| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,685,267 | C→T | 100% | pseudogene (855/1645 nt) pseudogene (855/984 nt) |
ilvG ← ilvG ← |
ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II ECK3760:JW3740:b3767; acetolactate synthase II, large subunit, N‑ter fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,685,267 | 0 | C | T | 100.0% | 164.2 / NA | 57 | pseudogene (855/1645 nt) pseudogene (855/984 nt) | ilvG ilvG | ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II ECK3760:JW3740:b3767; acetolactate synthase II, large subunit, N‑ter fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (27/30); total (27/30) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CATGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGCGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCGCCCACGGCGATCAGCAGGTCAC > AP009048/3685200‑3685334 | caTGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTTGCGTGTGgtgc > 1:1665259/1‑70 (MQ=255)caTGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGgtgc > 1:442808/1‑70 (MQ=255)caTGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGtgcg < 1:242852/71‑1 (MQ=255) aTGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGtgcg > 1:1134575/1‑70 (MQ=255) aTGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGtgcg > 1:3558351/1‑70 (MQ=255) ccTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGgtg < 1:4144237/71‑1 (MQ=255) gACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGtgcg < 1:3762463/62‑1 (MQ=255) aCGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGtt > 1:3922297/1‑69 (MQ=255) cGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAg < 1:1493121/71‑1 (MQ=255) gCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGt < 1:3693412/71‑1 (MQ=255) gCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGt > 1:3690951/1‑71 (MQ=255) aGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGttt < 1:1177358/71‑1 (MQ=255) aGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGttt > 1:486876/1‑71 (MQ=255) aGCTTGTTCATTTATGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGttt > 1:1609988/1‑71 (MQ=255) tGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCg > 1:371996/1‑71 (MQ=255) ttCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGt < 1:4303203/63‑1 (MQ=255) cATTTCTGCCTGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGtt < 1:2952638/57‑1 (MQ=255) cATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTc < 1:2859836/70‑1 (MQ=255) cATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCa > 1:4061275/1‑71 (MQ=255) aTTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGc < 1:741899/64‑1 (MQ=255) aTTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCAc < 1:3927957/71‑1 (MQ=255) tttCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCAcc < 1:4550953/71‑1 (MQ=255) tCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTc > 1:203093/1‑54 (MQ=255) tCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCAccc > 1:3030501/1‑70 (MQ=255) cTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCgg > 1:4439968/1‑71 (MQ=255) cGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGttt < 1:73514/54‑1 (MQ=255) cGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGtcat < 1:1213833/71‑1 (MQ=255) ggTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGa < 1:442399/39‑1 (MQ=255) ggTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGtcatca < 1:894953/71‑1 (MQ=255) tCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaaa < 1:159531/71‑1 (MQ=255) cGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGttt > 1:2593787/1‑49 (MQ=255) gATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCg < 1:86721/52‑1 (MQ=255) gATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAAc > 1:1288026/1‑71 (MQ=255) gATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAAc > 1:227846/1‑71 (MQ=255) tatCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGtt < 1:1906381/40‑1 (MQ=255) tatCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGt > 1:2585277/1‑71 (MQ=255) atCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTg > 1:1825821/1‑71 (MQ=255) tCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTg < 1:3329572/70‑1 (MQ=255) ccATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAg < 1:4148107/40‑1 (MQ=255) ccATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGtcat > 1:869971/1‑60 (MQ=255) tatGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCAcc > 1:69116/1‑50 (MQ=255) tatGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaaa < 1:4456701/61‑1 (MQ=255) atGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaa > 1:2819752/1‑59 (MQ=255) atGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCa > 1:2655023/1‑71 (MQ=255) tGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGttt > 1:1833624/1‑38 (MQ=255) gATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACg < 1:3716314/70‑1 (MQ=255) tAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGc > 1:2465722/1‑70 (MQ=255) tAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCg < 1:2348951/71‑1 (MQ=255) acacTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGtc > 1:2804817/1‑47 (MQ=255) acacTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGAt > 1:974088/1‑71 (MQ=255) cacTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGAt > 1:2482841/1‑70 (MQ=255) acTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGAt > 1:724582/1‑69 (MQ=255) acTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATca < 1:386959/71‑1 (MQ=255) cTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTc > 1:712373/1‑36 (MQ=255) tGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaa < 1:4453247/48‑1 (MQ=255) gCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATcagc < 1:626850/69‑1 (MQ=255) gCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATcagc < 1:2655436/69‑1 (MQ=255) gCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATcagc < 1:3915749/69‑1 (MQ=255) cGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATcagcaag < 1:1513324/71‑3 (MQ=39) tgtgGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATCAGCAAGTc < 1:2247117/71‑1 (MQ=39) tgGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATCAGCAAGTcgc < 1:2554906/71‑3 (MQ=38) tgGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATCAGCAAGTcg > 1:4183968/1‑69 (MQ=38) tgGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATCAGCAAGTcg > 1:970183/1‑69 (MQ=38) | CATGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGCGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCGCCCACGGCGATCAGCAGGTCAC > AP009048/3685200‑3685334 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |