| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 255,745 | A→T | 6.5% | intergenic (‑29/‑232) | pepD ← / → gpt | aminoacyl‑histidine dipeptidase/guanine‑hypoxanthine phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 255,745 | 0 | A | T | 6.5% | 208.7 / 4.5 | 75 | intergenic (‑29/‑232) | pepD/gpt | aminoacyl‑histidine dipeptidase/guanine‑hypoxanthine phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/38); new base T (3/2); total (35/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 | |||||||||||
CCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGACAGGCTTGCGAGATATGTTTG > AP009048/255678‑255814 | ccACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACa < 1:5034915/71‑1 (MQ=255) cacaGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAg > 1:2972863/1‑71 (MQ=255) acaGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAg > 1:1598621/1‑70 (MQ=255) aGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTAt > 1:2127554/1‑71 (MQ=255) cGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCaaaa > 1:5004676/1‑63 (MQ=255) cGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTg < 1:4559912/71‑1 (MQ=255) cGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTg < 1:2877179/71‑1 (MQ=255) cGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGAACACCCGCaaaa > 1:845243/1‑63 (MQ=255) ggCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAATACAGTATTGc < 1:4493277/71‑1 (MQ=255) gCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTg > 1:5042207/1‑69 (MQ=255) cTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAg < 1:4561583/71‑1 (MQ=255) tgGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCTGCAATACTGTTTTGCGGGtg < 1:3606461/71‑2 (MQ=37) agaTAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTca > 1:680517/1‑69 (MQ=255) gaTAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAg < 1:1704628/71‑1 (MQ=255) gaTAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAg < 1:3592319/71‑1 (MQ=255) aTAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCTGCAATACTGTTTTg > 1:1039687/1‑60 (MQ=38) aTAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTg < 1:1176715/60‑1 (MQ=255) aTAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTg < 1:1766515/60‑1 (MQ=255) ttGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCaaaa < 1:742591/48‑1 (MQ=255) ttGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGt > 1:3670017/1‑69 (MQ=255) tGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAg < 1:2052478/65‑1 (MQ=255) gagaCAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCTGCAATACTGTTTTGCGGGt > 1:704584/1‑59 (MQ=25) gagaCAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCTGCAATACTGTTTTGCGGGt > 1:1570447/1‑59 (MQ=25) gagaCAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAg > 1:2481625/1‑70 (MQ=255) aCAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGa < 1:1871721/71‑1 (MQ=255) aGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCa > 1:161865/1‑51 (MQ=255) aGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGa > 1:1560465/1‑69 (MQ=255) gTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCaaaa < 1:3982240/40‑1 (MQ=255) gTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGaaaa < 1:3018672/71‑1 (MQ=255) ttCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAg < 1:4725691/42‑1 (MQ=255) ttCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAAt > 1:3569530/1‑71 (MQ=255) tCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTa > 1:825156/1‑43 (MQ=255) tCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAAt > 1:3949049/1‑70 (MQ=255) cAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAAtgt > 1:3281935/1‑71 (MQ=255) cAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAAtg < 1:1648501/70‑1 (MQ=255) acacGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAg < 1:4490881/37‑1 (MQ=255) acacGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGaaa > 1:4125121/1‑64 (MQ=255) acacGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAAtgttgt > 1:4637790/1‑71 (MQ=255) acacGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAAtgttgt > 1:2371430/1‑71 (MQ=255) acacGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAAt > 1:4871822/1‑66 (MQ=255) acGTTAAGTCTCCTTGTCGATCTCCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTc > 1:1315597/1‑70 (MQ=255) acGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTAt > 1:5124945/1‑38 (MQ=255) acGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCa < 1:4538912/71‑1 (MQ=255) gTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTAtt < 1:1474846/37‑1 (MQ=255) gTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAg > 1:3059613/1‑54 (MQ=255) ttAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAaca < 1:3310147/71‑1 (MQ=255) ttAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAaca > 1:247400/1‑71 (MQ=255) tAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCa > 1:2046509/1‑38 (MQ=255) tAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAATtgttgt > 1:2080540/1‑65 (MQ=255) tAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAaca > 1:3857723/1‑70 (MQ=255) tAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCAAAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAaca > 1:4649449/1‑70 (MQ=255) aaGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAacac > 1:2822669/1‑70 (MQ=255) aGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACaa < 1:3031597/71‑1 (MQ=255) cTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTGACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGACAgg > 1:668329/1‑71 (MQ=255) cTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGAc < 1:1939543/68‑1 (MQ=255) cTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGACAg > 1:2745165/1‑70 (MQ=255) ttGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAAtgttg < 1:357317/55‑1 (MQ=255) ttGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACaa < 1:1418574/64‑1 (MQ=255) gTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGt < 1:3772055/38‑1 (MQ=255) gTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGt < 1:4421824/38‑1 (MQ=255) gTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGt < 1:2884793/38‑1 (MQ=255) gTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGACAGGCtt > 1:2970685/1‑71 (MQ=255) tCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAgg < 1:620953/35‑1 (MQ=255) tCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGACAGGCTTg < 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(MQ=255) ccGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGACAGGCTTGCGAGatat < 1:2565633/71‑1 (MQ=255) ccGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGACAGGCTTGCGAGat < 1:4020562/69‑1 (MQ=255) cGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGACAGGCTTGCGAGATATg > 1:3651806/1‑71 (MQ=255) gCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGACAGGCTTGCGAGATATGt < 1:1849306/71‑1 (MQ=255) aaaaCAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAAtgtt < 1:3839572/39‑1 (MQ=255) aaaaCAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAAtgtt < 1:1867699/39‑1 (MQ=255) aaaaCAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAAtgtt < 1:1175052/39‑1 (MQ=255) aaaaCAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGACAGGCTTGCGAGATATGttt < 1:4753055/71‑1 (MQ=255) aaaaCAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGACAGGCTTGCGAGATATGttt < 1:4452781/71‑1 (MQ=255) aaaCAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGACAGGCTTGCGAGATATGTTTg < 1:3349602/71‑1 (MQ=255) | CCACAGCGGCTGTGGAGATAATTGAGACAGTTCAGACACGTTAAGTCTCCTTGTCGATCACCCGCAAAACAGTATTGCAGGTCACAGGGTTAGCAGAAAATGTTGTCAACACAAGACAGGCTTGCGAGATATGTTTG > AP009048/255678‑255814 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |