| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 713954 | 49 (0.980) | 81 (1.620) | 46/102 | NT | 61.6% | coding (546/546 nt) | seqA | regulatory protein for replication initiation |
| ? | AP009048 | 2809398 = | 52 (1.040) | intergenic (+63/‑28) | ygaH/mprA | predicted inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
ACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/713893‑713954‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATT > AP009048/2809398‑2809466 ACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAA > 1:1432344/1‑71 ATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAA > 1:3039924/1‑69 TCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTA < 1:194292/71‑1 CATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA > 1:3385648/1‑71 CATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA > 1:3380218/1‑71 CATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA > 1:3060807/1‑71 CATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA > 1:1448899/1‑71 TGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATG < 1:1236310/71‑1 TGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATG < 1:1262474/71‑1 TGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATG < 1:1298489/71‑1 AGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGG < 1:3758460/71‑1 AGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGG < 1:3719899/71‑1 GTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGT < 1:1059717/71‑1 GTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGT < 1:2380649/71‑1 GTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGG < 1:2546687/55‑1 TCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGA > 1:3751393/1‑67 CGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA > 1:1692579/1‑71 CGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA > 1:4289024/1‑71 GATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCAT < 1:1568847/71‑1 GATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA < 1:1255875/70‑1 GATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA < 1:628592/70‑1 GATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGGCA < 1:938268/70‑1 ATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATA < 1:886092/71‑1 ATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATA < 1:1121909/71‑1 ATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATT < 1:3498129/59‑1 TGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATAC > 1:4286928/1‑71 TGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATAC > 1:3885998/1‑71 GCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACC > 1:694401/1‑71 AATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCA < 1:840873/71‑1 AATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCA < 1:2196299/71‑1 AATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCA < 1:2328722/71‑1 AATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATT < 1:3094183/55‑1 TTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAA > 1:2516511/1‑71 TCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAAT > 1:639024/1‑71 TCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAA < 1:3155058/49‑1 CCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATG < 1:2690486/70‑1 CCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATG < 1:109949/70‑1 CCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATG < 1:1730587/70‑1 CGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGA < 1:4201249/71‑1 GGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGA > 1:889406/1‑70 GGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAA > 1:370229/1‑46 GGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAA > 1:375749/1‑46 GCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGA > 1:3963498/1‑52 CGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAA > 1:474245/1‑44 GGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGT > 1:821421/1‑71 ATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCG > 1:396400/1‑71 ATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCG > 1:4188752/1‑71 TGATTGAGAAGGTTT‑‑GGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATG > 1:1214591/1‑42 GATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT > 1:348935/1‑70 GATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT < 1:3113781/70‑1 GATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT < 1:4174681/70‑1 GATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGA > 1:1625844/1‑44 ATTGAGAAGGTTTGCTGAACTATCTAACGGCTGAAATTA < 1:358853/39‑1 ATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTA < 1:2340813/71‑1 ATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTT < 1:2395883/70‑1 ATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGG < 1:2323997/59‑1 ATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTA < 1:3349424/39‑1 ATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTA < 1:3344297/39‑1 TTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGT > 1:1420922/1‑67 TGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTA > 1:2574412/1‑69 AGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGG < 1:4245117/41‑1 AGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCAT > 1:1903399/1‑71 AGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCAT > 1:2709421/1‑71 AGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACC > 1:4257098/1‑45 GGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCAT > 1:4379316/1‑70 GGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAA > 1:2437632/1‑48 GTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTG < 1:4487461/71‑1 GTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT < 1:340439/60‑1 TTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA > 1:4484897/1‑37 TGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCG > 1:391722/1‑55 TGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAAT > 1:2562625/1‑45 GCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAAC > 1:1340685/1‑70 CGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACA < 1:2381723/70‑1 GGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAA < 1:3017935/71‑1 GGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAA < 1:1398860/40‑1 AACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATG > 1:666862/1‑71 AACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACACAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATG > 1:2946988/1‑71 CTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGC > 1:333439/1‑70 CTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATG > 1:338930/1‑69 CTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT > 1:311195/1‑50 CTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGT > 1:275200/1‑45 ATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGA > 1:2916205/1‑39 TCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAA < 1:3695543/70‑1 TCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTT > 1:4475808/1‑48 CTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAA > 1:4362485/1‑71 CTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAA > 1:2279549/1‑71 CTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT > 1:2560316/1‑46 CTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACACAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAA > 1:4573175/1‑71 AACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATT > 1:3939447/1‑71 AACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATT > 1:1504034/1‑71 AACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATT > 1:59600/1‑71 AACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAA > 1:3591300/1‑69 AACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTA > 1:1099220/1‑46 AACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGT < 1:173183/43‑1 ACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATT < 1:2138498/70‑1 ACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATT < 1:2065623/70‑1 ACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATT < 1:1988786/70‑1 ACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/713893‑713954‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATT > AP009048/2809398‑2809466 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |