| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,684,624 | C→A | 100% | pseudogene (435/582 nt) pseudogene (1498/1645 nt) |
ilvG ← ilvG ← |
ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,684,624 | 0 | C | A | 99.1% | 261.2 / ‑5.9 | 87 | pseudogene (435/582 nt) pseudogene (1498/1645 nt) | ilvG ilvG | ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (40/46); minor base T (1/0); total (41/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GAGACATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTCCGGGTGATGTGTTGGCCATGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGT > AP009048/3684556‑3684689 | gagaCATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTGTTTACg > 1:1088636/1‑71 (MQ=255) agaCATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTTTCGAGTGCCGCTTCAACCTTGTCTTTACgg < 1:2133851/71‑1 (MQ=255) agaCATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACg < 1:2387396/70‑1 (MQ=255) aCATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTTCGGGt > 1:1743730/1‑71 (MQ=255) aCATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGt < 1:1120540/71‑1 (MQ=255) aTGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGa > 1:4466820/1‑71 (MQ=255) gAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGACGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtg > 1:4341187/1‑71 (MQ=255) aaGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtgt > 1:825702/1‑71 (MQ=255) aaGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGCTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtgt > 1:3744440/1‑71 (MQ=255) gCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATgtgt < 1:2585803/71‑1 (MQ=255) cAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGtt < 1:3115579/71‑1 (MQ=255) tATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACgg > 1:3680326/1‑57 (MQ=255) tGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCag < 1:223355/71‑2 (MQ=255) cccATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCagg < 1:266947/69‑3 (MQ=255) ccATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGAt < 1:2722598/71‑1 (MQ=255) cATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATg > 1:4063337/1‑71 (MQ=255) aTCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGc > 1:2533789/1‑71 (MQ=255) tCACTTTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCACCCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGcc > 1:4082957/1‑71 (MQ=255) cACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGcc > 1:2563553/1‑70 (MQ=255) cACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGcc > 1:689417/1‑70 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGATTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATgtgt < 1:1010192/55‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAt > 1:4599597/1‑51 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATgtgt < 1:4568473/55‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCg > 1:4108995/1‑70 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCg > 1:3866215/1‑70 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa < 1:3009594/71‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa < 1:1151030/71‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGACGCCGa < 1:8563/71‑1 (MQ=255) cTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGaa < 1:2608666/71‑1 (MQ=255) gTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAgg > 1:834971/1‑71 (MQ=255) cAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATgtgt > 1:3188500/1‑49 (MQ=255) cAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGgcgc > 1:3823503/1‑71 (MQ=255) aGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGgcgc < 1:2905828/70‑1 (MQ=255) aGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCt < 1:2627919/71‑1 (MQ=255) gCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTg > 1:4126541/1‑71 (MQ=255) gCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTg < 1:1438956/71‑1 (MQ=255) aTGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGc > 1:4068489/1‑71 (MQ=255) tGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtgt < 1:3258174/42‑1 (MQ=255) tGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGc < 1:1607777/48‑1 (MQ=255) tGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGc > 1:3037388/1‑70 (MQ=255) gtgtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTa < 1:3421707/70‑1 (MQ=255) gtgtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTa < 1:1752147/70‑1 (MQ=255) gtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACa > 1:4126614/1‑71 (MQ=255) tCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCagg < 1:3217854/47‑3 (MQ=255) tCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACAt > 1:1200736/1‑71 (MQ=255) tCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACAt > 1:2795727/1‑71 (MQ=255) tCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACAt < 1:3000015/71‑1 (MQ=255) tCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACAt < 1:4288246/71‑1 (MQ=255) tCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACAt < 1:392008/71‑1 (MQ=255) gAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATgtgt > 1:1551681/1‑37 (MQ=255) gAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGa > 1:3021046/1‑47 (MQ=255) gAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACAt > 1:3176013/1‑69 (MQ=255) gAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACAt > 1:451894/1‑69 (MQ=255) gAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATg < 1:3623483/70‑1 (MQ=255) gAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGa < 1:3277819/71‑1 (MQ=255) gAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGa < 1:4205154/71‑1 (MQ=255) gTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCg < 1:3948843/50‑1 (MQ=255) tGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGc < 1:2250798/47‑1 (MQ=255) ccGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCg < 1:879547/47‑1 (MQ=255) ccGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCg < 1:3463245/47‑1 (MQ=255) ccGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCg < 1:2208516/47‑1 (MQ=255) ccGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGa > 1:4529373/1‑66 (MQ=255) ccGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGaaa > 1:620268/1‑71 (MQ=255) cGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAg > 1:4263861/1‑49 (MQ=255) gCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATc < 1:4053713/71‑1 (MQ=255) gCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATc > 1:1626425/1‑71 (MQ=255) cTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCa < 1:4179822/35‑1 (MQ=255) cTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCa < 1:4311228/35‑1 (MQ=255) cTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCg > 1:1872577/1‑71 (MQ=255) cTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCg < 1:2525558/71‑1 (MQ=255) ttCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa < 1:1015456/44‑1 (MQ=255) tCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGgcg < 1:2290016/48‑1 (MQ=255) cAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCgg < 1:4471782/69‑1 (MQ=255) aaCCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCgggg < 1:2011216/70‑1 (MQ=255) aCCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAAc < 1:2139463/54‑1 (MQ=39) ccTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAAt > 1:2505425/1‑63 (MQ=255) cTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTAt < 1:4045765/71‑1 (MQ=255) tGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTAt > 1:2154709/1‑70 (MQ=255) ggTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCg < 1:2782688/35‑1 (MQ=38) ggTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATcg > 1:3227861/1‑70 (MQ=255) ggTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATc > 1:3100672/1‑70 (MQ=255) gTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATcgg > 1:3202121/1‑69 (MQ=255) cTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTg > 1:2043094/1‑41 (MQ=38) tttACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCgg < 1:1315903/59‑1 (MQ=255) tttACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCg > 1:2349777/1‑58 (MQ=255) tttACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGt > 1:4193472/1‑69 (MQ=255) tttACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAAACgg < 1:1404405/59‑1 (MQ=255) | GAGACATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTCCGGGTGATGTGTTGGCCATGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGT > AP009048/3684556‑3684689 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |