| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,816,545 | T→A | 7.2% | I68N (ATT→AAT) | soxR → | DNA‑binding transcriptional dual regulator, Fe‑S center for redox‑sensing |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,816,545 | 0 | T | A | 7.2% | 369.9 / 16.7 | 125 | I68N (ATT→AAT) | soxR | DNA‑binding transcriptional dual regulator, Fe‑S center for redox‑sensing |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/60); new base A (7/2); total (63/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.24e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
AATCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTGGCGACCATTGGTGAAGCGTTTGGCGTGTTGCCCGAAGGGCATACGTTAAGTGCGAAAG > Exported/2816475‑2816610 | aaTCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCAt < 1:3247449/71‑1 (MQ=255) aTCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCAtt < 1:95671/71‑1 (MQ=255) aTCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCAtt < 1:3404956/71‑1 (MQ=255) tCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTc > 1:515911/1‑71 (MQ=255) tCAGCGGCGATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTc > 1:4184713/1‑71 (MQ=255) gcggcgATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGc < 1:3182895/71‑1 (MQ=255) cggcgATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCt < 1:3962990/71‑1 (MQ=255) gcgATATAAACGTGATGTGTTGCGATATGTTGCAATTATCAAAATTGCTCAGCGTATTGGCATTCCGCTgg > 1:993060/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |