| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,469,972 | A→G | 5.4% | A318A (GCA→GCG) | atpD → | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, beta subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,469,972 | 0 | A | G | 5.4% | 327.6 / 8.1 | 110 | A318A (GCA→GCG) | atpD | F1 sector of membrane‑bound ATP synthase, beta subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (56/48); new base G (3/3); total (59/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
GGCAGTATACGTACCTGCGGATGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTGGTACTGAGCCGTCAGATCGCGTCTCTGGGTATCTACCCGGCCGTTGACCCGCTGGACTCCAC > Exported/2469903‑2470040 | ggCAGTATACGTACCTGCGGATGACTTGTCTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCa < 1:2785345/70‑1 (MQ=255) cAGTATACGTACCTGCGGATGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCaa > 1:3788843/1‑69 (MQ=255) gTATACGTACCTGCGGATGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGt < 1:1179935/71‑1 (MQ=255) ataCGTACCTGCGGATGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTgg > 1:3767022/1‑71 (MQ=255) taCGTACCTGCGGATGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTgg > 1:849751/1‑70 (MQ=255) taCGTACCTGCGGATGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTgg < 1:3630071/70‑1 (MQ=255) taCGTACCTGCGGATGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTgg > 1:1411898/1‑70 (MQ=255) taCGTACCTGCGGATGACTTGACTGACCCGTCTCCGGCAACCACCTTTGCGCACCTTGACGCAACCGTgg < 1:3106008/70‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |