| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,465,029 | G→A | 7.5% | L229L (TTG→TTA) | atpB → | F0 sector of membrane‑bound ATP synthase, subunit a |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,465,029 | 0 | G | A | 7.5% | 388.4 / 15.4 | 120 | L229L (TTG→TTA) | atpB | F0 sector of membrane‑bound ATP synthase, subunit a |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (60/51); new base A (4/5); total (64/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGATCATTACGCTGC > Exported/2464962‑2465096 | tCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCg > 1:2635796/1‑71 (MQ=255)tCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCg > 1:514956/1‑71 (MQ=255) ggTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCgtg > 1:4747859/1‑71 (MQ=255) ggTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCg < 1:2739454/69‑1 (MQ=255) ggTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCg < 1:4102474/69‑1 (MQ=255) gTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCgtgg < 1:2549788/71‑1 (MQ=255) cttGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCGGGTGAACTGATCTTTATCCTGATTGCGGGTCTGTTACCgtggt > 1:3412248/2‑71 (MQ=255) cttGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCGGGTGAACTGATCTTTATCCTGATTGCGGGTCTGTTACCgtggt > 1:74925/2‑71 (MQ=255) cttGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCGGGTGAACTGATCTTTATCCTGATTGCGGGTCTGTTACCgtggt > 1:3859644/2‑71 (MQ=255) cttGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCGGGTGAACTGATCTTTATCCTGATTGCGGGTCTGTTACCgtggt > 1:2293332/2‑71 (MQ=255) tGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGtggtgg > 1:3777176/1‑71 (MQ=255) cGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTggtggt < 1:696204/70‑1 (MQ=255) aCTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTcac < 1:1789411/71‑1 (MQ=255) aCTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTcac < 1:4201384/71‑1 (MQ=255) aCTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTcac < 1:1115985/71‑1 (MQ=255) aCTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTcac < 1:3469622/71‑1 (MQ=255) ttCGGTAACATGTATGCGGGTGAACTGATCTTTATCCTGATTGCGGGTCTGTTACCGTGGTGGTCACAGt < 1:64827/70‑1 (MQ=255) ttCGGTAACATGTATGCGGGTGAACTGATCTTTATCCTGATTGCGGGTCTGTTACCGTGGTGGTCACAGt < 1:2488532/70‑1 (MQ=255) ttCGGTAACATGTATGCGGGTGAACTGATCTTTATCCTGATTGCGGGTCTGTTACCGTGGTGGTCACAGt < 1:2154619/70‑1 (MQ=255) ttCGGTAACATGTATGCGGGTGAACTGATCTTTATCCTGATTGCGGGTCTGATACCGTGGTGGTCACAGt < 1:1632785/70‑1 (MQ=255) cGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTgg < 1:15451/70‑1 (MQ=255) ggTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGAt > 1:2217735/1‑71 (MQ=255) ggTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGAt < 1:4606629/71‑1 (MQ=255) ggTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGAt > 1:16380/1‑71 (MQ=255) ggTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGAt < 1:997892/71‑1 (MQ=255) aaCATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAg > 1:1712296/1‑63 (MQ=255) aCATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGAt < 1:2764699/67‑1 (MQ=255) cATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTg > 1:3863304/1‑70 (MQ=255) cATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTg > 1:3447607/1‑70 (MQ=255) cATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTg > 1:256207/1‑70 (MQ=255) cATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTg > 1:3078560/1‑70 (MQ=255) cATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGa < 1:2361874/71‑1 (MQ=255) cATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGa < 1:3911839/71‑1 (MQ=255) cATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGa < 1:1962365/71‑1 (MQ=255) tGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTgg > 1:2334127/1‑62 (MQ=255) tGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTgg > 1:4203597/1‑62 (MQ=255) tATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAAtgt < 1:1362587/71‑1 (MQ=255) ccGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGcc > 1:2085340/1‑70 (MQ=255) ccGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCg > 1:3548770/1‑71 (MQ=255) ccGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCg < 1:1048145/71‑1 (MQ=255) ccGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCg < 1:1042453/71‑1 (MQ=255) ggTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTg > 1:2799251/1‑71 (MQ=255) ggTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTg > 1:2321249/1‑71 (MQ=255) ggTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGGCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTg < 1:4360089/71‑1 (MQ=255) aGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGc < 1:3216128/70‑1 (MQ=255) cTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCAt < 1:4398708/71‑1 (MQ=255) cTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCAt < 1:4393422/71‑1 (MQ=255) cTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCAt < 1:520638/71‑1 (MQ=255) tGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCAtt > 1:4419638/1‑71 (MQ=255) gATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCAttt > 1:972411/1‑71 (MQ=255) gATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCAttt > 1:3552012/1‑71 (MQ=255) ttttTATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTcaca > 1:3003804/1‑40 (MQ=255) tttCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTggg > 1:3163585/1‑62 (MQ=255) tttCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTggg > 1:3011947/1‑62 (MQ=255) tttCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTc > 1:1905292/1‑70 (MQ=255) tttCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTc > 1:446305/1‑70 (MQ=255) tttCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTc > 1:3592156/1‑70 (MQ=255) ttCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAAt < 1:295231/51‑1 (MQ=255) ttCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCAtttt > 1:622970/1‑68 (MQ=255) ttCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTcc > 1:1887765/1‑70 (MQ=255) ttCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCca > 1:1683319/1‑71 (MQ=255) ttCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCca > 1:686469/1‑71 (MQ=255) ttCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCca > 1:2287400/1‑71 (MQ=255) cATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAAtgt > 1:994907/1‑51 (MQ=255) cATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAAtgt > 1:2752542/1‑51 (MQ=255) aTTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCcaca < 1:3039782/70‑1 (MQ=255) cTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCAtttt > 1:1340670/1‑62 (MQ=255) cTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCAtttt > 1:3923819/1‑62 (MQ=255) cTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCAtttt > 1:1531955/1‑62 (MQ=255) cTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCt > 1:1593275/1‑71 (MQ=255) tGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCt > 1:50942/1‑70 (MQ=255) aTTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTTGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTg < 1:459564/69‑1 (MQ=255) aTTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTg < 1:3555850/69‑1 (MQ=255) aTTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTg < 1:3038737/69‑1 (MQ=255) aTTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGa < 1:2027988/70‑1 (MQ=255) aTTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGa < 1:2874142/70‑1 (MQ=255) ttGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAAtgtg < 1:1681309/44‑1 (MQ=255) ttGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGAt > 1:1990087/1‑70 (MQ=255) ttGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGATc < 1:4405918/71‑1 (MQ=255) tGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCg > 1:3144707/1‑46 (MQ=255) tGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCg > 1:3176016/1‑46 (MQ=255) tGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCg > 1:635763/1‑46 (MQ=255) gCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGcc > 1:857090/1‑44 (MQ=255) gCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGATCa < 1:186183/70‑1 (MQ=255) gCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGATCa < 1:3245912/70‑1 (MQ=255) gCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGATCa < 1:2530053/70‑1 (MQ=255) gCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGATCa < 1:17348/70‑1 (MQ=255) cTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCAtt < 1:3476680/53‑1 (MQ=255) cTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCAtt < 1:4520059/53‑1 (MQ=255) cTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCAtt < 1:4101893/53‑1 (MQ=255) cTGGTCTGTTGCCGTAGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCAtt < 1:4687412/53‑1 (MQ=255) gTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGATCATTa < 1:2487893/69‑1 (MQ=255) gTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGATCATTACg > 1:2623893/1‑71 (MQ=255) gTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGATCATTACg > 1:3298174/1‑71 (MQ=255) tCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGATCATTACGc > 1:4589553/1‑71 (MQ=255) tGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCcaca < 1:2942076/54‑1 (MQ=255) tGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGATCATTACg < 1:2848119/68‑1 (MQ=255) tGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGATCATTACGCTg > 1:3549475/1‑71 (MQ=255) tGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGATCATTACGCTg > 1:236395/1‑71 (MQ=255) ttGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGATCATTACGCTGc > 1:404736/1‑70 (MQ=255) | TCGGTTTGCGACTGTTCGGTAACATGTATGCCGGTGAGCTGATTTTCATTCTGATTGCTGGTCTGTTGCCGTGGTGGTCACAGTGGATCCTGAATGTGCCGTGGGCCATTTTCCACATCCTGATCATTACGCTGC > Exported/2464962‑2465096 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |