| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 1636657 = | NA (NA) | 5 (0.100) | 3/92 | NT | 100% | coding (905/963 nt) | stfQ | predicted side tail fibre assembly protein |
| ? | AP009048 | 1636667 = | 0 (0.000) | coding (895/963 nt) | stfQ | predicted side tail fibre assembly protein | |||||
GTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGtaacg‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP009048/1636726‑1636657‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCAT > AP009048/1636667‑1636741 GTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGT < 1:2841664/71‑1 TATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTA < 1:1039939/71‑1 ATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAA > 1:4146912/1‑71 ATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAA > 1:2618249/1‑71 TTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAAC > 1:1508913/1‑71 TTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAAC < 1:2771510/71‑1 TTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAA > 1:4277601/1‑70 TTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAA < 1:2980580/70‑1 GTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGT < 1:1235480/65‑1 ATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAA > 1:1752450/1‑61 CTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGTAAC < 1:3850339/55‑1 CCGTTAACGCTGCTGGTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATAGCAACGGAGTGCGTA > 1:371152/1‑63 TTAACGCTGCTGGTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCA < 1:635632/42‑1 TTAACGCTGCTGGTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCA < 1:3911330/42‑1 TTAACGCTGCTGGTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCA < 1:54016/42‑1 AACGCTGCTGGTAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAAT > 1:4360165/1‑42 TAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGT > 1:1751269/1‑71 TAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGT > 1:3999159/1‑71 TAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTAT < 1:3717393/48‑1 AACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAG > 1:2821782/1‑50 AACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACAAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTG > 1:3502012/1‑71 ACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATG > 1:1445804/1‑68 ACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAG < 1:10819/64‑1 ACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACC < 1:1473499/53‑1 CGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCA > 1:4025054/1‑71 GGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCAT < 1:3667883/71‑1 GTATTGGTGCTCATACGCACTCCGTTGCGATTGGTTCACATGGACACACCATCACCGTTAACGCTGCTGGtaacg‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP009048/1636726‑1636657‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TAACGGTGATGGTGTGTCCATGTGAACCAATCGCAACGGAGTGCGTATGAGCACCAATACCGACAGTATGTGCAT > AP009048/1636667‑1636741 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |