| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,139,798 | T→C | 11.1% | N437S (AAC→AGC) | infB ← | fused protein chain initiation factor 2, IF2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,139,798 | 0 | T | C | 11.1% | 308.4 / 25.6 | 108 | N437S (AAC→AGC) | infB | fused protein chain initiation factor 2, IF2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (55/41); new base C (6/6); total (61/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
GCGCACCACGAGCACGCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGTTTCAACGTGGTATGCACCAATGTGCTGGGTAATGCCGCCCGCTTCGCCAGAGGCCACTTTCGT > Exported/2139730‑2139868 | gcgcACCACGAGCACGCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGttt > 1:2348585/1‑71 (MQ=255)gcgcACCACGAGCACGCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGttt > 1:1981634/1‑71 (MQ=255) cgcACCACGAGCACGCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGtttt < 1:5468651/71‑1 (MQ=255) acGAGCACGCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGttt > 1:6226096/1‑71 (MQ=255) acGAGCACGCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGttt > 1:106908/1‑71 (MQ=255) acGAGCACGCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTAAGttt > 1:723294/1‑71 (MQ=255) cGAGCACGCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGttt > 1:3377095/1‑70 (MQ=255) cGAGCACGCATTGAAGTAAACGCGGCGTGCCCCGGGGTGTCCAGGAAGGTGATCATGCCGTTTTCAGtt < 1:6590845/69‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |