| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,470,002 | T→G | 5.8% | S328S (TCT→TCG) | atpD → | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,470,002 | 0 | T | G | 5.8% | 284.7 / 12.5 | 103 | S328S (TCT→TCG) | atpD | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/47); new base G (3/3); total (53/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTGGACTCCACCAGCCGTCAGCTGGACCCGCTGGTGGTTGG > Exported/2469932‑2470070 | ctgacCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGtct < 1:3506926/71‑1 (MQ=255) acCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTctct < 1:2921162/70‑1 (MQ=255) acCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTctct < 1:85322/70‑1 (MQ=255) acCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTctct < 1:1611013/70‑1 (MQ=255) acCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTg > 1:3232864/1‑71 (MQ=255) acCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTg > 1:2792014/1‑71 (MQ=255) cGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGt < 1:3589691/71‑1 (MQ=255) cGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGt < 1:908250/71‑1 (MQ=255) 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CTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTGGACTCCACCAGCCGTCAGCTGGACCCGCTGGTGGTTGG > Exported/2469932‑2470070 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |