| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,638,461 | C→T | 6.8% | R151R (CGC→CGT) | ugpC → | glycerol‑3‑phosphate transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,638,461 | 0 | C | T | 6.8% | 394.9 / 12.9 | 118 | R151R (CGC→CGT) | ugpC | glycerol‑3‑phosphate transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (62/48); new base T (5/3); total (67/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
AAACGTCGCCCGCGCGAGCTTTCCGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTCCTGTTTGATGAGCCGCTCTCTAACCTCGATGCCAAGCTGCGCGTGCAGATG > Exported/2638393‑2638527 | aCGTCGCCCGCGCGAGCTTTCCGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATc > 1:855327/1‑71 (MQ=255) aCGTCGCCCGCGCGAGCTTTCCGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATc > 1:1401802/1‑71 (MQ=255) aCGTCGCCCGCGCGAGCTTTCCGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATc > 1:1523661/1‑71 (MQ=255) cGTCGCCCGCGCGAGCTTTCCGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATcc < 1:5940339/71‑1 (MQ=255) gccGCCCGCGTGAGCTATCTGGCGGTCAGCGTCAGCGTGTGGCGATGGGGCGTGCGATTGTGCGTGAGCcg < 1:3781526/69‑1 (MQ=19) gccGCCCGCGTGAGCTATCTGGCGGTCAGCGTCAGCGTGTGGCGATGGGGCGTGCGATTGTGCGTGAGCcg < 1:6693025/69‑1 (MQ=19) gcgcgAGCTTTCCGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGgtgt < 1:4886983/71‑1 (MQ=255) gcgAGCTTTCCGGCGGTCAGCGCCAGCGTGTGGCGATGGGCCGCGCGATTGTGCGCGATCCGGCGGTGTTc > 1:6539646/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |