| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 1,295,635 | T→C | 11.9% | Y178H (TAC→CAC) | tdk → | thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 1,295,635 | 0 | T | C | 11.9% | 152.4 / 12.1 | 59 | Y178H (TAC→CAC) | tdk | thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/32); new base C (4/3); total (24/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
TCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGGAAAG > AP009048/1295571‑1295705 | tCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACg > 1:30800/1‑68 (MQ=255)tCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGttt < 1:2014122/71‑1 (MQ=255) ttGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCt > 1:908127/1‑71 (MQ=255) gATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTc < 1:2880085/68‑1 (MQ=255) gATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTc < 1:490036/68‑1 (MQ=255) cAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTAt > 1:2501222/1‑70 (MQ=255) cAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTa > 1:1768520/1‑69 (MQ=255) aaGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATg < 1:1644514/70‑1 (MQ=255) aGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGAt > 1:87167/1‑56 (MQ=255) gcaggcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTAt > 1:4556171/1‑67 (MQ=255) gcaggcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCg < 1:3436908/71‑1 (MQ=255) caggcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCg > 1:2235465/1‑70 (MQ=255) caggcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGt < 1:1746472/71‑1 (MQ=255) aggcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTg < 1:1180600/62‑1 (MQ=255) aggcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGt > 1:239481/1‑70 (MQ=255) aggcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTa < 1:4222796/71‑1 (MQ=255) aggcagACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGCGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGt < 1:3615199/70‑1 (MQ=255) agACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAaca > 1:2396275/1‑71 (MQ=255) ccTTATAACGAAGTTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACt < 1:2669571/70‑1 (MQ=255) ccTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACta > 1:4434757/1‑71 (MQ=255) cTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACta > 1:3740511/1‑70 (MQ=255) ataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTa > 1:3066140/1‑53 (MQ=255) ataACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACtata > 1:1828587/1‑69 (MQ=255) taACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa < 1:1772883/70‑1 (MQ=255) taACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa < 1:4382501/70‑1 (MQ=255) taACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAag < 1:648344/71‑1 (MQ=255) aaCGAAGGTGAGCAGGTGGTATTTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa < 1:2753460/69‑1 (MQ=255) cGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGAt < 1:277068/38‑1 (MQ=255) gAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAaga < 1:4495078/68‑1 (MQ=255) gTGATCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTa > 1:1912260/1‑71 (MQ=255) gAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTc > 1:4056430/1‑38 (MQ=255) gAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTAc > 1:2695281/1‑70 (MQ=255) aGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTAc > 1:1345399/1‑69 (MQ=255) aGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACaa < 1:4041519/71‑1 (MQ=255) gCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAg > 1:2990580/1‑71 (MQ=255) cAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTaaa > 1:1183181/1‑48 (MQ=255) aGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTc < 1:2500033/71‑1 (MQ=255) aGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTc < 1:1196888/71‑1 (MQ=255) gtggtAATTGGTGGTAATGAACGATAGGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaaa < 1:3389935/54‑1 (MQ=255) ggtAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAagag > 1:1502697/1‑55 (MQ=255) gtAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTc < 1:4046733/71‑1 (MQ=255) gtAATTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACt < 1:4380290/70‑1 (MQ=255) tAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCa > 1:3102030/1‑71 (MQ=255) aaTTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACa < 1:1428281/60‑1 (MQ=255) aTTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCAt > 1:1552222/1‑70 (MQ=255) aTTGGTGGTAATGAACGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTc < 1:530799/63‑1 (MQ=255) gtAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACt < 1:3674132/60‑1 (MQ=255) gtAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGc < 1:1547299/70‑1 (MQ=255) gtAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCt < 1:2984517/71‑1 (MQ=255) tAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTa < 1:1905734/71‑1 (MQ=255) aaTGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATaa < 1:4407796/38‑1 (MQ=255) aTGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTAtt < 1:2630700/71‑1 (MQ=255) tGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACt < 1:4327639/56‑1 (MQ=255) gAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTAtt > 1:1070319/1‑69 (MQ=255) aaCGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAg > 1:1091799/1‑71 (MQ=255) aaCGACACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAg > 1:3040988/1‑71 (MQ=255) cGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGGa < 1:175833/71‑1 (MQ=255) cGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGGa < 1:1059837/71‑1 (MQ=255) gATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGGaa < 1:331994/71‑1 (MQ=255) gATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGGaa < 1:1946897/71‑1 (MQ=255) aTACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGGaaa < 1:2412327/71‑1 (MQ=255) tACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGAc < 1:3612579/48‑1 (MQ=255) tACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGGAAAg > 1:1283884/1‑71 (MQ=255) | TCTTGATCAAGCAGGCAGACCTTATAACGAAGGTGAGCAGGTGGTAATTGGTGGTAATGAACGATACGTTTCTGTATGCCGTAAACACTATAAAGAGGCGTTACAAGTCGACTCATTAACGGCTATTCAGGAAAG > AP009048/1295571‑1295705 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |