| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,741,048 | G→A | 16.4% | G326D (GGC→GAC) | yieG → | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,741,048 | 0 | G | A | 16.4% | 203.6 / 27.4 | 79 | G326D (GGC→GAC) | yieG | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (37/29); new base A (8/5); total (45/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGACCGGTTCGTTTATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCTTTCTGTCGCCGCT > AP009048/3740979‑3741117 | tGACCGGTTCGTTTATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTgg < 1:1140214/70‑1 (MQ=255) gACCGGTTCGTTTATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTATTCCGGCGTATCGGTTGGCg > 1:337766/1‑71 (MQ=255) cGGTTCGTTTATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTc > 1:1253156/1‑71 (MQ=255) tCGTTTATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTAc > 1:2976096/1‑71 (MQ=255) cGTTTATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTAc < 1:446058/70‑1 (MQ=255) cGTTTATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTAc < 1:2145695/70‑1 (MQ=255) gTTTATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCg > 1:1893323/1‑71 (MQ=255) gTTTATCGGTACTTCTTACGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTAcc < 1:1198398/70‑1 (MQ=255) tATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTa > 1:1567311/1‑65 (MQ=255) tATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTc > 1:770424/1‑71 (MQ=255) tATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTc > 1:4518960/1‑71 (MQ=255) tATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTc > 1:3706941/1‑71 (MQ=255) tATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTc > 1:429142/1‑71 (MQ=255) tCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCt < 1:3070138/70‑1 (MQ=255) cGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGa > 1:1904672/1‑71 (MQ=255) ggTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGAc < 1:3715074/71‑1 (MQ=255) gTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGGTGGCGGTCGTACCGGTCTGAc < 1:4529574/70‑1 (MQ=255) aCTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACgg > 1:1512772/1‑70 (MQ=255) aCTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACgg > 1:64396/1‑70 (MQ=255) tcttcCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGt > 1:3901386/1‑71 (MQ=255) tcttcCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGt > 1:1960070/1‑71 (MQ=255) cttcCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTgg > 1:2550946/1‑46 (MQ=255) cttcCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTAc < 1:4195011/55‑1 (MQ=255) cttcCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGa > 1:2951450/1‑63 (MQ=255) cttcCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAg < 1:2592602/69‑1 (MQ=255) cttcCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGt < 1:4086034/70‑1 (MQ=255) cttcCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGt > 1:3333547/1‑70 (MQ=255) cttcCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTg > 1:2607529/1‑71 (MQ=255) tcCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCg > 1:1509277/1‑55 (MQ=255) ccGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTg < 1:4164425/68‑1 (MQ=255) ccGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGGCGTACCGGTCTGACGGCAGTg < 1:3281634/68‑1 (MQ=255) ccGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgt < 1:2242557/70‑1 (MQ=255) cGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgttg > 1:272178/1‑71 (MQ=255) cGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgtt < 1:3018435/70‑1 (MQ=255) ttACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgttgt < 1:1945785/70‑1 (MQ=255) aCGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGttgttg < 1:3707734/70‑1 (MQ=255) aCGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTgg > 1:3404648/1‑71 (MQ=255) aCGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTgg > 1:4533932/1‑71 (MQ=255) aCGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTgg > 1:2715466/1‑71 (MQ=255) ggCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTc > 1:3508861/1‑71 (MQ=255) ggCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTc > 1:2508810/1‑71 (MQ=255) gCTTATATTGAGTCCTATTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTct > 1:2157001/1‑71 (MQ=255) tataTTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTctgct > 1:826742/1‑71 (MQ=255) tataTTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTAACGGCAGTGGttgttg > 1:3402054/1‑64 (MQ=255) atatTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGt < 1:335602/38‑1 (MQ=255) atatTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAg > 1:3147365/1‑54 (MQ=255) atatTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTctgctg > 1:3229226/1‑71 (MQ=255) atatTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTctgctg > 1:4361337/1‑71 (MQ=255) atatTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTctgc < 1:3880813/69‑1 (MQ=255) tatTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTg > 1:848593/1‑46 (MQ=255) tatTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGa > 1:1172345/1‑47 (MQ=255) tGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGttgttg > 1:1719815/1‑59 (MQ=255) tctTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGtt < 1:312428/62‑1 (MQ=255) ctTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgttg > 1:1087281/1‑48 (MQ=255) ttCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTgg > 1:425062/1‑68 (MQ=255) ttCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTa > 1:411268/1‑71 (MQ=255) ccGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGt > 1:1195388/1‑50 (MQ=255) ccGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCct < 1:4316213/61‑1 (MQ=255) ccGGCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGtt < 1:2233297/68‑1 (MQ=255) cGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCt < 1:1802616/71‑1 (MQ=255) cGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCt < 1:366153/71‑1 (MQ=255) ggCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGc < 1:2753639/35‑1 (MQ=255) gCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCttt < 1:4208226/71‑1 (MQ=255) gCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCttt < 1:2369344/71‑1 (MQ=255) gCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCttt < 1:478365/71‑1 (MQ=255) gCGTATCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCttt < 1:3500213/71‑1 (MQ=255) tATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCctgct < 1:871027/58‑1 (MQ=255) tATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCctgct < 1:1913951/58‑1 (MQ=255) aTCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCTTTCTGt > 1:1924547/1‑71 (MQ=255) aTCGGTTGACGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCTTTCTGt > 1:4593413/1‑71 (MQ=255) tCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgttgt < 1:12472/38‑1 (MQ=255) tCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGgttgt < 1:2395210/38‑1 (MQ=255) 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TGACCGGTTCGTTTATCGGTACTTCTTCCGTTACGGCTTATATTGAGTCCTCTTCCGGCGTATCGGTTGGCGGTCGTACCGGTCTGACGGCAGTGGTTGTTGGTCTGCTGTTCCTGCTGGTTATCTTTCTGTCGCCGCT > AP009048/3740979‑3741117 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |