| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,506,676 | C→T | 5.1% | L57L (TTG→TTA) | metL ← | fused aspartokinase II and homoserine dehydrogenase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,506,676 | 0 | C | T | 5.1% | 251.6 / 2.7 | 78 | L57L (TTG→TTA) | metL | fused aspartokinase II and homoserine dehydrogenase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/37); new base T (2/2); total (39/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
GCGACGCAGCGTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAGGCTGAGAGTACTCCGCCAT > AP009048/3506607‑3506744 | gCGACGCAGCGTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATc < 1:3310470/70‑1 (MQ=255) cGACGCAGCGTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCaa < 1:4042623/71‑1 (MQ=255) cGACGCAGCGTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCaa < 1:739164/71‑1 (MQ=255) aCGCAGCGTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAATTTCAACCAGTTAATCAACt > 1:155920/1‑71 (MQ=255) cAGCGTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGt < 1:2530312/71‑1 (MQ=255) cAGCGTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGt < 1:2176588/71‑1 (MQ=255) cGTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAg < 1:3834261/71‑1 (MQ=255) cGTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAg < 1:3398233/71‑1 (MQ=255) gTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTa > 1:2606668/1‑69 (MQ=255) gTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAgt > 1:1011750/1‑71 (MQ=255) gTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGCTTAgt > 1:3574351/1‑71 (MQ=255) tttGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAgtg < 1:3195234/71‑1 (MQ=255) tttGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAgtg < 1:2213174/71‑1 (MQ=255) tttGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAg < 1:3947403/69‑1 (MQ=255) ttgttgAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAgtgg > 1:1599322/1‑71 (MQ=255) tgttgAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAgtggt > 1:684010/1‑71 (MQ=255) tgttgAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAgtgg < 1:2732719/70‑1 (MQ=255) gttgAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAgtggtg > 1:1196475/1‑71 (MQ=255) gttgAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAgtggtg > 1:4426097/1‑71 (MQ=255) ttgAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAgtgg > 1:1358853/1‑68 (MQ=255) tgAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTg > 1:2202378/1‑59 (MQ=255) tgAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTa > 1:2073045/1‑63 (MQ=255) gAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTa < 1:1843912/62‑1 (MQ=255) gAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAgtggtgagg > 1:4062773/1‑68 (MQ=255) gAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCt < 1:1545523/70‑1 (MQ=255) aaCCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTa < 1:316601/70‑1 (MQ=255) aCCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTAcc < 1:2734434/71‑1 (MQ=255) cTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGtt < 1:1906066/57‑1 (MQ=255) tGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACcggc > 1:4580230/1‑71 (MQ=255) gATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAg < 1:3421361/57‑1 (MQ=255) aTGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTa > 1:3586880/1‑55 (MQ=255) aTGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACcggcgg < 1:2529936/71‑1 (MQ=255) tGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCaa > 1:2679198/1‑47 (MQ=255) tGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACcggcggc > 1:2094070/1‑71 (MQ=255) tGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACcggcggc > 1:2933602/1‑71 (MQ=255) agagaCGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCaa < 1:4345098/40‑1 (MQ=255) agagaCGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTa > 1:3156610/1‑56 (MQ=255) gagaCGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCaa > 1:2366863/1‑39 (MQ=255) gagaCGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAacca > 1:4214700/1‑71 (MQ=255) agaCGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCaa > 1:2720866/1‑38 (MQ=255) agaCGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAac > 1:1747887/1‑68 (MQ=255) gaCGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGaa < 1:3194989/65‑1 (MQ=255) aCGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTGATTAACTgg < 1:2859157/40‑1 (MQ=37) aCGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCa < 1:3317708/35‑1 (MQ=255) aCGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAAccacca < 1:4153342/71‑1 (MQ=255) cGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACcat < 1:3037423/71‑1 (MQ=255) gATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTGATTAACTGGt > 1:2079626/1‑39 (MQ=25) gATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAAc > 1:4185639/1‑35 (MQ=255) gATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACcatc < 1:466046/71‑1 (MQ=255) gATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACcat > 1:1929636/1‑70 (MQ=255) gATCGGACTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACt > 1:597088/1‑36 (MQ=255) aTCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAgtggt < 1:2281223/45‑1 (MQ=255) aTCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACcatca < 1:1776294/71‑1 (MQ=255) aTCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACcatca < 1:153363/71‑1 (MQ=255) aTCGGTCTGGCTTAGATTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAgtggt < 1:2672961/45‑1 (MQ=255) tCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAAccacca < 1:2392237/67‑1 (MQ=255) ggTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCata < 1:2804238/70‑1 (MQ=255) tCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCg < 1:1245643/71‑1 (MQ=255) tCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCg < 1:2455506/71‑1 (MQ=255) cTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAgtgg > 1:1899900/1‑38 (MQ=255) tGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGaaa > 1:4065146/1‑55 (MQ=255) gCTTAGTTTCAACCAGTTAATGAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAg > 1:1403815/1‑71 (MQ=255) ttAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAg > 1:174237/1‑69 (MQ=255) gTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCata < 1:3737091/59‑1 (MQ=255) tttCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGt < 1:4439208/62‑1 (MQ=255) tttCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAGGCTgag < 1:11142/71‑1 (MQ=255) tCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAAccacca > 1:2394682/1‑51 (MQ=255) tCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAGGCTGagag > 1:2739365/1‑71 (MQ=255) tCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAGGCTGagag > 1:4513424/1‑71 (MQ=255) cAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCata < 1:980514/55‑1 (MQ=255) aaCCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAGGCTGagag < 1:1895320/69‑1 (MQ=255) aCCAGTTGATTAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACcatca < 1:2365642/51‑1 (MQ=38) cAGTTGATTAACTGGTTAGTGGTGCTACcggcggcg > 1:4413998/1‑36 (MQ=25) ttAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAac > 1:4324245/1‑38 (MQ=255) ttAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAGGCTGAGAGTACTCCGc > 1:1673286/1‑71 (MQ=255) tAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGt > 1:163812/1‑51 (MQ=255) aaTCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAGGCTGAGAGTACTCCGCCa > 1:2717755/1‑71 (MQ=255) aaTCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAGGCTGAGAGTACTCCGCCa > 1:957909/1‑71 (MQ=255) aTCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAGGCTGAGAGTACTCCGCCAt < 1:4591230/71‑1 (MQ=255) | GCGACGCAGCGTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAGGCTGAGAGTACTCCGCCAT > AP009048/3506607‑3506744 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |