| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,684,705 | G→A | 100% | pseudogene (354/582 nt) pseudogene (1417/1645 nt) |
ilvG ← ilvG ← |
ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,684,705 | 0 | G | A | 100.0% | 293.2 / NA | 95 | pseudogene (354/582 nt) pseudogene (1417/1645 nt) | ilvG ilvG | ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (37/58); total (37/58) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GGCCATGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGTAAGGGTGGTTTCGCTGTATCGTTCCTGAAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAA > AP009048/3684638‑3684770 | ggCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTatat > 1:875553/1‑71 (MQ=255) gCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATc < 1:3709526/71‑1 (MQ=255) gggATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTc > 1:4556716/2‑71 (MQ=255) gggATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTc < 1:2732137/70‑1 (MQ=255) gggATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTc > 1:2328798/2‑71 (MQ=255) ggATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTcc > 1:3608903/1‑71 (MQ=255) ggATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTcc > 1:1384874/1‑71 (MQ=255) aTGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTg > 1:4990270/1‑71 (MQ=255) gCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCt < 1:2522062/68‑1 (MQ=255) cGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCt < 1:1749392/66‑1 (MQ=255) cGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaa < 1:2279651/71‑1 (MQ=255) cGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTACTGgaaa < 1:1860257/71‑1 (MQ=255) cGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGCTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaa > 1:836278/1‑70 (MQ=255) gAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaa < 1:1052195/71‑1 (MQ=255) gAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaa < 1:21625/71‑1 (MQ=255) aaGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa > 1:5174635/1‑71 (MQ=255) aaGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa < 1:1162627/71‑1 (MQ=255) aGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa > 1:1922641/1‑70 (MQ=255) aGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAAc < 1:4167665/71‑1 (MQ=255) aGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAAc < 1:2802240/71‑1 (MQ=255) ggCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa > 1:3131578/1‑69 (MQ=255) gcgcTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa > 1:4612539/1‑68 (MQ=255) cgcTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTg > 1:2489905/1‑61 (MQ=255) cgcTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaa > 1:4947620/1‑66 (MQ=255) gcTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGtt < 1:311895/71‑1 (MQ=255) gcTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGtt > 1:1170503/1‑71 (MQ=255) cTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaa < 1:832746/64‑1 (MQ=255) cTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGtt > 1:3365092/1‑70 (MQ=255) tGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGtt < 1:4709373/69‑1 (MQ=255) ggCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgct > 1:2830189/1‑71 (MQ=255) gCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACa > 1:3786914/1‑64 (MQ=255) gCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGt > 1:970625/1‑66 (MQ=255) gCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgctg > 1:4608907/1‑71 (MQ=255) gCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgctg > 1:2557342/1‑71 (MQ=255) gCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgct < 1:4867127/70‑1 (MQ=255) gCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgc > 1:1818459/1‑69 (MQ=255) tAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTc < 1:3853883/51‑1 (MQ=255) aaCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATc < 1:955963/46‑1 (MQ=255) aaCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATc < 1:1657975/46‑1 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCt > 1:3933912/1‑51 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGcc < 1:3151177/69‑1 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCAt > 1:2923889/1‑71 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCAt > 1:4027875/1‑71 (MQ=255) aTGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCAtt < 1:198686/70‑1 (MQ=255) aTGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTg > 1:3937457/1‑71 (MQ=255) aGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTc > 1:1487212/1‑70 (MQ=255) aGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg < 1:3840770/71‑1 (MQ=255) ggAAATCGGGGTTATCGGTAATGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGa < 1:1692139/71‑1 (MQ=255) ggAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGa < 1:2374461/71‑1 (MQ=255) gAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGaa > 1:2014138/1‑71 (MQ=255) aaTCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCTAAcc < 1:4801514/71‑1 (MQ=255) aaTCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAAcc < 1:4057691/71‑1 (MQ=255) tCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGt < 1:1543861/36‑1 (MQ=38) tCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgctgc < 1:4825151/57‑1 (MQ=255) cGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATc > 1:3871455/1‑71 (MQ=255) gggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg < 1:562514/62‑1 (MQ=255) ggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCt < 1:1111621/71‑1 (MQ=255) ggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCt < 1:487421/71‑1 (MQ=255) ggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCt < 1:3539860/71‑1 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGtt < 1:1446463/46‑1 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGt > 1:2385814/1‑57 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCt < 1:4024703/69‑1 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCt < 1:231998/69‑1 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTaa < 1:1540076/71‑1 (MQ=255) aTCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAg < 1:656460/42‑1 (MQ=37) aTCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAg < 1:5052563/42‑1 (MQ=37) aTCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAAcc > 1:701912/1‑71 (MQ=255) tcggTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCg > 1:1173117/4‑71 (MQ=255) cggTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCAt > 1:2806063/3‑50 (MQ=38) cggTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg < 1:706192/53‑1 (MQ=255) cggTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGaa > 1:2448085/3‑57 (MQ=255) cggTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGt > 1:2939939/3‑71 (MQ=255) ggTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGt < 1:908087/69‑1 (MQ=255) ggTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGt < 1:1868514/69‑1 (MQ=255) ggTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGt < 1:5061995/69‑1 (MQ=255) gTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAAc < 1:3237188/36‑1 (MQ=38) gTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgctgc < 1:2485648/45‑1 (MQ=38) gTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGtt < 1:3142288/70‑1 (MQ=255) gTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTg < 1:1990399/71‑1 (MQ=255) tAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCTTTgg < 1:758136/71‑1 (MQ=255) tAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTgg < 1:3635685/71‑1 (MQ=255) gggTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTa < 1:606107/71‑1 (MQ=255) gtggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATc > 1:3051309/1‑71 (MQ=255) gtggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATc < 1:5045279/71‑1 (MQ=255) gtggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATc < 1:2266003/71‑1 (MQ=255) gtggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATc < 1:896653/71‑1 (MQ=255) tggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATc > 1:3352829/1‑70 (MQ=255) tggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTCGTTATc > 1:4096604/1‑70 (MQ=255) gtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAg < 1:1663333/71‑1 (MQ=255) tttCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGt < 1:4188317/59‑1 (MQ=255) tttCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGa < 1:131290/69‑1 (MQ=255) ttCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGt > 1:58680/1‑70 (MQ=255) tCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTa < 1:2045495/70‑1 (MQ=255) cGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTaa < 1:1837390/70‑1 (MQ=255) cGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTaa < 1:1668627/70‑1 (MQ=255) cGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTaa < 1:4663134/70‑1 (MQ=255) | GGCCATGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGTAAGGGTGGTTTCGCTGTATCGTTCCTGAAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAA > AP009048/3684638‑3684770 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |