| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 4,032,017 | C→T | 13.2% | D650N (GAC→AAC) | zntA ← | zinc, cobalt and lead efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 4,032,017 | 0 | C | T | 13.2% | 100.5 / 6.9 | 38 | D650N (GAC→AAC) | zntA | zinc, cobalt and lead efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/17); new base T (3/2); total (19/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01 | |||||||||||
CAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGCGTCGTTAATACCGTCA > AP009048/4031948‑4032084 | cAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTTGGCGGTTTCCAGCGCCACGTc < 1:4309275/70‑1 (MQ=255)cAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCt > 1:4487418/1‑71 (MQ=255) aaTCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTTtg > 1:2388422/1‑71 (MQ=255) aaTCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCt < 1:290435/70‑1 (MQ=255) aaTCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCt < 1:1741929/70‑1 (MQ=255) aTTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGcc > 1:1427408/1‑71 (MQ=255) ccGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTg > 1:4472887/1‑70 (MQ=255) cAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATcc > 1:3681123/1‑71 (MQ=255) gtggtTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGa > 1:1631044/1‑71 (MQ=255) gtggtTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGa < 1:4207948/71‑1 (MQ=255) gtggtTATGGGTTAATGCTGCGTAGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGa > 1:808592/1‑71 (MQ=255) tggtTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGAt < 1:1802231/71‑1 (MQ=255) ggtTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATg > 1:2157694/1‑71 (MQ=255) gtTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGAt < 1:3929125/69‑1 (MQ=255) tGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCtgt > 1:2233791/1‑41 (MQ=255) aTGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCttt < 1:4045237/70‑1 (MQ=255) tgctgcGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCa < 1:1153004/71‑1 (MQ=255) tgctgcGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCa < 1:699221/71‑1 (MQ=255) ctgcGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGa < 1:1730086/54‑1 (MQ=255) cGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGc < 1:2363432/70‑1 (MQ=255) cGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGc < 1:2085978/70‑1 (MQ=255) gTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAAt > 1:3817932/1‑45 (MQ=255) gTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTg < 1:3704190/71‑1 (MQ=255) ggcggTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCg > 1:931925/1‑65 (MQ=255) ggcggTTTCCAGCGCCACGTGTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCa > 1:3803386/1‑62 (MQ=255) ggcggTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGgcg > 1:1916718/1‑71 (MQ=255) gcggTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGc < 1:4366890/38‑1 (MQ=255) ggTTTCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGcgt > 1:3203625/1‑71 (MQ=255) gTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATc < 1:556946/60‑1 (MQ=255) tttCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTc < 1:171447/56‑1 (MQ=255) ttCCAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCt < 1:1169568/52‑1 (MQ=255) ttCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCt > 1:3950414/1‑61 (MQ=255) cAGCGCCACGTTTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGCGTCGTTa < 1:489303/70‑1 (MQ=255) cAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGCGTCGTTaa > 1:3319671/1‑71 (MQ=255) gcCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGCGTCGTTAATAcc < 1:406489/71‑1 (MQ=255) gcCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGCGTCGTTAATAcc < 1:152481/71‑1 (MQ=255) aCGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGCGTCGTTAATACCGt > 1:3761080/1‑70 (MQ=255) cGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGCGTCGTTaa > 1:3835217/1‑63 (MQ=255) cGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGCGTCGTTAATACCGTCa > 1:2348051/1‑71 (MQ=255) | CAATCATTTGCACCAGGCCGCGCAGGTGGTTATGGGTTAATGCTGCGTCGGCGGTTTCCAGCGCCACGTCTGTGCCGCTACCCATTGCAATCCCGATGGCGGCAGCTTTCATCGCTGGCGCGTCGTTAATACCGTCA > AP009048/4031948‑4032084 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |