| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 315707 | NA (NA) | 54 (1.080) | 37/102 | NT | 100% | coding (654/687 nt) | ykgA | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| ? | AP009048 | 576911 = | 0 (0.000) | coding (76/498 nt) | ybcS | predicted lysozyme | |||||
CCTCAGTCCGGAACAATTTGAAAACAAGAACCTCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/315638‑315707‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTA > AP009048/576911‑576979 CCTCAGTCCGGAACAATTTGAAAACAAGAACCTCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAA < 1:4476497/71‑1 AACAATTTGAAAACAAGAACCTCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGT < 1:2353909/71‑1 AACAATTTGAAAACAAGAACCTCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGG > 1:890523/1‑64 CAATTTGAAAACAAGAACCTCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACT > 1:2274706/1‑60 CAATTTGAAAACAAGAACCTCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAA < 1:3693165/58‑1 AATTTGAAAACAAGAACCTCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAA < 1:4479613/57‑1 TTTGAAAACAAGAACCTCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAA > 1:137011/1‑71 TGAAAACAAGAACCTCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAAC < 1:2980684/70‑1 TGAAAACAAGAACCTCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAAC < 1:4000702/70‑1 TGAAAACAAGAACCTCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAA > 1:90866/1‑53 TGAAAACAAGAACCTCGCTTAGGACTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGT > 1:3872867/1‑67 AAAACAAGAACCTCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGAT > 1:2050649/1‑71 AACAAGAACCTCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGG > 1:3643641/1‑71 AACAAGAACCTCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGG < 1:3189727/71‑1 AAGAACCTCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCT > 1:389015/1‑71 GAACCTCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGG < 1:1996941/71‑1 GAACCTCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGG > 1:2170991/1‑48 AACCTCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGAGCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGA < 1:1178016/71‑1 CCTCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTC < 1:3226523/65‑1 CCTCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAA < 1:4070090/41‑1 CTCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAAC < 1:1724338/57‑1 TCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGT > 1:1445791/1‑71 TCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAG < 1:735482/69‑1 CGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTG > 1:3178217/1‑71 GCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATTGTCTGGAAGGT < 1:1660522/69‑1 GCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGT < 1:882964/69‑1 AGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGC > 1:2199469/1‑71 AGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGC > 1:2365839/1‑71 GGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCT < 1:573954/71‑1 GGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGC > 1:1873075/1‑70 GCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAG < 1:1309164/61‑1 CTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACA > 1:4525281/1‑71 CTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGGCTGGAAGGT < 1:3060397/61‑1 TGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACA > 1:1163739/1‑70 TGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAG < 1:1712931/65‑1 TGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTG < 1:2227227/61‑1 TGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCT < 1:3989337/53‑1 TGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATAC > 1:1875230/1‑71 TGTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAG > 1:3732814/1‑36 GTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATAC > 1:4606903/1‑70 GTCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGT > 1:1164725/1‑48 TCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGA < 1:2268501/52‑1 TCCATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGA < 1:717122/43‑1 CATATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATA > 1:3622357/1‑71 TATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGT < 1:949839/52‑1 TATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGG < 1:3629554/47‑1 ATTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCA > 1:4413032/1‑66 TTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCA > 1:3837782/1‑65 TTACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGT > 1:3733328/1‑41 TACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACA > 1:920271/1‑68 ACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACA > 1:305499/1‑67 ACGTGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACA > 1:4243278/1‑58 CGTGTGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAG < 1:2919988/69‑1 TGGGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAG < 1:1025944/50‑1 GGTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATT < 1:2340878/70‑1 GTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCT > 1:3561464/1‑49 GTAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGG > 1:2042739/1‑41 TAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTT < 1:331732/71‑1 TAGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGGCTGGA < 1:1425483/37‑1 AGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTT > 1:3272879/1‑70 AGGATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCA > 1:1994152/1‑44 GGATCAACTGGCCCAACTGGTAACGATGGTCTGGAAG > 1:1066892/1‑37 GATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCT < 1:4335059/45‑1 GATCAACTGGCCCAAGTGGTAAAGATGGTCTGGAAGGTGTCA < 1:1952994/42‑1 GATCAACTGGCCCAAGTGCTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGG > 1:1402424/1‑70 ATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAA > 1:21253/1‑58 ATCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAA > 1:2900107/1‑58 TCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTG > 1:2242889/1‑70 TCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGAT < 1:122505/60‑1 TCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAC > 1:1524232/1‑45 TCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGC > 1:3773632/1‑42 TCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGC > 1:3768239/1‑42 TCAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTG < 1:1849665/37‑1 CAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTA > 1:4090282/1‑71 CAACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTA > 1:1757753/1‑71 AACTGGCACAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTct > 1:603599/1‑61 CCTCAGTCCGGAACAATTTGAAAACAAGAACCTCGCTTAGGCCTGTGTCCATATTACGTGGGTAGGATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/315638‑315707‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTA > AP009048/576911‑576979 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |