| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 4,333,476 | G→A | 9.7% | R555H (CGC→CAC) | yjdA → | conserved hypothetical protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 4,333,476 | 0 | G | A | 9.7% | 189.5 / 8.8 | 62 | R555H (CGC→CAC) | yjdA | conserved hypothetical protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/31); new base A (2/4); total (27/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
AGTCGCGACTTTACGCTGCGTTTTGCCGAGCTTGAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTCAGGGTTTCGTCCTGGGTTTCATTTTCC > AP009048/4333406‑4333542 | aGTCGCTACTTTACGCTGCGTTTTGCCGAGCTTGAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCg > 1:1214508/1‑71 (MQ=255) cgcgACTTTACGCTGCGTTTTGCCGAGCTTGAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGccc > 1:1988134/1‑71 (MQ=255) gcgACTTTACGCTGCGTTTTGCCGAGCTTGAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGccc < 1:4329898/70‑1 (MQ=255) cgACTTTACGCTGCGTTTTGCCGAGCTTGAATGCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCa < 1:4560462/71‑1 (MQ=255) gACTTTACGCTGCGTTTTGCCGAGCTTGAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCAt > 1:2189815/1‑71 (MQ=255) aCTTTACGCTGCGTTTTGCCGAGCTTGAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCACCCCAtt < 1:4355728/71‑1 (MQ=255) cTTTACGCTGCGTTTTGCCGAGCTTGAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCAtt > 1:2372457/1‑70 (MQ=255) ttACGCTGCGTTTTGCCGAGCTTGAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAg > 1:1441700/1‑71 (MQ=255) tACGCTGCGTTTTGCCGAGCTTGAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGa < 1:3633364/69‑1 (MQ=255) tACGCTGCGTTTTGCCGAGCTTGAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAg > 1:4053969/1‑70 (MQ=255) aCGCTGCGTTTTGCCGAGCTTGAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGc > 1:2275541/1‑70 (MQ=255) ttttGCCGAGCTTGAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCG‑CCCATTGAGCAACAAGTCaa < 1:1409304/71‑1 (MQ=255) ttGCCGAGCTTGAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCaa < 1:4056550/70‑1 (MQ=255) tGCCGAGCTTGAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCaaa < 1:4388894/70‑1 (MQ=255) ccGAGCTTGAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAAt < 1:130524/70‑1 (MQ=255) cGAGCTTGAATCCACCCTTTGCCTGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATgg < 1:3642938/71‑1 (MQ=255) cGAGCTTGAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATgg < 1:3965289/71‑1 (MQ=255) cGAGCTTGAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATgg < 1:2034335/71‑1 (MQ=255) gAGCTTGAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATgg > 1:2948583/1‑70 (MQ=255) aGCTTGAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGaa < 1:1463171/71‑1 (MQ=255) ttGAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAAt < 1:1519591/64‑1 (MQ=255) tGAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAAtt > 1:1693812/1‑69 (MQ=255) gAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAg > 1:4247580/1‑48 (MQ=255) gAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAg > 1:4203169/1‑71 (MQ=255) gAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAg > 1:1658570/1‑71 (MQ=255) aaTCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGc < 1:3417675/71‑1 (MQ=255) aaTCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGc < 1:3858892/71‑1 (MQ=255) aTCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGc > 1:4168946/1‑70 (MQ=255) ccACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCACCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAg > 1:3314582/1‑71 (MQ=255) cACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGcaaca < 1:2790634/48‑1 (MQ=255) cACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGcaac < 1:63891/47‑1 (MQ=255) aCCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGa < 1:362459/41‑1 (MQ=255) aCCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGa < 1:2290568/41‑1 (MQ=255) aCCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTc < 1:3325024/71‑1 (MQ=255) cccTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGc < 1:624907/42‑1 (MQ=255) cccTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTCa < 1:3357198/71‑1 (MQ=255) ttGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGa > 1:4576645/1‑59 (MQ=255) tGCCGGGTGTTGACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTCAGGGtt > 1:134643/1‑71 (MQ=255) tGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGcaacaa > 1:3256856/1‑42 (MQ=255) tGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTCAggg < 1:503026/69‑1 (MQ=255) tGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTCAGGGt < 1:3884254/70‑1 (MQ=255) tGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCACCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTCAGGGt < 1:3778548/70‑1 (MQ=255) gCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTCAGGGtt < 1:162403/70‑1 (MQ=255) ggTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTCAGGGTTTCGTc > 1:2272088/1‑71 (MQ=255) gtgtTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTCAGGGTTTCGTcc < 1:3792177/71‑1 (MQ=255) gtgtTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTCAGGGTTTCGTcc < 1:3908375/71‑1 (MQ=255) tgtTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAATTCAAAATGGa < 1:303172/46‑1 (MQ=255) tgtTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCa < 1:514442/39‑1 (MQ=255) tgtTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTCAGGGTTTCGTcc < 1:2869222/70‑1 (MQ=255) ttAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTCAGGGt > 1:2850001/1‑61 (MQ=255) ttAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTCAGGGTTTCGTCCTg < 1:1788042/70‑1 (MQ=255) ttAACCGATGTTATTCACCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGa < 1:146201/44‑1 (MQ=255) tAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTCAGGGTTTCGTc > 1:1206400/1‑66 (MQ=255) aaCCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGaa > 1:2960102/1‑43 (MQ=255) aaCCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGa > 1:21764/1‑47 (MQ=255) cGATGTTATTCACCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTCAGGGTTTCGTCCTg > 1:1708755/1‑65 (MQ=255) aTGTTATTCGCCCAATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTCAGGGTTTCGTCCTGGGTTTCAt > 1:3866119/1‑71 (MQ=255) tGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTCAGGGTTTCGTCCTgg > 1:3756186/1‑63 (MQ=255) ttATTCACCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTCAGGGTTTCGTCCTGGGTTTCAttt < 1:2836761/70‑1 (MQ=255) aTTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGa > 1:1215430/1‑37 (MQ=255) aTTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTCAGGGTTTCGTCCTGGGTTTCATTTTcc > 1:1863234/1‑71 (MQ=255) tCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTCa < 1:3591559/43‑1 (MQ=255) tCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTCAGGGTTTCGTCCt > 1:3662699/1‑55 (MQ=255) | AGTCGCGACTTTACGCTGCGTTTTGCCGAGCTTGAATCCACCCTTTGCCGGGTGTTAACCGATGTTATTCGCCCCATTGAGCAACAAGTCAAAATGGAATTGAGCGAGTCAGGGTTTCGTCCTGGGTTTCATTTTCC > AP009048/4333406‑4333542 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |