| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 225281 | NA (NA) | 5 (0.110) | 5/92 | NT | NA | noncoding (1511/1542 nt) | rrsH | 16S ribosomal RNA |
| ? | AP009048 | = 225293 | NA (NA) | noncoding (1523/1542 nt) | rrsH | 16S ribosomal RNA | |||||
GGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/225208‑225281‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaccgCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCTCC < AP009048/225293‑225224 GGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA > 1:221535/1‑71GGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA > 1:2414542/1‑71GGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA < 1:4193962/71‑1GGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA < 1:2844667/71‑1GGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA < 1:386444/71‑1GGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTA > 1:218145/1‑70GGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTA < 1:1768543/70‑1GGTAGCTTAACATTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGCGAAGTCGTAACAAGGTAA > 1:2406516/1‑71 GTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAAC > 1:1990948/1‑71 GTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAAC < 1:2930567/71‑1 AGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG > 1:1060520/1‑71 AGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG > 1:1909526/1‑71 AGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG > 1:1844994/1‑71 AGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG > 1:414055/1‑71 AGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG > 1:1369148/1‑71 GCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG < 1:1636617/70‑1 GCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG > 1:1642110/1‑70 GCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG < 1:1541752/70‑1 GCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG > 1:1233514/1‑70 GCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG > 1:724978/1‑70 CTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA < 1:3732249/66‑1 CTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA < 1:4222818/66‑1 TAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC > 1:3282035/1‑66 TAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA > 1:3690739/1‑64 TAACCTGCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC > 1:601041/1‑66 AACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTA < 1:1708568/62‑1 AACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTA < 1:1060789/62‑1 GGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGCAGGTTCCCCTACGGT < 1:3396793/71‑1 CTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGCAGGTTCCCCTA > 1:934167/1‑62 TACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTA > 1:2896433/1‑44 ACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCt < 1:4082759/47‑2 ACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC > 1:2619452/1‑46 CTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA > 1:1510611/1‑40 CTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTA > 1:3141826/1‑39 TTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTA < 1:4182424/38‑1 TTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTA < 1:1905437/38‑1 TGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG < 1:2075166/40‑1 TGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC > 1:1530527/1‑39 TGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC < 1:2088670/39‑1 TGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC < 1:2705718/39‑1 CATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGCAGGTTCCCCTA < 1:1778914/45‑1 ATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGCAGGTTCCCCTACG > 1:340067/1‑46 GGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGCAGGTTCCCCTACG < 1:4445033/39‑1 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCC > 1:4313749/1‑71 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCC > 1:1396629/1‑71 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCC > 1:25912/1‑71 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCC > 1:4078021/1‑71 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCC > 1:164203/1‑71 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCC > 1:3595863/1‑71 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCC > 1:3533760/1‑71 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAA > 1:430934/1‑66 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGT < 1:3223064/64‑1 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAA < 1:1564915/58‑1 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCAC > 1:3952730/1‑56 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCA < 1:865843/48‑1 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCC < 1:1106956/42‑1 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCC < 1:3826071/42‑1 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTT > 1:1023267/1‑37 ACCGCATGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCC < 1:2595876/71‑1 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGCCTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCC > 1:2857734/1‑71 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCC > 1:3358209/1‑71 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCC > 1:3325667/1‑71 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCC > 1:3302236/1‑71 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCC > 1:2555231/1‑70 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAA > 1:3180032/1‑58 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAAT > 1:1482467/1‑52 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGA > 1:4246699/1‑50 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTT < 1:44388/36‑1 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTT < 1:1427132/36‑1 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTT < 1:2230347/36‑1 CCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCT > 1:2805463/1‑71 CCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCT < 1:3038078/71‑1 CCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCT > 1:3080365/1‑71 CCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCT > 1:2247806/1‑71 CCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCT < 1:4025692/71‑1 CCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCC > 1:3898570/1‑70 CCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAG > 1:1694365/1‑65 CCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAA < 1:4007693/64‑1 CCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAA > 1:3760664/1‑64 CCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGG < 1:1544773/61‑1 CCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAG < 1:328974/58‑1 CCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACAACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCT < 1:1833970/71‑1 CGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCTC > 1:2251595/1‑71 CGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATG > 1:2922890/1‑47 CGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCA > 1:3624102/1‑41 GCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCTCC > 1:4142214/1‑71 GCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCTCC > 1:1326154/1‑71 GCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATAACAAAGTGGTAAGCGCCCTCC > 1:3838193/1‑71 GGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/225208‑225281‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaccgCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCTCC < AP009048/225293‑225224 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |