| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 275,785 | G→A | 10.0% | V413I (GTA→ATA) | mmuP → | predicted S‑methylmethionine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 275,785 | 0 | G | A | 10.0% | 151.3 / 6.2 | 50 | V413I (GTA→ATA) | mmuP | predicted S‑methylmethionine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/27); new base A (2/3); total (20/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
CGTCATCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGTT > AP009048/275716‑275855 | cGTCATCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAg > 1:3064795/1‑70 (MQ=255) gTCATCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGT‑CCAGTAt < 1:4365528/71‑1 (MQ=255) aTCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTAtt < 1:982548/70‑1 (MQ=255) caacaaGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGttt > 1:1918176/1‑71 (MQ=255) caacaaGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGtt < 1:3845195/70‑1 (MQ=255) aacaaGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGtttt > 1:1135621/1‑71 (MQ=255) aacaaGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGttt > 1:2740087/1‑70 (MQ=255) acaaGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtg < 1:353807/71‑1 (MQ=255) acaaGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtg < 1:554468/71‑1 (MQ=255) caaGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtgt > 1:2738194/1‑71 (MQ=255) ggTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtgtgct < 1:2771519/71‑1 (MQ=255) gTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtgtgctg < 1:114261/71‑1 (MQ=255) gCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCt < 1:3609197/71‑1 (MQ=255) ttGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAgg < 1:3062736/53‑1 (MQ=255) ttGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAg < 1:4157045/52‑1 (MQ=255) ttGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCtggt < 1:2523683/71‑1 (MQ=255) gAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCtg > 1:221902/1‑67 (MQ=255) aaTTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtgtgctgtgc < 1:4007524/59‑1 (MQ=255) aaTTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCtgt > 1:866514/1‑71 (MQ=255) aaTTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCtgt < 1:2493434/71‑1 (MQ=255) ttACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTgtgt > 1:1119617/1‑71 (MQ=255) aCATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGtttt > 1:3769348/1‑46 (MQ=255) aCATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTtgtgct > 1:4170787/1‑51 (MQ=255) ttATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGc < 1:3599465/71‑1 (MQ=255) tCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTgg > 1:1766628/1‑71 (MQ=255) gcgcgcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGc < 1:1612274/70‑1 (MQ=255) gcgcgcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGc < 1:3265269/70‑1 (MQ=255) gcgcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCAtt > 1:1102396/1‑71 (MQ=255) cgcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTc < 1:3624189/71‑1 (MQ=255) cgcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTc < 1:2170695/71‑1 (MQ=255) gcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCg < 1:4096866/71‑1 (MQ=255) gcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCg < 1:1043361/71‑1 (MQ=255) cGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGAt > 1:3943060/1‑71 (MQ=255) cGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGAt > 1:61987/1‑71 (MQ=255) gTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGcc < 1:2676790/41‑1 (MQ=255) tGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATc > 1:1209618/1‑70 (MQ=255) gTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAg < 1:2533479/71‑1 (MQ=255) tATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCa < 1:2653447/60‑1 (MQ=255) tATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAgc < 1:3929475/71‑1 (MQ=255) aTCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCt < 1:4410607/37‑1 (MQ=255) tCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAgcg > 1:902278/1‑70 (MQ=255) cGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTgtgt > 1:410212/1‑46 (MQ=255) cTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCa > 1:3704662/1‑54 (MQ=255) cTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAgcg < 1:3771157/66‑1 (MQ=255) cTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCagag < 1:4511067/71‑1 (MQ=255) gTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGaa < 1:874884/70‑1 (MQ=255) gTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAAt < 1:868338/71‑1 (MQ=255) gTGCCAATATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTc < 1:1362606/54‑1 (MQ=255) gcaaGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTg > 1:1370552/4‑71 (MQ=255) gCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTg > 1:3727507/1‑71 (MQ=255) ccAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGc > 1:1393853/1‑71 (MQ=255) gTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGtt > 1:3398823/1‑71 (MQ=255) | CGTCATCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGTT > AP009048/275716‑275855 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |