| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,197,407 | C→T | 6.3% | intergenic (+15/‑75) | degQ → / → degS | serine endoprotease, periplasmic/serine endoprotease, periplasmic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,197,407 | 0 | C | T | 6.3% | 370.4 / 10.1 | 111 | intergenic (+15/‑75) | degQ/degS | serine endoprotease, periplasmic/serine endoprotease, periplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (62/42); new base T (5/2); total (67/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
ATCGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCTTACGTGTGATGTCCGGTTAACTCGTGGTATGCTGCTGCCGTTCCCTTTTTTAATG > Exported/2197339‑2197470 | atcGCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCAt > 1:3359155/1‑71 (MQ=255) gCCCTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCa < 1:1795175/70‑1 (MQ=255) ccTGCAAATTGTACGGGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGTATCAGGc > 1:3302846/1‑71 (MQ=255) ccTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGTATCAGGc > 1:3116335/1‑71 (MQ=255) ccTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGTATCAGGc > 1:2781102/1‑71 (MQ=255) ccTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGTATCAGGc > 1:1709406/1‑71 (MQ=255) ccTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGc > 1:1673812/1‑71 (MQ=255) cTGCAAATTGTACGCGGCAATGAAAGCATCTATCTGCTGATGCGTTAATGTCGTAAACCGGGCATCAGGCt > 1:4267313/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |