| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 4,094,615 | G→A | 16.4% | L60L (CTG→TTG) | gntY ← | predicted gluconate transport associated protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 4,094,615 | 0 | G | A | 16.4% | 184.6 / 24.8 | 73 | L60L (CTG→TTG) | gntY | predicted gluconate transport associated protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/32); new base A (8/4); total (37/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
CGGTAACAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCCACATTCAGCG > AP009048/4094546‑4094685 | cGGTAACAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTcagcag > 1:2411703/1‑70 (MQ=255) ggTAACAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGt > 1:3993556/1‑71 (MQ=255) tAACAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCa < 1:516129/71‑1 (MQ=255) aaCAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTc > 1:2004392/1‑69 (MQ=255) aaCAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCa > 1:3235064/1‑70 (MQ=255) aaCAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCa < 1:2689481/70‑1 (MQ=255) aCAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCaaa > 1:3633292/1‑71 (MQ=255) aCAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCaa < 1:1487752/70‑1 (MQ=255) aCAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTAGGGTGCGCTTCACTCATCAACCTACGCGGTCAGCAGGTCaa < 1:3306471/70‑1 (MQ=255) aaaTCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCTCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAAtt > 1:3569392/1‑70 (MQ=255) aaaTCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAAttt < 1:2376997/71‑1 (MQ=255) aaTCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAAt > 1:1096719/1‑68 (MQ=255) aaTCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTc < 1:3260630/71‑1 (MQ=255) aTCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCa < 1:1259934/71‑1 (MQ=255) tCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAg < 1:1854803/71‑1 (MQ=255) gATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAtgg > 1:2109419/1‑71 (MQ=255) tctcTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCaa > 1:2488825/1‑60 (MQ=255) tctcTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCt > 1:2529937/1‑71 (MQ=255) tctcTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCt > 1:3921745/1‑71 (MQ=255) tctcTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCt > 1:3264771/1‑71 (MQ=255) tGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCtgt < 1:942121/69‑1 (MQ=255) tGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCt < 1:1386728/67‑1 (MQ=255) tGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTgtgt > 1:2540125/1‑71 (MQ=255) cagcTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCg < 1:1673099/68‑1 (MQ=255) cATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTgtgt < 1:902241/69‑1 (MQ=255) cATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCg > 1:3915185/1‑71 (MQ=255) cATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCg > 1:3342390/1‑71 (MQ=255) cATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTgtgt < 1:3291294/69‑1 (MQ=255) ccAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCt > 1:4154102/1‑71 (MQ=255) ccAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCt > 1:2963232/1‑71 (MQ=255) aGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTc < 1:3797396/71‑1 (MQ=255) aGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCtt > 1:4477042/1‑70 (MQ=255) gTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCg < 1:2470476/61‑1 (MQ=255) aTGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAgg < 1:2448570/38‑1 (MQ=255) aTGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAg > 1:2018496/1‑49 (MQ=255) tGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCcaca < 1:1870898/70‑1 (MQ=255) tGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCcaca < 1:2683683/70‑1 (MQ=255) tGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCcaca < 1:716670/70‑1 (MQ=255) tGGTGCGCTTAACTCATCAACATACG‑GGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGc > 1:3687526/1‑71 (MQ=255) gTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCgg > 1:3114809/1‑57 (MQ=255) gTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCg > 1:151660/1‑71 (MQ=255) tGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCATAttt < 1:626939/42‑1 (MQ=255) tGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCg < 1:212967/55‑1 (MQ=255) tGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGt < 1:119563/71‑1 (MQ=255) tGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGt < 1:1868913/71‑1 (MQ=255) gcgcTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCgg > 1:3353987/1‑55 (MQ=255) gcgcTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCgg > 1:4017764/1‑55 (MQ=255) cgcTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCg < 1:365653/53‑1 (MQ=255) cTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCt > 1:1816131/1‑45 (MQ=255) cTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCcgg > 1:564545/1‑71 (MQ=255) cTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCcgg < 1:3824687/71‑1 (MQ=255) ttAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAAttt < 1:1334716/37‑1 (MQ=255) ttAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAAt < 1:1024238/35‑1 (MQ=255) aaCTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCcggcg > 1:2744645/1‑70 (MQ=255) aaCTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCcggc > 1:2975073/1‑69 (MQ=255) aaCTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTc > 1:4598888/1‑65 (MQ=255) aCTCATCAACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCcggcgg < 1:1091180/70‑1 (MQ=255) cTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGAc < 1:707617/71‑1 (MQ=255) atcaACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACaa > 1:3372213/1‑70 (MQ=255) atcaACATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAAt < 1:3153495/71‑1 (MQ=255) tcaACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATa < 1:2092825/71‑1 (MQ=255) caACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCcggcg < 1:4315612/63‑1 (MQ=255) caACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAAt > 1:3438068/1‑69 (MQ=255) caACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAAt > 1:1151284/1‑69 (MQ=255) aCATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCtgt < 1:3946397/35‑1 (MQ=255) aCATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAg > 1:3497831/1‑70 (MQ=255) aCATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGa < 1:2609678/71‑1 (MQ=255) aCATACGCGGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGt > 1:3634577/1‑41 (MQ=255) aTACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGaaa > 1:1968312/1‑71 (MQ=255) tACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAAc < 1:1724106/71‑1 (MQ=255) aCGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACg > 1:4330081/1‑71 (MQ=255) cgcgGTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGaa < 1:1142294/67‑1 (MQ=255) ggTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGa > 1:546787/1‑63 (MQ=255) ggTCAGCAAGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCca > 1:552077/1‑70 (MQ=255) gTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCcaca < 1:4491655/71‑1 (MQ=255) cagcagGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCCACAtt > 1:227367/1‑71 (MQ=255) cagGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCCACATTCAg > 1:428852/1‑71 (MQ=255) ggTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCCACATTCAGCg < 1:2988328/71‑1 (MQ=255) ggTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCCACATTCAGCg > 1:1057380/1‑71 (MQ=255) | CGGTAACAAAATCGATCTCTGCATCTTCCAGGTATGGTGCGCTTAACTCATCAACATACGCGGTCAGCAGGTCAAATTTCAGGGCTGTGTCGGTGGCTTCCACAGCGTCCGGCGGACAATAAGAAACGCCACATTCAGCG > AP009048/4094546‑4094685 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |