| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,187,540 | G→A | 12.5% | G10R (GGG→AGG) | yeaI → | predicted diguanylate cyclase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,187,540 | 0 | G | A | 12.5% | 248.2 / 22.6 | 89 | G10R (GGG→AGG) | yeaI | predicted diguanylate cyclase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/36); new base A (5/6); total (46/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.75e-01 | |||||||||||
TACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTG > Exported/1187476‑1187605 | tACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTAt > 1:3949582/1‑71 (MQ=255)tACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTAt > 1:2429614/1‑71 (MQ=255) aCATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTAtt > 1:4226744/1‑71 (MQ=255) aCATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTAt > 1:1128665/1‑70 (MQ=255) tAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCtt > 1:867098/1‑71 (MQ=255) tAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCtt > 1:4688129/1‑71 (MQ=255) tAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCtt > 1:3933330/1‑71 (MQ=255) tAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTAATCtt > 1:141262/1‑71 (MQ=255) aaTTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCtt > 1:2714876/1‑70 (MQ=255) tttAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCtt > 1:528843/1‑68 (MQ=255) tttAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTa > 1:486970/1‑70 (MQ=255) tttAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTa > 1:3128477/1‑70 (MQ=255) tAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTaaa > 1:1900597/1‑70 (MQ=255) ttCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGt < 1:3675204/56‑1 (MQ=255) ttCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAat < 1:4286815/68‑1 (MQ=255) ttCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAat < 1:2180204/68‑1 (MQ=255) ccAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATAtttt > 1:2820618/1‑71 (MQ=255) ccAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATAttt < 1:4577025/70‑1 (MQ=255) cAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATAttttt < 1:537148/71‑1 (MQ=255) cAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATAttttt > 1:1320833/1‑71 (MQ=255) aGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATAtttttt < 1:2438245/71‑1 (MQ=255) aaaaCAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGtt > 1:2230681/1‑51 (MQ=255) aaaaCAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTAt > 1:4471946/1‑71 (MQ=255) aaaCAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATc < 1:3955979/71‑1 (MQ=255) aaaCAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCttt < 1:1286724/57‑1 (MQ=255) aaCAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCg > 1:1000286/1‑71 (MQ=255) aaCAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCg > 1:1393370/1‑71 (MQ=255) aCAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCTTTaa > 1:3307299/1‑57 (MQ=255) cAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGtt < 1:1860336/71‑1 (MQ=255) cAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGtt < 1:1320167/71‑1 (MQ=255) cAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGtt < 1:1314748/71‑1 (MQ=255) cAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGtt < 1:3725119/71‑1 (MQ=255) aaTCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTa < 1:3799582/65‑1 (MQ=255) aaTCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATc > 1:257374/1‑67 (MQ=255) cATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAAc > 1:1996490/1‑70 (MQ=255) ttCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGaa < 1:1081690/71‑1 (MQ=255) ttCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGaa < 1:4334450/71‑1 (MQ=255) cGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGaaaa > 1:4241032/1‑71 (MQ=255) cGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGaaaa > 1:3108669/1‑71 (MQ=255) cGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGaaaa > 1:3152511/1‑71 (MQ=255) aaaaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTg < 1:1874980/71‑1 (MQ=255) aaaaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTg < 1:4358586/71‑1 (MQ=255) aaaaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTg < 1:3700148/71‑1 (MQ=255) aaaaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTg < 1:3838052/71‑1 (MQ=255) aaaaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTg < 1:367697/71‑1 (MQ=255) aaaaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTg < 1:338432/71‑1 (MQ=255) aaaaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGAGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTg < 1:3299487/71‑1 (MQ=255) aaaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCg > 1:2249694/1‑57 (MQ=255) aaaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGa < 1:1107170/71‑1 (MQ=255) aaaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGa < 1:3893615/71‑1 (MQ=255) aaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGaa < 1:2183534/64‑1 (MQ=255) aaaTGATTCAGTCAACACGTATTTCAATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGaa < 1:1433079/64‑1 (MQ=255) aTGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATc > 1:1203995/1‑70 (MQ=255) tCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGt > 1:688555/1‑70 (MQ=255) aGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCaa < 1:4613959/71‑1 (MQ=255) aGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCaa < 1:229003/71‑1 (MQ=255) gTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCaaa < 1:2490801/71‑1 (MQ=255) tCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATc < 1:1739605/61‑1 (MQ=255) tCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATc < 1:778659/61‑1 (MQ=255) aaCACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAAc > 1:4739341/1‑70 (MQ=255) aaCACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAAc < 1:4026721/70‑1 (MQ=255) aaCACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAAc > 1:1494886/1‑70 (MQ=255) acacGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATAtttttt < 1:3841987/38‑1 (MQ=255) acacGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATAtttttt < 1:4362083/38‑1 (MQ=255) acacGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATAtttttt < 1:1475126/38‑1 (MQ=255) acacGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATAtttttt < 1:851370/38‑1 (MQ=255) acacGTATTTCCATCTGGTTATTCTTTAAATAtttttt < 1:2530193/38‑1 (MQ=37) cacGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGaa < 1:3813735/49‑1 (MQ=255) cacGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACta > 1:2687252/1‑70 (MQ=255) cacGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACta > 1:1208384/1‑70 (MQ=255) acGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACtata > 1:4693723/1‑71 (MQ=255) acGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACtata > 1:4688127/1‑71 (MQ=255) acGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACtata > 1:3580819/1‑71 (MQ=255) tATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTatatat > 1:3249143/1‑71 (MQ=255) tATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTatatat > 1:533993/1‑71 (MQ=255) tATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTatatat > 1:3437209/1‑71 (MQ=255) tATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTatatat > 1:2622/1‑71 (MQ=255) tttCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGt > 1:1116162/1‑36 (MQ=255) tttCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGt > 1:3841645/1‑36 (MQ=255) tttCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTa < 1:469201/38‑1 (MQ=255) tttCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTa < 1:2060940/38‑1 (MQ=255) tttCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATAtct > 1:2503832/1‑71 (MQ=255) tttCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATAtc < 1:821025/70‑1 (MQ=255) tttCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATAtc < 1:815087/70‑1 (MQ=255) tCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATctct > 1:3985613/1‑71 (MQ=255) ccATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACtatata > 1:3528004/1‑65 (MQ=255) ccATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACtatata > 1:641448/1‑65 (MQ=255) ccATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTg > 1:4491711/1‑71 (MQ=255) tGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATctct < 1:1355478/67‑1 (MQ=255) gggTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGaaa > 1:1617082/1‑36 (MQ=255) gggTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGaaa > 1:97119/1‑36 (MQ=255) | TACATAATTTAGTTCCAGAAAACAATCATTCGGAAAAATGATTCAGTCAACACGTATTTCCATGGGGTTATTCTTTAAATATTTTTTATCGTTAACGAAAATTGATCCTGGTCAAAACTATATATCTCTG > Exported/1187476‑1187605 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |