| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 285,498 | G→A | 11.9% | A294T (GCC→ACC) | yagG → | predicted sugar transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 285,498 | 0 | G | A | 11.9% | 171.4 / 11.6 | 59 | A294T (GCC→ACC) | yagG | predicted sugar transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/32); new base A (4/3); total (24/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
CGGCAGCCTCGCCACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTCGTCACCCCGGCGGAGCA > AP009048/285428‑285565 | cGGCAGCCTCGCCACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCg > 1:2898787/1‑71 (MQ=255) ccTCGCCACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTc > 1:1652464/1‑70 (MQ=255) ccTCGCCACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCa < 1:1069095/71‑1 (MQ=255) cTCGCCACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCaa < 1:2125075/71‑1 (MQ=255) cTCGCCACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCa < 1:858804/70‑1 (MQ=255) tCGCCACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAg > 1:1035647/1‑71 (MQ=255) cGCCACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGt > 1:1904329/1‑71 (MQ=255) gCCACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTg < 1:817060/71‑1 (MQ=255) gCCACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGt < 1:3300141/70‑1 (MQ=255) ccaccaTGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTgg < 1:1487085/71‑1 (MQ=255) caccaTGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACAGCCTTCAAGTGGa > 1:3459158/1‑71 (MQ=255) tGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGatcatc > 1:89379/1‑71 (MQ=255) ttCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGatca < 1:4174320/67‑1 (MQ=255) ttCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCAtcgt > 1:1129383/1‑71 (MQ=255) ttCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCAtcg > 1:1363184/1‑70 (MQ=255) gCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTa < 1:188052/69‑1 (MQ=255) gCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACt > 1:2977595/1‑71 (MQ=255) tGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCg < 1:4026089/69‑1 (MQ=255) ctcctcACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTg < 1:3902698/70‑1 (MQ=255) cctcACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGa > 1:437485/1‑48 (MQ=255) cctcACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGAt > 1:825718/1‑70 (MQ=255) ctcACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGAt < 1:4201590/69‑1 (MQ=255) ctcACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCa < 1:1277412/71‑1 (MQ=255) ctcACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCAtcg < 1:363614/53‑1 (MQ=255) tcACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTc < 1:885590/62‑1 (MQ=255) tcACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAg > 1:2928438/1‑71 (MQ=255) cACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGc > 1:2459596/1‑71 (MQ=255) cACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCACCTTCAAGTGGatcat > 1:3641690/1‑49 (MQ=255) aCGACTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGatcatc > 1:464041/1‑49 (MQ=255) gCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTTATCAGCct > 1:4109597/1‑70 (MQ=255) ccTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCctgc < 1:1842873/71‑1 (MQ=255) ccTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCctgc < 1:2484466/71‑1 (MQ=255) ctgctgGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCctgct > 1:1590604/1‑71 (MQ=255) tgctgGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGatc < 1:1691599/41‑1 (MQ=255) tgctgGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCAtcgt < 1:2271421/46‑1 (MQ=255) ctgGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGAt > 1:3091418/1‑71 (MQ=255) ggCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGAttt < 1:4278141/70‑1 (MQ=255) ggCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGAttt < 1:4238703/70‑1 (MQ=255) ggCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGAttt < 1:247390/70‑1 (MQ=255) gCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCTAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTc < 1:1080417/71‑1 (MQ=255) gCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGAttt < 1:68051/69‑1 (MQ=255) gCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGcc < 1:312526/41‑1 (MQ=255) gCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTc > 1:2251059/1‑68 (MQ=255) gCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTCGTc < 1:2516436/71‑1 (MQ=255) ttCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTc < 1:4609758/66‑1 (MQ=255) tCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTCGTCAcc > 1:856623/1‑71 (MQ=255) cGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTg < 1:513484/46‑1 (MQ=255) cGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTCGt > 1:1908793/1‑66 (MQ=255) cGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTCGTCAc < 1:1744215/69‑1 (MQ=255) gACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGc > 1:2703289/1‑35 (MQ=255) aCCGCGTCACCACCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGAt < 1:1861308/58‑1 (MQ=255) cgcgTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGAt < 1:1073631/56‑1 (MQ=255) cgTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTCGTCACCCcggcgg < 1:3698485/71‑1 (MQ=255) cgTCACCACCTTCAAGAGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTc > 1:3959166/1‑58 (MQ=255) gTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTCGTCAGCCCGGCGGa < 1:1771511/71‑1 (MQ=255) gTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTCGTCACCCCGGCGGa < 1:557167/71‑1 (MQ=255) tCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTg < 1:105462/38‑1 (MQ=255) tCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGAtt < 1:1827638/53‑1 (MQ=255) aCCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATc > 1:489685/1‑39 (MQ=255) aCCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTCGTCACCCCGGCGGAGca > 1:688487/1‑71 (MQ=255) | CGGCAGCCTCGCCACCATGTTCGGCTCGCTTTGCTCCTCACGCCTGCTGGGCCGCTTCGACCGCGTCACCGCCTTCAAGTGGATCATCGTCGCCTACTCGCTGATCAGCCTGCTGATTTTCGTCACCCCGGCGGAGCA > AP009048/285428‑285565 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |