| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,498,221 | T→C | 13.8% | K541K (AAA→AAG) | nuoC ← | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain C,D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,498,221 | 0 | T | C | 13.8% | 222.0 / 24.1 | 87 | K541K (AAA→AAG) | nuoC | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain C,D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/31); new base C (4/8); total (48/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
GTACGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTGGTCGCCTCAATCATCTGGAAAGATTCATTGGCAGGCATCACCGGACCCCACGACACTTG > Exported/1498156‑1498283 | gTACGGATACGGGTGCGATAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGt < 1:4395397/71‑1 (MQ=255)gTACGGATACGGGTGCGATAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGt < 1:807085/71‑1 (MQ=255)gTACGGATACGGGTGCGATAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGt < 1:3648728/71‑1 (MQ=255)gTACGGATACGGGTGCGATAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGt < 1:4282288/71‑1 (MQ=255)gTACGGATACGGGTGCGATAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGt < 1:4386833/71‑1 (MQ=255) tACGGATACGGGTGCGATAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCCTTGGt < 1:3094347/70‑1 (MQ=255) aCGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCttt > 1:2910163/1‑66 (MQ=255) aCGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTg > 1:3337462/1‑67 (MQ=255) aCGAACACGGGTGCGGTAACTCATGGTGCTGCCGTCGCTGGTCAGGTAGTAACTGTTGATCCCTTTg > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |