:5497918/70‑1 (MQ=255) aGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCAc > 1:6409353/1‑71 (MQ=255) aGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCAc > 1:4387771/1‑71 (MQ=255) 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(MQ=255) gcgtcaCGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACTTTTTCCGGATTCGCCGGAAcg > 1:769593/1‑71 (MQ=255) cgtcaCGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACTTTTTCCGGATTCGCCGGAAcgc < 1:3967437/71‑1 (MQ=255) | TAATCAGCGTCGATTTACCGGAACCTGAAACCCCGGTGATGCAGGTAAACAGACCCACCGGCAGCGTCAGCGTCACGTCCTTCAGGTTGTTGCCGCGTGCGCCTGTCAGCTTCAGCACTTTTTCCGGATTCGCCGGAACGC > Exported/2810795‑2810935 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |