| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,761,558 | T→C | 21.8% | L124L (CTT→CTC) | aroE → | dehydroshikimate reductase, NAD(P)‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,761,558 | 0 | T | C | 21.8% | 199.5 / 52.9 | 101 | L124L (CTT→CTC) | aroE | dehydroshikimate reductase, NAD(P)‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/23); new base C (2/20); total (58/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.76e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GCTTGTTAAGCGATCTGGAACGTCTGTCTTTTATCCGCCCTGGTTTACGTATTCTGCTTATCGGCGCTGGTGGAGCATCTCGCGGCGTACTACTGCCACTCCTTTCCCTGGACTGTGCGGTGA > Exported/2761500‑2761622 | gCTTGTTAAGCGATCTGGAACGTCTGTCTTTTATCCGCCCTGGTTTACGTATTCTGCTTATCGGCGCtggt > 1:2553881/1‑71 (MQ=255) ttGTTAAGCGATCTGGAACGTCTGTCTTTTATCCGCCCTGGTTTACGTATTCTGCTTATCGGCGCtggtg > 1:4423823/1‑70 (MQ=255) ttGTTAAGCGATCTGGAACGTCTGTCTTTTATCCGCCCTGGTTTACGTATTCTGCTTATCGGCGCtggtg > 1:5007569/1‑70 (MQ=255) ttGTTAAGCGATCTGGAACGTCTGTCTTTTATCCGCCCTGGTTTACGTATTCTGCTTATCGGCGCtgg > 1:1923529/1‑68 (MQ=255) gTTAAGCGATCTGGAACGTCTGTCTTTTATCCGCCCTGGTTTACGTATTCTGCTTAt > 1:3461760/1‑57 (MQ=255) gTTAAGCGATCTGGAACGTCTGTCTTTTATCCGCCCTGGTTTACGTATTCTGCTTAt > 1:583425/1‑57 (MQ=255) gTTAAGCGATCTGGAACGTCTGTCTTTTATCCGCCCTGGTTTACGTATTCTGCTTAt > 1:3263434/1‑57 (MQ=255) gTTAAGCGATCTGGAACGTCTGTCTTTTATCCGCCCTGGTTTACGTATTCTGCTTAt > 1:149306/1‑57 (MQ=255) gTTAAGCGATCTGGAACGTCTGTCTTTTATCCGCCCTGGTTTACGTATTCTGCTTAt > 1:1387317/1‑57 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |