| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 323,778 | G→A | 5.3% | intergenic (+101/+142) | ykgG → / ← ykgH | predicted transporter/predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 323,778 | 0 | G | A | 5.3% | 246.3 / 2.7 | 76 | intergenic (+101/+142) | ykgG/ykgH | predicted transporter/predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/30); new base A (2/2); total (43/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
AGAAGGCATACGAGGTTGAAAATAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAGGATATTTACAGTGAAAAAGACAGGCATCCATTC > AP009048/323708‑323846 | agaagGCATACGAGGTTGAAAATAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTAtgctg < 1:915478/71‑1 (MQ=255) agGCATACGAGGTTGAAAATAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGctc > 1:3274781/1‑71 (MQ=255) agGCATACGAGGTT‑AAAATAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGctct > 1:3517476/1‑71 (MQ=255) ggCATACGAGGTTGAAAATAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGctct > 1:177273/1‑71 (MQ=255) gCATACGAGGTTGAAAATAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCtctt < 1:3619049/71‑1 (MQ=255) cATACGAGGTTGAAAATAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTACtcttc > 1:4581897/1‑71 (MQ=255) aTACGAGGTTGAAAATAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCtcttct > 1:4063555/1‑71 (MQ=255) aTACGAGGTTGAAAATAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTACCGTCATGGTTATGCTGCtcttct > 1:2855710/1‑71 (MQ=255) tACGAGGTTGAAAATAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCtcttc < 1:3623844/69‑1 (MQ=255) tACGAGGTTGAAAATAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTCctct < 1:4197517/67‑1 (MQ=255) cGAGGTTGAAAATAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGt > 1:2922908/1‑70 (MQ=255) cGAGGTTGAAAATAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTa < 1:3149963/71‑1 (MQ=255) gAGGTTGAAAATAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTaa < 1:3108132/71‑1 (MQ=255) ggTTGAAAATAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTaaa > 1:3465128/1‑70 (MQ=255) ggTTGAAAATAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAat < 1:940702/71‑1 (MQ=255) gTTGAAAATAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCtctt < 1:3140966/62‑1 (MQ=255) gTTGAAAATAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCtctt < 1:3135708/62‑1 (MQ=255) gTTGAAAATAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCtctt < 1:4257292/62‑1 (MQ=255) gAAAATAGCGTTTAGGATAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATc < 1:573260/70‑1 (MQ=255) gAAAATAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATcc > 1:4517559/1‑71 (MQ=255) aaaaTAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATcc < 1:4315371/70‑1 (MQ=255) aaaaTAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATcc < 1:1675233/70‑1 (MQ=255) aaaaTAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCt < 1:4575346/71‑1 (MQ=255) aTAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCtctt < 1:1540078/55‑1 (MQ=255) aTAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTaa > 1:4204126/1‑61 (MQ=255) aTAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTa < 1:522456/60‑1 (MQ=255) aTAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTgg > 1:513554/1‑70 (MQ=255) aTAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGt < 1:140239/71‑1 (MQ=255) tAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTgg < 1:2969277/69‑1 (MQ=255) tAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTa > 1:3102400/1‑71 (MQ=255) aGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTAt > 1:1668488/1‑71 (MQ=255) gCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTAt > 1:4369003/1‑70 (MQ=255) cGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTACTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTa > 1:3085592/1‑71 (MQ=255) gTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTgg < 1:3043195/65‑1 (MQ=255) tAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTg > 1:3386917/1‑50 (MQ=255) tAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGt > 1:2341756/1‑63 (MQ=255) tAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCaa > 1:3118300/1‑71 (MQ=255) tAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATCACCaa > 1:1909281/1‑71 (MQ=255) aGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAat > 1:3007860/1‑54 (MQ=255) aGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTAcc > 1:3797934/1‑68 (MQ=255) aGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCa > 1:3533499/1‑69 (MQ=255) ggACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGt < 1:3049688/49‑1 (MQ=255) ggACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAAt < 1:845155/70‑1 (MQ=255) cAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGt > 1:3417447/1‑58 (MQ=255) aaCCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTAACAATGCCAg > 1:482625/1‑71 (MQ=255) ccTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAGGa > 1:3927753/1‑71 (MQ=255) ccTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAGGa > 1:2931241/1‑71 (MQ=255) tGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTAc > 1:690088/1‑58 (MQ=255) tGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAGGata > 1:3973654/1‑71 (MQ=255) gACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCa > 1:1129981/1‑65 (MQ=255) gACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAGGatat > 1:3742468/1‑71 (MQ=255) gACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAGGatat > 1:385601/1‑71 (MQ=255) aCTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTaaa > 1:1874508/1‑42 (MQ=255) aCTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTa > 1:3567624/1‑52 (MQ=255) cTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTa > 1:4199159/1‑39 (MQ=255) aaCCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTa < 1:1762548/36‑1 (MQ=255) aaCCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTAc > 1:2344522/1‑52 (MQ=255) aaCCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAGGATATTTa > 1:3346417/1‑69 (MQ=255) aaCCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAGGATATTTa > 1:3341279/1‑69 (MQ=255) aaCCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAGGATATTTa > 1:4411165/1‑69 (MQ=255) aaCCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAGGATATTTa > 1:2066068/1‑69 (MQ=255) aCCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAGGATAttt < 1:1040357/67‑1 (MQ=255) aCCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTACTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAGGATATTTACa < 1:3542228/70‑1 (MQ=255) aCCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTACTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAGGATATTTACa < 1:3528395/70‑1 (MQ=255) cccGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAGGat < 1:1718101/61‑1 (MQ=255) cccGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAGGat < 1:2708857/61‑1 (MQ=255) cGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAgg > 1:2755147/1‑57 (MQ=255) ccGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTAt > 1:4017059/1‑40 (MQ=255) ccGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAGGATATTTACAGTGaaaaa < 1:1283696/70‑1 (MQ=255) ccGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAGGATATTTACAGTGaaaaa < 1:301906/70‑1 (MQ=255) gTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAGGATATTTACAGTGAAAAAGAc < 1:3628196/71‑1 (MQ=255) tCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTAtt < 1:3340003/38‑1 (MQ=255) tCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTAcc < 1:1730547/41‑1 (MQ=255) cATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTAc > 1:2301782/1‑39 (MQ=255) cATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTAc > 1:1616327/1‑39 (MQ=255) aTGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAGGATATTTACAGTGAAAAAGACAgg < 1:3712897/71‑1 (MQ=255) aTGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAGGATATTTACAGTGAAAAAGACAGGCATcc < 1:4047885/70‑1 (MQ=255) ctgctCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAg < 1:4238377/38‑1 (MQ=255) ctgctCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAGGATATTTACAGTGAAAAAGACAGGCATCCATTc < 1:959067/71‑1 (MQ=255) | AGAAGGCATACGAGGTTGAAAATAGCGTTTAGGACAACCTGACTTAACCCCGTTCCGTCATGGTTATGCTGCTCTTCTGTAAATATCCTGGTATTACCAATGCCAGGATATTTACAGTGAAAAAGACAGGCATCCATTC > AP009048/323708‑323846 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |