| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 70,434 | C→T | 57.1% | N16N (AAC→AAT) | araC → | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 70,434 | 0 | C | T | 57.1% | 31.1 / 110.5 | 84 | N16N (AAC→AAT) | araC | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/18); new base T (22/26); total (40/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
AATGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACCGC > AP009048/70366‑70504 | aaTGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGc > 1:1935052/1‑71 (MQ=255) tggtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGc > 1:1669403/1‑69 (MQ=255) ggtggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGccc < 1:179996/70‑1 (MQ=255) ggAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCtg > 1:3010542/1‑71 (MQ=255) gAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtgg < 1:2798736/71‑1 (MQ=255) gAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtgg < 1:474318/71‑1 (MQ=255) gTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtggtg < 1:3640414/71‑1 (MQ=255) tATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCtggtgg > 1:1153951/1‑71 (MQ=255) 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1:1075297/41‑1 (MQ=255) tCCACTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTa < 1:4048308/49‑1 (MQ=255) ccccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTa > 1:2706568/1‑71 (MQ=255) cccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAgg > 1:402862/1‑60 (MQ=255) cccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAt < 1:1983206/71‑1 (MQ=255) ccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAgg > 1:1212758/1‑59 (MQ=255) ccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACTCCGATTGAGGCCAACGGTTAtc < 1:2842777/71‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGtt > 1:3555338/1‑43 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:355695/44‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtct > 1:258500/1‑71 (MQ=255) tgctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtggtg > 1:3211230/1‑35 (MQ=255) tgctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:1266741/43‑1 (MQ=255) tgctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa < 1:58164/45‑1 (MQ=255) tgctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa < 1:742035/45‑1 (MQ=255) tgctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa < 1:1067204/45‑1 (MQ=255) gctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTg > 1:3033260/1‑53 (MQ=255) gctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGc > 1:4093745/1‑57 (MQ=255) gctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtctc > 1:4470405/1‑70 (MQ=255) ctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTg < 1:2287271/52‑1 (MQ=255) ctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCg < 1:4328382/70‑1 (MQ=255) tgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa > 1:1809054/1‑42 (MQ=255) tgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAt > 1:4376604/1‑71 (MQ=255) ccGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGTGTTTAACGc < 1:59772/43‑1 (MQ=38) ccGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAttt < 1:1203604/71‑1 (MQ=255) ccGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAttt < 1:170168/71‑1 (MQ=255) cGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGc > 1:2971560/1‑42 (MQ=255) gggATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt > 1:2751635/1‑58 (MQ=255) ggATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGa < 1:193134/47‑1 (MQ=255) ggATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGa < 1:3961066/47‑1 (MQ=255) ggATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:1715377/35‑1 (MQ=255) gATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAttttttt < 1:1124951/71‑1 (MQ=255) aTACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAttttt > 1:219311/1‑68 (MQ=255) aTACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTa < 1:480984/71‑1 (MQ=255) tCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGa > 1:1164630/1‑59 (MQ=255) tCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTAt > 1:412103/1‑68 (MQ=255) acGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAtttttt > 1:1770776/2‑65 (MQ=255) gTTTAATGCCGATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAt < 1:4491560/36‑1 (MQ=37) gTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACgg < 1:2246803/48‑1 (MQ=255) gTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgacc > 1:4057192/1‑71 (MQ=255) tttAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAttt < 1:3542740/59‑1 (MQ=255) ttAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccga > 1:4125295/1‑71 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGa > 1:4020830/1‑54 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccga < 1:4044104/70‑1 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcga > 1:3491877/1‑66 (MQ=255) tAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcga > 1:4370799/1‑66 (MQ=255) cGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGaccgaccg > 1:1279433/1‑70 (MQ=255) cGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACCGc > 1:185750/1‑71 (MQ=255) | AATGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACCGC > AP009048/70366‑70504 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |