| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 13,583 | T→G | 6.6% | V474G (GTT→GGT) | dnaK → | chaperone Hsp70, co‑chaperone with DnaJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 13,583 | 0 | T | G | 6.6% | 415.1 / 22.0 | 151 | V474G (GTT→GGT) | dnaK | chaperone Hsp70, co‑chaperone with DnaJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (69/72); new base G (8/2); total (77/74) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.84e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
ACAAATCTCTGGGTCAGTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGATGCTGACGGTATCCTGCACGTTTCCGCGAAAGATAAAAACAGCGGTAAAGAGCAG > Exported/13514‑13653 | aCAAATCTCTGGGTCAGTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGt < 1:141291/70‑1 (MQ=255) aaaTCTCTGGGTCAGTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTAc > 1:1603674/1‑71 (MQ=255) aTCTCTGGGTCAGTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCt > 1:2977479/1‑71 (MQ=255) gggTCAGTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGata > 1:6261313/1‑71 (MQ=255) gTCAGTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATc < 1:4324541/71‑1 (MQ=255) tCAGTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATc > 1:357250/1‑70 (MQ=255) gTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGATg < 1:3606120/71‑1 (MQ=255) gTTCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGATg < 1:5629640/71‑1 (MQ=255) tCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATc > 1:855763/1‑65 (MQ=255) tCAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCAAGCCGCAGATCGAAGTTAcca > 1:1937802/1‑56 (MQ=255) cAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGata > 1:447446/1‑62 (MQ=255) cAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGATg > 1:2522621/1‑68 (MQ=255) cAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGATGCt > 1:5902923/1‑70 (MQ=255) cAACCTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGATGCt > 1:5186079/1‑70 (MQ=255) ccTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATc < 1:2908979/61‑1 (MQ=255) ccTAGATGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGATGCTGACg > 1:6614363/1‑71 (MQ=255) aTGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATc < 1:4802027/56‑1 (MQ=255) aTGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATc < 1:4503383/56‑1 (MQ=255) aTGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATc < 1:5430815/56‑1 (MQ=255) aTGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATc < 1:166964/56‑1 (MQ=255) tGGTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGATGCTGACGGTATcc > 1:6568638/1‑71 (MQ=255) ggTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGt > 1:3801897/1‑41 (MQ=255) ggTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGa > 1:2265025/1‑56 (MQ=255) ggTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGa > 1:2500743/1‑56 (MQ=255) ggTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGATg < 1:2033667/58‑1 (MQ=255) ggTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGATg < 1:5559418/58‑1 (MQ=255) ggTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGATg < 1:1805074/58‑1 (MQ=255) ggTATCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGATATCGATg < 1:4185801/58‑1 (MQ=255) aTCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGa > 1:5636874/1‑47 (MQ=255) aTCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGa > 1:1241767/1‑47 (MQ=255) aTCAACCCGGCACCGCGCGGCATGCCGCAGATCGAAGTTACCTTCGa > 1:603605/1‑47 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |