| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,469,986 | G→C | 5.1% | S323T (AGC→ACC) ‡ | atpD → | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,469,986 | 0 | G | C | 5.1% | 385.0 / 6.4 | 116 | S323T (AGC→ACC) ‡ | atpD | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (59/51); new base C (3/3); total (62/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
CGGATGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTGGACTCCACCAGCCGTCAGCTGGA > Exported/2469920‑2470055 | cGGATGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGt > 1:909841/1‑71 (MQ=255) gATGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGt > 1:1188678/1‑69 (MQ=255) gATGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCa < 1:3408123/71‑1 (MQ=255) aTGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACTCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAg < 1:165944/71‑1 (MQ=255) aTGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGt > 1:4318262/1‑68 (MQ=255) aTGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAg < 1:2933339/71‑1 (MQ=255) aTGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAg < 1:4146390/71‑1 (MQ=255) aTGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAg < 1:3786272/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |