| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 4,591,443 | G→A | 7.3% | T18I (ACA→ATA) | hsdR ← | endonuclease R |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 4,591,443 | 0 | G | A | 7.3% | 214.7 / 5.6 | 68 | T18I (ACA→ATA) | hsdR | endonuclease R |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (39/24); new base A (3/2); total (42/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 | |||||||||||
CGCACAGGCGATGGCATAAGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTG > AP009048/4591373‑4591512 | cgcACAGGCGATGGCATAAGTGAAGTCGTTGCCGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTg > 1:3416692/1‑71 (MQ=255)cgcACAGGCGATGGCATAAGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTg > 1:2367340/1‑71 (MQ=255) ggCGATGGCATAAGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGttatt > 1:1181325/1‑70 (MQ=255) gCGATGGCATAAGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTATTATTaa > 1:2117528/1‑71 (MQ=255) tGGCATAAGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCa > 1:1033792/1‑71 (MQ=255) gCATAAGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCAt < 1:4223695/70‑1 (MQ=255) gCATAAGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCAt < 1:2079126/70‑1 (MQ=255) cATAAGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTg < 1:599330/71‑1 (MQ=255) aaGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCtg > 1:4051081/1‑71 (MQ=255) aGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCtgt > 1:2557806/1‑71 (MQ=255) gTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCtgtg < 1:2074683/71‑1 (MQ=255) tGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGc > 1:4190382/1‑71 (MQ=255) gAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCg > 1:3365265/1‑71 (MQ=255) gAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTATTATTAAt > 1:729904/1‑58 (MQ=255) aGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCggg > 1:1493839/1‑71 (MQ=255) gTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATcc < 1:2743786/57‑1 (MQ=255) tCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTg < 1:2063801/46‑1 (MQ=255) cGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGAGGGCCt > 1:439703/1‑71 (MQ=255) ttGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGttat < 1:3759990/47‑1 (MQ=255) gACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATc > 1:3162739/1‑50 (MQ=255) gACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCggg > 1:1359570/1‑64 (MQ=255) gCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTg < 1:1738473/65‑1 (MQ=255) gCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCaaa < 1:369262/71‑1 (MQ=255) ccTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAata > 1:2278040/1‑71 (MQ=255) cTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATc < 1:2818940/44‑1 (MQ=255) ttCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGtt < 1:1320917/36‑1 (MQ=255) cAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCTAAATAtt < 1:1950515/69‑1 (MQ=255) cAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATAttt < 1:1890376/70‑1 (MQ=255) cAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATAtt < 1:3175879/69‑1 (MQ=255) aaGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATAttt < 1:789710/69‑1 (MQ=255) aGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGttatt < 1:2258156/36‑1 (MQ=255) aGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATAttt > 1:205015/1‑69 (MQ=255) aaTTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGc > 1:2542442/1‑71 (MQ=255) aTTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGcc < 1:4522944/71‑1 (MQ=255) aTTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGcc > 1:1394519/1‑71 (MQ=255) ttCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATc > 1:2127060/1‑35 (MQ=255) ttCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGccc < 1:1542422/71‑1 (MQ=255) cAATATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCa > 1:1060066/1‑70 (MQ=255) cAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCAt > 1:3259454/1‑36 (MQ=255) cAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCtg > 1:905878/1‑41 (MQ=255) cAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCt > 1:2702120/1‑40 (MQ=255) cAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCa > 1:2940650/1‑70 (MQ=255) aaaaTTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCAt > 1:2808424/1‑35 (MQ=255) aaaaTTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCAt > 1:1195586/1‑35 (MQ=255) aaTTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCtgt > 1:1942410/1‑39 (MQ=255) aaTTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAatat > 1:3181578/1‑57 (MQ=255) aaTTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCATaa > 1:3653255/1‑70 (MQ=255) aaTTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCATaa > 1:608838/1‑70 (MQ=255) aTTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCtgt < 1:1132399/38‑1 (MQ=255) aTTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTcc < 1:318328/50‑1 (MQ=255) aTTGGATTTATTCATCATTATTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCAt > 1:2403447/1‑67 (MQ=255) ggATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCATAAcatct > 1:312619/1‑71 (MQ=255) aTTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAatat < 1:4291982/51‑1 (MQ=255) aTTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCATAAcatctca > 1:708028/1‑71 (MQ=255) ttATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCATAAcatctcatc > 1:2663476/1‑71 (MQ=255) ttATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCATAAcatctcatc > 1:3811292/1‑71 (MQ=255) ttATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCATAAcatctcatc > 1:3896909/1‑71 (MQ=255) ttATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCATAAcatctcatc > 1:3902133/1‑71 (MQ=255) ttCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCATAACATCTCATCtt < 1:4489153/70‑1 (MQ=255) ttCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTa < 1:1040373/71‑1 (MQ=255) ttCATCATTATTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCATAACATCTCATCtt < 1:2600220/70‑1 (MQ=255) tcatcaTTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTa > 1:564067/1‑70 (MQ=255) atcatTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCATa < 1:1322514/55‑1 (MQ=255) atcatTATTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCt < 1:128514/71‑1 (MQ=255) catTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAat > 1:1853201/1‑39 (MQ=255) catTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAgg > 1:2351140/1‑47 (MQ=255) catTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCttt > 1:2947009/1‑71 (MQ=255) catTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCtt > 1:42059/1‑70 (MQ=255) catTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCtt > 1:359961/1‑70 (MQ=255) ttGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCt < 1:4021132/67‑1 (MQ=255) tGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTg > 1:4136171/1‑71 (MQ=255) | CGCACAGGCGATGGCATAAGTGAAGTCGTTGACGCCCTTCAGGAATTCAAAATTGGATTTATTCATCATTGTTATTAATCCATTGCTGTGCGGGCCTGTCCAAATATTTAAGGCCCATAACATCTCATCTTAGCTTTCTG > AP009048/4591373‑4591512 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |