| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 314454 = | NA (NA) | 4 (0.080) | 3/94 | NT | NA | coding (874/888 nt) | eaeH | attaching and effacing protein, pathogenesis factor |
| ? | AP009048 | 314485 = | NA (NA) | intergenic (+17/‑21) | eaeH/insE | attaching and effacing protein, pathogenesis factor/IS3 element protein | |||||
CTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP009048/314527‑314454‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taagTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTAAAC > AP009048/314485‑314554 CTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT < 1:4663054/71‑1CTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT < 1:4017420/71‑1CTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT < 1:3743183/71‑1CTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT < 1:5034953/71‑1CTGTTTTTGTCATGAGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT < 1:1506982/71‑1 TGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT > 1:2944249/1‑70 TGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT > 1:4949518/1‑70 TGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT > 1:3258059/1‑70 TGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT > 1:1553796/1‑70 TGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT > 1:130262/1‑70 GTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTA < 1:2312298/70‑1 GTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT > 1:2198663/1‑69 TTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGTTAA < 1:326789/70‑1 TTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAG < 1:1356479/71‑1 TTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAG < 1:3000663/71‑1 TTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAG < 1:3180774/71‑1 TTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAG < 1:2670123/71‑1 TTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAG < 1:622439/71‑1 TTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAG < 1:2469606/71‑1 TTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAG < 1:1132502/71‑1 TTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAA < 1:4033354/70‑1 TTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAA < 1:1243930/70‑1 TTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTA < 1:2647943/69‑1 TTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTA < 1:3482837/69‑1 TTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT > 1:5006123/1‑68 TTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT > 1:4407226/1‑68 TTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT < 1:4354427/68‑1 TTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT > 1:4217239/1‑68 TTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT > 1:4835269/1‑68 TTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT > 1:685120/1‑68 TTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT > 1:3372630/1‑68 TTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT > 1:1625405/1‑68 TTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT > 1:3740189/1‑68 TTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT > 1:2204922/1‑68 TTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT > 1:4077027/1‑66 TTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT > 1:1236277/1‑66 TTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT > 1:520501/1‑66 TTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT > 1:9342/1‑66 TTTGTCATGTGAGTCACCTCTCACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT > 1:2922354/1‑66 ATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTA > 1:4604344/1‑61 TGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTA > 1:2655064/1‑60 TGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAA > 1:3180621/1‑59 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAA < 1:4760448/53‑1 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAA > 1:3371691/1‑49 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTA < 1:4250803/41‑1 TTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAG < 1:2376513/39‑1 TTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAA < 1:1548848/38‑1 TTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGT < 1:1334580/36‑1 TACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAA > 1:2209321/1‑36 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGA < 1:2083003/57‑1 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGTGAGTAAACTCTCAGTCAG < 1:1348124/49‑1 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGTGAGTAAACTCTCAGTCAG < 1:2734234/49‑1 TTAGCCGCCTGTCCACTATTGCTGGGTAAGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGAC > 1:2129166/1‑56 TAAGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGT > 1:1410739/1‑70 TAAGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGT > 1:4592881/1‑70 TAAGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAA > 1:2990846/1‑64 TAAGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAA < 1:3739397/42‑1 TAAGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAA < 1:3187495/42‑1 TAAGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACA > 1:4252461/1‑35 AAGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTA > 1:789999/1‑70 AAGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTA > 1:188197/1‑70 AAGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTA > 1:4640584/1‑70 AAGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCC < 1:1424937/67‑1 AAGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAA < 1:1204318/42‑1 AGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTAAA < 1:884151/71‑1 AGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTAAA > 1:726009/1‑71 AGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTAAA > 1:72536/1‑71 AGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTAAA < 1:5040525/71‑1 AGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTAAA < 1:5158999/71‑1 AGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTAAA > 1:467663/1‑71 AGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTAA < 1:2600781/70‑1 AGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTAA < 1:515775/70‑1 AGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTA < 1:598932/69‑1 AGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTA < 1:1037184/69‑1 AGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTA < 1:4416556/69‑1 AGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTA < 1:4012412/69‑1 AGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTA < 1:3674980/69‑1 AGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTA < 1:3296261/69‑1 AGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTA < 1:2522150/69‑1 AGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAAC < 1:2354354/63‑1 AGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCA > 1:4638584/1‑54 AGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACC > 1:1151665/1‑53 AGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTAT > 1:855042/1‑48 AGTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAA < 1:3936687/42‑1 GTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTAAAC < 1:3031471/71‑1 GTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTAAA > 1:3062744/1‑70 GTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTA < 1:3208514/68‑1 GTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAA < 1:3095253/60‑1 GTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAA < 1:2421612/59‑1 GTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAA < 1:139544/59‑1 GTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAA < 1:972735/59‑1 GTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAAC < 1:2467056/51‑1 GTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAA < 1:1001111/40‑1 GTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAA < 1:4176060/39‑1 CTGTTTTTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP009048/314527‑314454‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taagTGAGTAAACTCTCAGTCAGAGGTGACTCACATGACAAAAACAGTATCAACCAGTAAAAAACCCCGTAAAC > AP009048/314485‑314554 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |