| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,685,143:1 | +A | 87.3% | pseudogene (979/1645 nt) pseudogene (979/984 nt) |
ilvG ← ilvG ← |
ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II ECK3760:JW3740:b3767; acetolactate synthase II, large subunit, N‑ter fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,685,143 | 1 | . | A | 87.3% | 160.6 / 23.6 | 63 | pseudogene (979/1645 nt) pseudogene (979/984 nt) | ilvG ilvG | ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II ECK3760:JW3740:b3767; acetolactate synthase II, large subunit, N‑ter fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/5); new base A (29/26); total (32/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
CGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGAATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTTGCTGCCAGTCATT‑G‑‑ATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGCCACATGT > AP009048/3685073‑3685204 | cGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑g < 1:4099834/71‑1 (MQ=255) tCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑G‑‑a > 1:4281282/1‑70 (MQ=255) aCCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑G‑‑Atat < 1:716092/71‑3 (MQ=255) aCCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑G‑‑Atat < 1:1246993/71‑3 (MQ=255) aCCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑G‑‑Atat > 1:192749/1‑69 (MQ=255) ccGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑G‑‑Atatt < 1:1931482/71‑4 (MQ=255) ccGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑G‑‑Atatt < 1:1112720/71‑4 (MQ=255) ccGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑G‑‑Atatt > 1:4390536/1‑68 (MQ=255) cGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑G‑‑Atatt > 1:3540087/1‑67 (MQ=255) gTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGgc < 1:164982/70‑1 (MQ=255) tCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGgctg > 1:2677276/1‑71 (MQ=255) tCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGgc > 1:4376475/1‑69 (MQ=37) gTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGgctgc > 1:1842454/1‑70 (MQ=255) aCGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGt < 1:4310909/70‑1 (MQ=255) aCGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGt < 1:4076415/70‑1 (MQ=255) aCGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGt < 1:1903212/70‑1 (MQ=255) aCGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTa < 1:3965753/71‑1 (MQ=255) gCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAAt > 1:4396372/1‑71 (MQ=255) gCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAAt < 1:280267/71‑1 (MQ=255) ccAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATg > 1:2369963/1‑71 (MQ=255) cAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGc > 1:3497322/1‑71 (MQ=255) cAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGc < 1:1047333/71‑1 (MQ=255) aGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGc < 1:2197272/70‑1 (MQ=255) aGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCt < 1:1984075/71‑1 (MQ=255) aGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCt > 1:668113/1‑71 (MQ=255) ggcaTGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTg > 1:1351571/4‑71 (MQ=255) aTGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTa < 1:1102580/71‑1 (MQ=255) tGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTaa < 1:550329/71‑1 (MQ=255) tGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTaa < 1:2438874/71‑1 (MQ=255) gTTAATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTaa > 1:3025418/1‑70 (MQ=255) ttCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGgctg > 1:1016418/1‑54 (MQ=255) ttCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTaa > 1:238305/1‑69 (MQ=255) ttCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAAc < 1:1052559/70‑1 (MQ=255) ttCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAAc < 1:2340061/70‑1 (MQ=255) ttCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACa < 1:1147112/71‑1 (MQ=255) ttCATAACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTaa > 1:1418139/1‑69 (MQ=255) catcaCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTa > 1:2476571/1‑57 (MQ=255) atcaCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACagag > 1:727778/1‑71 (MQ=255) caCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTgg < 1:2158752/61‑1 (MQ=255) aCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCAt > 1:1875843/1‑71 (MQ=255) aCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCAt > 1:3132346/1‑71 (MQ=255) gCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCAtt > 1:283939/1‑70 (MQ=255) aGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTaa > 1:1609210/1‑50 (MQ=255) aGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCAtt > 1:1076168/1‑68 (MQ=255) aGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCAtt > 1:2850479/1‑68 (MQ=255) aGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCAtt > 1:187499/1‑68 (MQ=255) aGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTaa < 1:2425679/71‑1 (MQ=255) gcgcgcAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCa > 1:1468504/1‑71 (MQ=255) cgcgcAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATc < 1:3223052/69‑1 (MQ=255) gcgcAGTGTAGCTGCCAGTCATTAT‑‑ATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCt < 1:950128/71‑1 (MQ=255) gcgcAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCAcc < 1:4070976/71‑1 (MQ=255) gcgcAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCAcc < 1:3123704/71‑1 (MQ=255) cAGTGTAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTg < 1:1962541/71‑1 (MQ=255) gtgtAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTa < 1:528456/71‑1 (MQ=255) gtgtAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGACTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGc > 1:1095603/1‑54 (MQ=255) tgtAGCTGCCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTaa > 1:2201420/1‑71 (MQ=255) tagctgcCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAAt < 1:2128990/68‑1 (MQ=255) gctgcCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTaaa > 1:1683849/1‑56 (MQ=255) gctgcCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATg > 1:4378123/1‑69 (MQ=255) gcCAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGCcaca > 1:3463045/1‑71 (MQ=255) ccAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGCcac < 1:3632476/69‑1 (MQ=255) ccAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGCCACAt < 1:843844/71‑1 (MQ=255) ccAGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATATAAATCACCTTGTAATGCcaca < 1:2692005/70‑1 (MQ=255) aGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACaga > 1:1200633/1‑41 (MQ=255) aGTCATT‑GATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGCCACAtgt > 1:4489003/1‑71 (MQ=255) | CGTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGAATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTTGCTGCCAGTCATT‑G‑‑ATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGCCACATGT > AP009048/3685073‑3685204 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |