| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,489,124 | G→A | 5.2% | T41T (ACG→ACA) | dnaN → | DNA polymerase III, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,489,124 | 0 | G | A | 5.2% | 456.5 / 9.6 | 134 | T41T (ACG→ACA) | dnaN | DNA polymerase III, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (62/65); new base A (3/4); total (65/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
CGGTCCGTTAGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACGTTGTCGCTGACCGGTACTGATCTCGAGATGGAAATGGTGGCACGTGTTGCGCTGGTTCAGCCACACGA > Exported/2489055‑2489192 | cGGTCCGTTAGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACGt < 1:4355740/71‑1 (MQ=255) tCCGTTAGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACg < 1:4171994/67‑1 (MQ=255) cGTTAGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACGTTGTc < 1:2215348/70‑1 (MQ=255) cGTTAGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACGTTGTc > 1:1297371/1‑70 (MQ=255) ttAGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACGTTGTCGCt < 1:965601/71‑1 (MQ=255) ttAGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACGTTGTCGCt > 1:1709463/1‑71 (MQ=255) aGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACGTTGTCGCTg < 1:1662524/70‑1 (MQ=255) aGGTGGTCGTCCTACGCTACCGATTCTCGGTAATCTGCTGTTACAGGTTGCTGACGGTACGTTGTCGCTg < 1:248281/70‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |